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万見
- PDB-2wq8: Glycan labelling using engineered variants of galactose oxidase o... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wq8
タイトルGlycan labelling using engineered variants of galactose oxidase obtained by directed evolution
要素GALACTOSE OXIDASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / KELCH REPEAT / METAL-BINDING / GLYCOENGINEERING / DIRECTED EVOLUTION
機能・相同性
機能・相同性情報


galactose oxidase / galactose oxidase activity / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Galactose oxidase/kelch, beta-propeller / Galactose oxidase-like, Early set domain / Galactose oxidase, central domain superfamily / Galactose oxidase-like, Early set domain / Galactose oxidase/kelch, beta-propeller / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain, discoidin domain / Kelch / Kelch repeat type 1 / Kelch motif / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. ...Galactose oxidase/kelch, beta-propeller / Galactose oxidase-like, Early set domain / Galactose oxidase, central domain superfamily / Galactose oxidase-like, Early set domain / Galactose oxidase/kelch, beta-propeller / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain, discoidin domain / Kelch / Kelch repeat type 1 / Kelch motif / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Galactose-binding domain-like / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Galactose-binding-like domain superfamily / Immunoglobulin E-set / Jelly Rolls / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / COPPER (II) ION / Galactose oxidase / Galactose oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種GIBBERELLA ZEAE (ムギノアカカビ病菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.19 Å
データ登録者Rannes, J.G. / Ioannou, A. / Willies, S.C. / Behrens, C. / Grogan, G.J. / Flitsch, S.L. / Turner, N.J.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2011
タイトル: Glycoprotein Labeling Using Engineered Variants of Galactose Oxidase Obtained by Directed Evolution.
著者: Rannes, J.B. / Ioannou, A. / Willies, S.C. / Grogan, G. / Behrens, C. / Flitsch, S.L. / Turner, N.J.
履歴
登録2009年8月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年6月9日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年10月30日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle ...pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
Item: _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id ..._pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GALACTOSE OXIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,24717
ポリマ－71,1881
非ポリマー1,05916
水6,882382
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.464, 88.464, 410.846
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 GALACTOSE OXIDASE / GAO / GOASE / GO


分子量: 71188.477 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: THIO-ETHER BOND BETWEEN CYS228 SG AND TYR272 CE1
由来: (組換発現) GIBBERELLA ZEAE (ムギノアカカビ病菌)
プラスミド: PET16B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
参照: UniProt: Q01745, UniProt: P0CS93*PLUS, galactose oxidase

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非ポリマー , 6種, 398分子

#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 382 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, SER 51 TO PRO ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, MET 111 TO VAL ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, SER 51 TO PRO ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, MET 111 TO VAL ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLY 236 TO GLU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, TRP 331 TO PHE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ARG 371 TO LYS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLN 447 TO THR ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, PRO 504 TO ILE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, VAL 535 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASN 576 TO ASP
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.52 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5
詳細: 10% PEG6K, 0.1 M CACL2, 5% GLYCEROL, 10 MM GLCNAC, 50 M ACETATE PH 5.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→46.6 Å / Num. obs: 43048 / % possible obs: 91.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 15.1 % / Biso Wilson estimate: 29.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 25.34
反射 シェル解像度: 2.19→2.23 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 2.43 / % possible all: 13.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC位相決定
REFMAC5.5.0066精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1GOF AND 2EID

1gof

2eid


解像度: 2.19→76.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.887 / SU B: 4.058 / SU ML: 0.105 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.221 / ESU R Free: 0.204 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24175 2174 5.1 %RANDOM
Rwork0.18212 ---
obs0.18515 40873 85.33 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.489 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.62 Å20.31 Å20 Å2
2--0.62 Å20 Å2
3----0.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.19→76.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4826 0 64 382 5272
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.0225011
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1131.9376814
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4025640
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.44224.028211
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.03315729
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.291526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1480.2737
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0213875
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0651.53175
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.78725127
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.30231836
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.7854.51686
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.19→2.247 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.384 35 -
Rwork0.302 685 -
obs--19.98 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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