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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2wpw | ||||||
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タイトル | Tandem GNAT protein from the clavulanic acid biosynthesis pathway (without AcCoA) | ||||||
![]() | ORF14 | ||||||
![]() | TRANSFERASE / ACETYL TRANSFERASE / ANTIBIOTIC BIOSYNTHESIS | ||||||
機能・相同性 | ![]() clavulanic acid biosynthetic process / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Iqbal, A. / Arunlanantham, H. / McDonough, M.A. / Chowdhury, R. / Clifton, I.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystallographic and mass spectrometric analyses of a tandem GNAT protein from the clavulanic acid biosynthesis pathway. 著者: Iqbal, A. / Arunlanantham, H. / Brown, T. / Chowdhury, R. / Clifton, I.J. / Kershaw, N.J. / Hewitson, K.S. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 282.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 242 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 69.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 96.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36664.973 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SELENO-METHIONINE LABELLED 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q8KRB5, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの #2: 化合物 | ChemComp-ACO / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.7 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 6 詳細: 3 MG/ML PROTEIN, 10% PEG8000, 0.1M CACODYLATE PH6, 0.2M SODIUM ACETATE |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年9月9日 / 詳細: RH COATED MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI (1 1 1) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97976 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.38→32.4 Å / Num. obs: 68408 / % possible obs: 92.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 44.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 6.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.38→2.51 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 71.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: NONE 解像度: 2.38→32.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 18.005 / SU ML: 0.196 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.429 / ESU R Free: 0.282 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.885 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.38→32.4 Å
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拘束条件 |
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