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- PDB-2wqr: The high resolution crystal structure of IgE Fc -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wqr
タイトルThe high resolution crystal structure of IgE Fc
要素IG EPSILON CHAIN C REGION
キーワードIMMUNE SYSTEM / IMMUNOGLOBULIN DOMAIN / GLYCOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


adaptive immune memory response / primary adaptive immune response / IgE B cell receptor complex / B cell antigen processing and presentation / type I hypersensitivity / Fc receptor-mediated immune complex endocytosis / eosinophil degranulation / IgE immunoglobulin complex / macrophage activation / type 2 immune response ...adaptive immune memory response / primary adaptive immune response / IgE B cell receptor complex / B cell antigen processing and presentation / type I hypersensitivity / Fc receptor-mediated immune complex endocytosis / eosinophil degranulation / IgE immunoglobulin complex / macrophage activation / type 2 immune response / antibody-dependent cellular cytotoxicity / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / mast cell degranulation / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / B cell proliferation / macrophage differentiation / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / complement activation, classical pathway / antigen binding / FCERI mediated Ca+2 mobilization / FCERI mediated MAPK activation / B cell receptor signaling pathway / FCERI mediated NF-kB activation / antibacterial humoral response / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / adaptive immune response / inflammatory response / immune response / extracellular space / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins ...: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin heavy constant epsilon
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Dhaliwal, B. / Sutton, B.J. / Beavil, A.J.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Conformational Changes in Ige Contribute to its Uniquely Slow Dissociation Rate from Receptor Fceri
著者: Holdom, M.D. / Davies, A.M. / Nettleship, J.E. / Bagby, S.C. / Dhaliwal, B. / Girardi, E. / Hunt, J. / Gould, H.J. / Beavil, A.J. / Mcdonnell, J.M. / Owens, R.J. / Sutton, B.J.
#1: ジャーナル: Nat.Immunol. / 年: 2002
タイトル: The Crystal Structure of Ige Fc Reveals an Asymmetrically Bent Conformation
著者: Wan, T. / Beavil, R.L. / Fabiane, S.M. / Beavil, A.J. / Sohi, M.K. / Keown, M. / Young, R.J. / Henry, A.J. / Owens, R.J. / Gould, H.J. / Sutton, B.J.
履歴
登録2009年8月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年11月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月12日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年7月12日Group: Derived calculations / カテゴリ: struct_conn
Item: _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag ..._struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.42019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月20日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IG EPSILON CHAIN C REGION
B: IG EPSILON CHAIN C REGION
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,56712
ポリマ－71,8612
非ポリマー2,70610
水9,602533
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10680 Å2
ΔGint-46.3 kcal/mol
Surface area32440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)130.502, 75.282, 79.144
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質 IG EPSILON CHAIN C REGION / IMMUNOGLOBULIN E / IGE FC


分子量: 35930.289 Da / 分子数: 2 / 断片: FC FRAGMENT, RESIDUES 105-427 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PEE6 / 細胞株 (発現宿主): MOUSE MYELOMA NS0 / 発現宿主: MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01854
#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 5種, 541分子

#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 533 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASN 146 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASN 252 TO GLN ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASN 146 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASN 252 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ASN 146 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ASN 252 TO GLN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 % / 解説: NONE
結晶化温度: 291 K / pH: 8.5
詳細: THE PROTEIN CONCENTRATION WAS 1.9 MG/ML. CRYSTALS GREW AT 18 DEGREES C WITH 14% PEG 8000, 200MM LITHIUM SULPHATE, 100MM TRIS-HCL PH 8.5 AS PRECIPITANT.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.972
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月31日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.972 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 62035 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 1.33 / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 31.56 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 26.3
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
HKL-2000- DENZOデータ削減
HKL-2000- SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1O0V

1o0v


解像度: 1.9→36 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.7 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: RESIDUE 318, 319 AND 367 ARE DISORDERED IN CHAIN B. THE OCCUPANCY WAS SET TO ZERO FOR THE DISORDERED REGIONS.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.234 3120 5 %
Rwork0.1928 --
obs0.1949 61875 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.155 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 47.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.3857 Å20 Å20 Å2
2--3.3369 Å20 Å2
3----1.9512 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5017 0 175 533 5725
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0055326
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0017255
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.4572000
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066841
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004931
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.307-0.03140.18720.5335-0.08830.29570.0515-0.0677-0.19030.04630.01190.0911-0.0806-0.0023-0.04760.1472-0.0331-0.03420.17030.00450.150218.474412.799458.0232
27.8348-4.54211.92475.1403-0.30162.91640.0651-0.0272-0.81080.22850.15870.89440.6299-0.1743-0.24740.2477-0.0187-0.01070.13160.04520.226421.86432.482564.4219
3-0.07670.0256-0.19730.1043-0.05221.683-0.064-0.06070.03690.0306-0.02570.0199-0.3359-0.11530.07320.1989-0.0346-0.04540.15480.02520.141416.088919.347157.0255
40.926-0.3637-1.05241.00651.3056-3.15560.37430.30640.0373-0.427-0.244-0.0563-0.01-0.2996-0.09590.30810.06810.0080.2830.03820.115123.399519.890442.6617
50.717-0.3226-0.12451.2754-0.55221.7880.12150.11620.1270.12230.421-0.2462-0.78670.0099-0.42740.4637-0.02850.18720.15350.00110.348135.817620.093628.8014
60.87740.0586-0.5317-3.34871.58581.84640.7244-0.26261.1274-0.23710.65-0.5349-1.58360.3039-0.72080.8912-0.09460.31390.0460.19230.410734.32226.048629.9699
72.6612-1.13810.4681-0.51040.07871.82170.2531-0.32520.3751-0.0750.1449-0.3061-0.4221-0.0725-0.33240.4473-0.07160.07050.1837-0.02820.292933.351619.231137.4877
82.5416-0.51430.66821.08740.49750.75560.06210.1720.2958-0.0196-0.1744-0.0610.111-0.01570.0880.13670.0130.0070.12310.02380.160738.0564-1.471714.2062
90.747-1.251.82521.22372.05296.4432-0.1392-0.20860.27950.2614-0.1789-0.07260.2339-0.88270.3320.15-0.00480.01380.2482-0.0630.177828.30430.122420.9583
101.6135-0.41350.44470.44430.09822.15380.04530.3210.41110.0319-0.2303-0.20090.23760.14210.10820.15510.04130.02640.17830.07210.172144.3023-3.675313.1468
110.64610.84060.27771.44330.64760.87130.2609-0.0595-0.03760.2541-0.38630.0652-0.016-0.290.11960.2014-0.0559-0.00090.2956-0.03970.166715.77636.9547.6463
122.3989-1.7782-2.7717-1.2171.05767.8314-0.0442-0.0517-0.6757-0.2137-0.4180.41290.41130.08470.43440.4198-0.11850.01510.1568-0.03140.300813.7807-5.162943.4467
131.0967-0.3996-0.00842.4232.3930.56860.09660.1958-0.2959-0.2861-0.39030.16220.16210.01350.2070.2555-0.0142-0.01770.2405-0.06050.244714.72881.097243.0515
140.46391.4530.47681.85280.17010.95160.0866-0.4537-0.26870.1471-0.2705-0.3898-0.01680.27720.12430.0967-0.0317-0.02930.28440.02960.24058.33439.82299.4154
152.5559-0.3627-0.80860.23110.18920.12030.0341-0.54730.16430.0160.0932-0.11290.0180.1391-0.09360.1670.0143-0.03030.295-0.01510.1893-0.860216.947410.9702
162.0408-0.20731.15320.14380.5827-4.0536-0.1435-0.76310.03920.19820.0719-0.10340.2406-1.1307-0.01790.2585-0.0068-0.09220.569-0.01270.1509-1.488512.292322.2988
170.077-0.2930.02651.0577-0.11470.285-0.0325-0.19170.0608-0.0368-0.0628-0.2429-0.07850.09250.0710.141-0.00570.00610.2434-0.02650.21383.145319.15626.8627
180.6476-0.16310.4240.9276-0.0220.33540.06290.01880.07840.14340.0553-0.0075-0.00680.022-0.10060.15920.0233-0.0140.20790.04020.158825.4597-4.36548.9711
190.9006-0.14660.95780.2427-0.40950.5792-0.0739-0.1210.094-0.0193-0.02460.0454-0.2037-0.06050.07660.18990.02390.01130.18150.00050.134519.0121-3.131911.1085
201.55540.21190.56940.123-0.01470.48850.11420.1399-0.0944-0.00790.02540.04090.09820.0297-0.1060.16250.02640.0060.16170.0160.165620.7205-10.2028.075
211.7416-1.3539-0.9547-1.35013.2737-2.4645-0.3609-1.1650.33040.2842-0.2007-0.23640.3548-0.210.3350.31210.1289-0.02830.71850.04510.222311.196612.902320.3834
223.8934-1.1031.1296-1.27274.2664-4.7256-0.15361.6913-0.0799-0.6566-0.3702-0.0034-0.9018-0.24850.2981.0952-0.04790.15620.79920.10060.493125.602517.265122.2454
230.70020.02580.15580.4074-0.2850.09050.2641-0.1398-0.3010.24140.140.0302-0.0773-0.3806-0.20020.67770.03140.19640.6322-0.13140.687123.15896.969831.403
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 228:282)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 283:298)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 299:320)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 321:344)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 345:374)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN A AND RESID 375:401)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN A AND RESID 402:439)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN A AND RESID 440:492)
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN A AND RESID 493:510)
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN A AND RESID 511:547)
11X-RAY DIFFRACTION11(CHAIN B AND RESID 228:253)
12X-RAY DIFFRACTION12(CHAIN B AND RESID 254:278)
13X-RAY DIFFRACTION13(CHAIN B AND RESID 279:335)
14X-RAY DIFFRACTION14(CHAIN B AND RESID 336:353)
15X-RAY DIFFRACTION15(CHAIN B AND RESID 354:385)
16X-RAY DIFFRACTION16(CHAIN B AND RESID 386:401)
17X-RAY DIFFRACTION17(CHAIN B AND RESID 402:437)
18X-RAY DIFFRACTION18(CHAIN B AND RESID 438:478)
19X-RAY DIFFRACTION19(CHAIN B AND RESID 479:503)
20X-RAY DIFFRACTION20(CHAIN B AND RESID 504:548)
21X-RAY DIFFRACTION21(CHAIN C)
22X-RAY DIFFRACTION22(CHAIN D)
23X-RAY DIFFRACTION23(CHAIN E)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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