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- PDB-2wqb: Structure of the Tie2 kinase domain in complex with a thiazolopyr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wqb
タイトルStructure of the Tie2 kinase domain in complex with a thiazolopyrimidine inhibitor
要素ANGIOPOIETIN-1 RECEPTOR
キーワードTRANSFERASE / PHOSPHOPROTEIN / KINASE / RECEPTOR / ONCOLOGY / ATP-BINDING / GLYCOPROTEIN / TYROSINE-PROTEIN KINASE / PHOSPHOTRANSFERASE / NUCLEOTIDE-BINDING / DISEASE MUTATION / THIAZOLOPYRIMIDINE
機能・相同性
機能・相同性情報


Tie signaling pathway / glomerulus vasculature development / regulation of establishment or maintenance of cell polarity / regulation of endothelial cell apoptotic process / regulation of vascular permeability / endochondral ossification / heart trabecula formation / definitive hemopoiesis / positive regulation of intracellular signal transduction / sprouting angiogenesis ...Tie signaling pathway / glomerulus vasculature development / regulation of establishment or maintenance of cell polarity / regulation of endothelial cell apoptotic process / regulation of vascular permeability / endochondral ossification / heart trabecula formation / definitive hemopoiesis / positive regulation of intracellular signal transduction / sprouting angiogenesis / endothelial cell proliferation / positive regulation of Rho protein signal transduction / growth factor binding / positive regulation of Rac protein signal transduction / positive regulation of focal adhesion assembly / microvillus / centriolar satellite / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / Tie2 Signaling / response to cAMP / positive regulation of endothelial cell proliferation / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / positive regulation of endothelial cell migration / substrate adhesion-dependent cell spreading / negative regulation of angiogenesis / basal plasma membrane / receptor protein-tyrosine kinase / response to peptide hormone / negative regulation of inflammatory response / response to estrogen / positive regulation of angiogenesis / cell-cell junction / cell-cell signaling / signaling receptor activity / heart development / RAF/MAP kinase cascade / basolateral plasma membrane / angiogenesis / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / receptor complex / response to hypoxia / protein kinase activity / positive regulation of protein phosphorylation / apical plasma membrane / membrane raft / focal adhesion / negative regulation of apoptotic process / cell surface / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase, receptor Tie-2, Ig-like domain 1, N-terminal / Tie-2 Ig-like domain 1 / Laminin-type EGF domain / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / : / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / Fibronectin type III domain / EGF-like domain ...Tyrosine-protein kinase, receptor Tie-2, Ig-like domain 1, N-terminal / Tie-2 Ig-like domain 1 / Laminin-type EGF domain / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / : / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / Fibronectin type III domain / EGF-like domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-QQ1 / Angiopoietin-1 receptor
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Brassington, C. / Breed, J. / Buttar, D. / Fitzek, M. / Forder, C. / Hassall, L. / Hayter, B.R. / Jones, C.D. / Luke, R.W.A. / McCall, E. ...Brassington, C. / Breed, J. / Buttar, D. / Fitzek, M. / Forder, C. / Hassall, L. / Hayter, B.R. / Jones, C.D. / Luke, R.W.A. / McCall, E. / McCoull, W. / Norman, R. / Paterson, D. / McMiken, H. / Rowsell, S. / Tucker, J.A.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2009
タイトル: Novel Thienopyrimidine and Thiazolopyrimidine Kinase Inhibitors with Activity Against Tie-2 in Vitro and in Vivo.
著者: Luke, R.W. / Ballard, P. / Buttar, D. / Campbell, L. / Curwen, J. / Emery, S.C. / Griffen, A.M. / Hassall, L. / Hayter, B.R. / Jones, C.D. / Mccoull, W. / Mellor, M. / Swain, M.L. / Tucker, J.A.
履歴
登録2009年8月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年11月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22013年4月17日Group: Derived calculations / Refinement description
改定 1.32019年3月6日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ANGIOPOIETIN-1 RECEPTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3842
ポリマ－36,9931
非ポリマー3911
水34219
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.164, 108.791, 101.573
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2010-

HOH

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要素

#1: タンパク質 ANGIOPOIETIN-1 RECEPTOR / TYROSINE-PROTEIN KINASE RECEPTOR TIE-2 / TIE2 KINASE / TYROSINE-PROTEIN KINASE RECEPTOR TEK / ...TYROSINE-PROTEIN KINASE RECEPTOR TIE-2 / TIE2 KINASE / TYROSINE-PROTEIN KINASE RECEPTOR TEK / TUNICA INTERNA ENDOTHELIAL CELL KINASE / P140 TEK / HTIE2


分子量: 36993.234 Da / 分子数: 1 / 断片: KINASE DOMAIN, RESIDUES 802-1124 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト)
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: Q02763, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-QQ1 / 2-[3-(CYCLOHEXYLMETHYL)-5-PHENYL-IMIDAZOL-4-YL]-[1,3]THIAZOLO[4,5-E]PYRIMIDIN-7-AMINE


分子量: 390.505 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H22N6S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASP 964 TO ASN
配列の詳細MUTATION AT D964N TO RENDER EXPRESSED PROTEIN KINASE DEAD. ADDITIONAL G AT N-TERMINUS FROM CLONING.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63 % / 解説: NONE
結晶化温度: 293 K / pH: 7.5
詳細: 5 MG/ML PROTEIN, 5% (W/V) PEG6000, 5% (V/V) MPD, 100MM MOPS PH7.5, 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.2 / 波長: 0.975
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年6月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.975 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→32.97 Å / Num. obs: 9451 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): 3.7 / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 45 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル解像度: 2.95→3.11 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 1.78 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0088精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FVR

1fvr


解像度: 2.95→32.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 32.445 / SU ML: 0.293 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.404 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25858 445 4.8 %RANDOM
Rwork0.19568 ---
obs0.19873 8822 95.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.362 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.75 Å20 Å20 Å2
2---2.84 Å20 Å2
3---6.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.95→32.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2286 0 28 19 2333
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0222367
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021599
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4941.9543207
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.92633871
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4015285
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.0823.426108
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.8215392
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.7051517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2347
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022657
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02506
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7711.51432
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0961.5586
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.45622285
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7263935
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.964.5922
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.95→3.026 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.382 19 -
Rwork0.217 638 -
obs--94.26 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 39.2386 Å / Origin y: 35.5125 Å / Origin z: 48.9909 Å
111213212223313233
T0.0632 Å20.0206 Å20.0191 Å2-0.0729 Å2-0.0107 Å2--0.0383 Å2
L0.6862 °20.0482 °2-0.1069 °2-1.5581 °2-0.2535 °2--0.7759 °2
S-0.0202 Å °0.0699 Å °-0.098 Å °-0.0508 Å °0.0157 Å °0.0274 Å °0.011 Å °-0.1188 Å °0.0045 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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