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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2wqj | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a truncated variant of the human p73 tetramerization domain | ||||||
要素 | TUMOR PROTEIN P73P73 | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / P73 / P63 / P53 (P53遺伝子) / TUMOR SUPPRESSION (がん抑制遺伝子) / TRANSCRIPTION FACTOR (転写因子) / TETRAMER (四量体) / HEXAMER (オリゴマー) / OLIGOMERIZATION DOMAIN (オリゴマー) / DNA-BINDING / COOPERATIVITY / CELL-CYCLE CONTROL / TRANSCRIPTION REGULATION / APOPTOSIS (アポトーシス) / CELL CYCLE (細胞周期) / DEVELOPMENT | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of lung ciliated cell differentiation / negative regulation of cardiac muscle cell proliferation / TP53 Regulates Transcription of Death Receptors and Ligands / Activation of PUMA and translocation to mitochondria / Regulation of TP53 Activity through Association with Co-factors / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / negative regulation of neuron differentiation ...positive regulation of lung ciliated cell differentiation / negative regulation of cardiac muscle cell proliferation / TP53 Regulates Transcription of Death Receptors and Ligands / Activation of PUMA and translocation to mitochondria / Regulation of TP53 Activity through Association with Co-factors / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / negative regulation of neuron differentiation / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / DNAミスマッチ修復 / MDM2/MDM4 family protein binding / response to organonitrogen compound / regulation of mitotic cell cycle / transcription corepressor binding / kidney development / protein tetramerization / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / p53 binding / 細胞結合 / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / 遺伝子発現の調節 / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / positive regulation of MAPK cascade / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / regulation of cell cycle / response to xenobiotic stimulus / positive regulation of apoptotic process / 細胞周期 / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of cell population proliferation / intracellular membrane-bounded organelle / DNA damage response / クロマチン / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / positive regulation of DNA-templated transcription / ゴルジ体 / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / 核質 / identical protein binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Joerger, A.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009 タイトル: Structural Evolution of P53, P63, and P73: Implication for Heterotetramer Formation. 著者: Joerger, A.C. / Rajagopalan, S. / Natan, E. / Veprintsev, D.B. / Robinson, C.V. / Fersht, A.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2wqj.cif.gz | 179.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2wqj.ent.gz | 147.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2wqj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wq/2wqj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wq/2wqj | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4178.738 Da / 分子数: 28 / 断片: TRUNCATED TETRAMERIZATION DOMAIN, RESIDUES 351-383 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: O15350 #2: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | TWO ADDITIONAL | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: SITTING DROP VAPOR DIFFUSION AT 17 DEGREE C. PROTEIN SOLUTION: 10 MG/ML IN 20 MM TRIS (PH 8.5), 50 MM NACL. CRYSTALLIZATION BUFFER: 0.1 M TRIS (PH 8.5), 0.9 M AMMONIUM PHOSPHATE. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9796 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9796 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→76.4 Å / Num. obs: 90937 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 34.31 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 16.2 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 99.3 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: (PHENIX.REFINE) / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 開始モデル: NONE 解像度: 2→24.96 Å / SU ML: 0.29 / σ(F): 1.08 / 位相誤差: 25.49 / 立体化学のターゲット値: ML 詳細: THIS ENTRY REPORTS THE STRUCTURE OF A TRUNCATED FORM OF THE P73 TETRAMERIZATION DOMAIN (RESIDUES 351-383)THAT LACKS A C-TERMINAL HELIX THAT IS ESSENTIAL FOR STABILIZING THE OVERALL ...詳細: THIS ENTRY REPORTS THE STRUCTURE OF A TRUNCATED FORM OF THE P73 TETRAMERIZATION DOMAIN (RESIDUES 351-383)THAT LACKS A C-TERMINAL HELIX THAT IS ESSENTIAL FOR STABILIZING THE OVERALL ARCHITECTURE OF THE P73 TETRAMER. SEE PDB ENTRY 2WQI WITH THE STRUCTURE OF P73 RESIDUES 351-399 FOR COMPARISON.
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.14 Å2 / ksol: 0.349 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 39.6 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→24.96 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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