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- PDB-2wq7: Structure of the 6-4 photolyase of D. melanogaster in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wq7
タイトルStructure of the 6-4 photolyase of D. melanogaster in complex with the non-natural N4-methyl T(6-4)C lesion
要素
  • 5'-D(*AP*CP*AP*GP*CP*GP*GP*TDYP*ZP*GP* CP*AP*AP*GP*T)-3'
  • 5'-D(*TP*AP*CP*CP*TP*GP*CP*GP*AP*CP* CP*GP*CP*TP*G)-3'
  • RE11660P
キーワードLYASE/DNA / LYASE-DNA COMPLEX / DNA REPAIR / DNA LESION / LYASE
機能・相同性
機能・相同性情報


deoxyribodipyrimidine photo-lyase activity / entrainment of circadian clock by photoperiod / FAD binding / circadian regulation of gene expression / DNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #80 / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A; domain 3 / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A, domain 3 / Cryptochrome/DNA photolyase class 1 / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain / FAD binding domain of DNA photolyase / DNA photolyase, N-terminal / Cryptochrome/photolyase, N-terminal domain superfamily / DNA photolyase / Photolyase/cryptochrome alpha/beta domain profile. ...Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #80 / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A; domain 3 / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A, domain 3 / Cryptochrome/DNA photolyase class 1 / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain / FAD binding domain of DNA photolyase / DNA photolyase, N-terminal / Cryptochrome/photolyase, N-terminal domain superfamily / DNA photolyase / Photolyase/cryptochrome alpha/beta domain profile. / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain-like superfamily / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / DNA / DNA (> 10) / RE11660p
類似検索 - 構成要素
生物種DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Glas, A.F. / Kaya, E. / Schneider, S. / Maul, M.J. / Carell, T.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2010
タイトル: DNA (6-4) Photolyases Reduce Dewar Isomers for Isomerization Into (6-4) Lesions.
著者: Glas, A.F. / Kaya, E. / Schneider, S. / Heil, K. / Fazio, D. / Maul, M.J. / Carell, T.
履歴
登録2009年8月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年11月9日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Refinement description / Version format compliance
改定 2.02023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Polymer sequence / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_poly / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RE11660P
C: 5'-D(*AP*CP*AP*GP*CP*GP*GP*TDYP*ZP*GP* CP*AP*AP*GP*T)-3'
D: 5'-D(*TP*AP*CP*CP*TP*GP*CP*GP*AP*CP* CP*GP*CP*TP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,8934
ポリマ－72,1073
非ポリマー7861
水7,260403
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5490 Å2
ΔGint-16.6 kcal/mol
Surface area25660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.786, 89.265, 91.491
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 RE11660P / 6-4 DNA PHOTOLYASE


分子量: 62910.137 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-520 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
プラスミド: PDEST007 DERIVATIVE / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA-GAMI PLYSS (DE3) / 参照: UniProt: Q8SXK5, deoxyribodipyrimidine photo-lyase
#2: DNA鎖 5'-D(*AP*CP*AP*GP*CP*GP*GP*TDYP*ZP*GP* CP*AP*AP*GP*T)-3'


分子量: 4651.054 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 5'-D(*TP*AP*CP*CP*TP*GP*CP*GP*AP*CP* CP*GP*CP*TP*G)-3'


分子量: 4545.948 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 403 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 100MM HEPES PH 7, 13-17% PEG1500 18DGC

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→40.5 Å / Num. obs: 48536 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 26.67 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 96.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3CVU

3cvu


解像度: 2→40.468 Å / SU ML: 0.43 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.97 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: RESIDUES DT 8 AND DC 9 HAVE FORMED A 6-4 PHOTOPRODUCT BY THE COVALENT BONDING OF ATOM C6 OF TDY TO C4 OF Z.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2089 2451 5.1 %
Rwork0.1778 --
obs0.1794 48536 99.02 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40 Å2 / ksol: 0.351 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 28.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.8264 Å20 Å20 Å2
2--0.8688 Å20 Å2
3----3.1512 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→40.468 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4162 609 53 403 5227
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0115058
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3777002
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.0711938
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.103727
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007790
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9955-2.03380.30231350.23612307X-RAY DIFFRACTION90
2.0338-2.07540.29561170.22222546X-RAY DIFFRACTION99
2.0754-2.12050.25681360.19212519X-RAY DIFFRACTION100
2.1205-2.16980.23561210.17912574X-RAY DIFFRACTION100
2.1698-2.22410.211470.17812517X-RAY DIFFRACTION100
2.2241-2.28420.20811490.18222554X-RAY DIFFRACTION100
2.2842-2.35140.2561440.17792530X-RAY DIFFRACTION100
2.3514-2.42730.24131230.17552558X-RAY DIFFRACTION100
2.4273-2.5140.23681550.17352535X-RAY DIFFRACTION100
2.514-2.61470.21211560.17922559X-RAY DIFFRACTION100
2.6147-2.73360.27551240.18762565X-RAY DIFFRACTION100
2.7336-2.87770.25321340.20072584X-RAY DIFFRACTION100
2.8777-3.0580.23831280.19712576X-RAY DIFFRACTION100
3.058-3.2940.20991300.18592597X-RAY DIFFRACTION100
3.294-3.62530.18741340.16852600X-RAY DIFFRACTION100
3.6253-4.14940.16551370.14362623X-RAY DIFFRACTION100
4.1494-5.2260.1491410.14082616X-RAY DIFFRACTION99
5.226-40.47610.16151400.16232725X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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