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- PDB-2wpw: Tandem GNAT protein from the clavulanic acid biosynthesis pathway... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wpw
タイトルTandem GNAT protein from the clavulanic acid biosynthesis pathway (without AcCoA)
要素ORF14
キーワードTRANSFERASE / ACETYL TRANSFERASE / ANTIBIOTIC BIOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


clavulanic acid biosynthetic process / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups
類似検索 - 分子機能
Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETYL COENZYME *A / Acetyltransferase GNAT family protein
類似検索 - 構成要素
生物種STREPTOMYCES CLAVULIGERUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.38 Å
データ登録者Iqbal, A. / Arunlanantham, H. / McDonough, M.A. / Chowdhury, R. / Clifton, I.J.
引用ジャーナル: Proteins / : 2010
タイトル: Crystallographic and mass spectrometric analyses of a tandem GNAT protein from the clavulanic acid biosynthesis pathway.
著者: Iqbal, A. / Arunlanantham, H. / Brown, T. / Chowdhury, R. / Clifton, I.J. / Kershaw, N.J. / Hewitson, K.S. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J.
履歴
登録2009年8月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年11月9日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22018年3月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ORF14
B: ORF14
C: ORF14
D: ORF14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,8988
ポリマ-146,6604
非ポリマー3,2384
20,8071155
1
A: ORF14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4752
ポリマ-36,6651
非ポリマー8101
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: ORF14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4752
ポリマ-36,6651
非ポリマー8101
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: ORF14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4752
ポリマ-36,6651
非ポリマー8101
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: ORF14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4752
ポリマ-36,6651
非ポリマー8101
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.449, 93.501, 126.430
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.86, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.999922, 0.010982, 0.006037), (0.010973, -0.999939, 0.00147), (0.006053, -0.001404, -0.999981)-54.604, -7.039, -0.229
2given(0.999909, -0.013389, 0.00186), (0.013381, 0.9999, 0.004501), (-0.00192, -0.004476, 0.999988)-8.748, 3.879, 62.541
3given(0.999961, 0.00439, -0.007683), (0.004437, -0.999971, 0.006173), (-0.007655, -0.006207, -0.999951)-46.36, -10.507, 62.972

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要素

#1: タンパク質
ORF14 / TANDEM GCN5 RELATED N-ACETYL TRANSFERASE


分子量: 36664.973 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SELENO-METHIONINE LABELLED
由来: (組換発現) STREPTOMYCES CLAVULIGERUS (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: Q8KRB5, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
#2: 化合物
ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME *A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P2-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略)


分子量: 809.571 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C23H38N7O17P3S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1155 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.7 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6
詳細: 3 MG/ML PROTEIN, 10% PEG8000, 0.1M CACODYLATE PH6, 0.2M SODIUM ACETATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.2 / 波長: 0.97976
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年9月9日 / 詳細: RH COATED MIRRORS
放射モノクロメーター: SI (1 1 1) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.38→32.4 Å / Num. obs: 68408 / % possible obs: 92.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 44.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 2.38→2.51 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 71.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0066精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.38→32.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 18.005 / SU ML: 0.196 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.429 / ESU R Free: 0.282 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26563 3146 4.9 %RANDOM
Rwork0.20868 ---
obs0.21151 61517 92.25 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.885 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.97 Å20 Å2-0.86 Å2
2---1.4 Å20 Å2
3---0.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.38→32.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9900 0 204 1155 11259
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.02110364
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1341.97214199
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.87451296
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.28922.174460
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.41151449
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.05915112
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2020.21575
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0218092
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.861.56506
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.557210386
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.95433858
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3584.53813
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.378→2.439 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.386 187 -
Rwork0.297 3515 -
obs--71.86 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.9705-0.0211-2.04441.41870.20585.7736-0.0061-0.32180.1869-0.1201-0.01080.3623-0.3348-0.290.01690.06120.0101-0.06460.1271-0.00620.1327-40.9674-1.371546.6469
21.35540.1564-0.28971.5378-0.07911.6030.0273-0.00230.08130.0165-0.0050.1256-0.0454-0.1389-0.02220.06640.002-0.02180.0553-0.00250.0638-32.1502-5.479850.2659
32.0546-0.037-0.22933.0587-0.82343.72410.02-0.00210.2331-0.0105-0.02660.1211-0.168-0.08210.00660.0790.001-0.01710.0547-0.00210.1042-32.77076.450152.5608
40.1676-0.1496-0.2521.33560.55812.8102-0.001-0.08960.13340.00470.053-0.0871-0.11960.1383-0.0520.0547-0.0255-0.02550.1291-0.04040.1285-18.1113.011651.8727
51.8157-0.0760.18451.1172-0.33461.12490.05970.138-0.0535-0.0685-0.0087-0.13860.03060.0918-0.05110.09890.0057-0.03560.0339-0.0270.0608-8.0696-25.828145.51
66.89170.10274.55960.17470.35393.74-0.2587-0.62090.50550.14570.1029-0.1318-0.14110.00480.15580.3469-0.0544-0.15410.3614-0.05490.2083-20.6198-22.76859.5705
73.1803-1.98471.89721.9571-1.18321.50030.014-0.10160.06660.12910.0027-0.0589-0.04450.022-0.01670.0975-0.0310.0080.07640.00640.0669-10.5308-21.584544.7197
83.6048-3.5646-3.33153.91153.80244.5652-0.3413-0.4603-0.07530.41440.3704-0.16260.34920.5866-0.02910.1104-0.0605-0.01270.23880.07810.2412-11.7347-1.805851.4833
90.4017-0.19910.31580.8007-0.10541.13850.0093-0.0666-0.15010.095-0.02450.27140.1044-0.21840.01520.11010.01060.04510.1147-0.01180.134119.1727-2.0366-47.039
102.1625-0.64290.4713.9007-0.68763.02620.0485-0.0953-0.12150.0594-0.0270.23640.1592-0.0833-0.02150.0547-0.01250.0050.0483-0.04520.106522.5199-10.2933-53.4305
111.0928-0.39251.4473.0175-0.82554.8904-0.05380.108-0.11440.11660.0312-0.07860.0140.18070.02260.0545-0.00180.0330.0634-0.02950.086533.2632-11.7285-54.1306
120.63290.0088-0.08811.2529-0.06410.57340.0160.0375-0.06060.14860.0222-0.10290.02010.04-0.03820.09090.0136-0.00250.10460.00640.044744.884910.1126-46.7526
135.3929-0.4019-3.31560.85931.00366.6134-0.1010.6881-0.3802-0.4534-0.0631-0.19060.10210.07750.1640.34160.05320.1030.1552-0.0270.147734.309216.0607-59.4535
143.32991.7481-2.12271.6061-1.28131.8957-0.05080.077-0.131-0.07290.0251-0.06070.1110.04530.02570.10090.0279-0.01830.08120.01130.040644.448515.7347-45.3638
156.177-1.0451-1.57176.67692.7812.10770.17610.48830.3867-0.58640.1666-0.6935-0.43420.6786-0.34270.1822-0.1413-0.04430.7373-0.03210.218947.38911.1787-46.4881
162.81082.20391.9572.81831.8842.2205-0.15940.28680.0595-0.04810.07320.0722-0.05420.35330.08610.0970.0140.0130.12210.00060.070940.3836-6.3099-51.4244
170.45220.2652-0.47071.07880.28151.12830.02870.05570.0745-0.0784-0.06170.1717-0.0819-0.18040.0330.12370.0039-0.03180.11020.00670.1101-26.2159-8.0449-13.7777
182.00940.0359-0.15872.8357-0.19373.45410.0437-0.00880.15820.033-0.01540.1357-0.2086-0.2399-0.02830.12460.0079-0.02940.0801-0.00540.1092-24.12082.6568-9.4624
190.7129-0.3525-0.67621.1670.89893.2167-0.0102-0.10480.1708-0.05020.0095-0.1392-0.15410.1520.00070.0818-0.0225-0.01090.1103-0.01070.0769-8.7592-0.6675-11.1277
202.3344-0.23010.34351.2260.16581.19930.1440.05730.0275-0.0416-0.0283-0.1083-0.03970.1483-0.11570.11050.0123-0.03440.0459-0.01680.08410.263-29.5325-16.5337
213.7219-0.33553.08980.30810.62345.8889-0.171-0.51520.31480.17940.1571-0.11980.09620.25520.01380.345-0.1189-0.10070.3546-0.00610.119-12.8198-26.4256-3.312
221.993-1.29770.83821.6463-0.63020.3920.0234-0.13950.08840.147-0.0033-0.0718-0.0381-0.0399-0.02010.1272-0.02490.03050.1052-0.00940.1188-1.9301-24.2371-17.4633
233.97382.4225-1.882812.60237.82248.1379-0.0679-0.1430.19330.9410.4643-0.16730.77930.5261-0.39640.3579-0.1299-0.14320.4944-0.00010.52086.9354-11.1508-11.549
242.4778-2.379-2.22973.53052.57223.5259-0.1401-0.14820.0230.07080.0736-0.11180.12570.24180.06650.0735-0.0401-0.03660.11350.02260.0788-5.8997-4.1116-11.1546
250.3314-0.180.5830.3635-0.18461.09480.0704-0.0732-0.09120.0219-0.02230.25310.1584-0.1429-0.04810.15210.00870.05470.1395-0.00470.226610.8968-5.353115.9809
261.7183-0.00730.30232.25620.05722.21640.02930.0205-0.12560.06530.0220.12690.0619-0.0021-0.05130.075-0.0045-0.0020.0247-0.03260.084219.3185-14.79958.72
270.5491-0.0834-0.18250.9898-0.26970.17160.0272-0.06310.02140.1121-0.0559-0.102-0.04090.08270.02870.12060.0056-0.01010.09760.00840.043937.867510.891418.1164
284.49332.3085-0.68983.4781.34391.3655-0.04470.7989-0.1130.00090.1773-0.26180.0441-0.2878-0.13250.31980.1086-0.01770.2485-0.01440.052531.356814.4662-3.1367
291.63710.5884-0.33870.7431-0.19480.4775-0.03490.1393-0.1733-0.149-0.018-0.01790.12010.0630.05290.11710.01960.0020.088-0.00040.058333.632211.830614.2713
301.84250.2513-0.28965.64893.25174.8573-0.034-0.01440.0535-0.05120.03360.1187-0.22990.1910.00030.10990.0093-0.01250.12870.01540.07833.10263.641222.9785
315.09081.2615-1.74937.89763.16555.86620.08361.0261-0.2582-0.68340.1108-0.7467-0.02320.1547-0.19440.15210.08350.01850.322-0.01330.129143.7879-1.650517.6272
323.80792.35462.89752.64831.91833.6613-0.19360.43560.1148-0.13960.03730.256-0.05610.31750.15630.10240.03470.00760.127-0.02210.093726.7199-14.37326.7558
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 30
2X-RAY DIFFRACTION2A31 - 85
3X-RAY DIFFRACTION3A86 - 114
4X-RAY DIFFRACTION4A115 - 163
5X-RAY DIFFRACTION5A164 - 198
6X-RAY DIFFRACTION6A199 - 232
7X-RAY DIFFRACTION7A233 - 304
8X-RAY DIFFRACTION8A305 - 339
9X-RAY DIFFRACTION9B6 - 68
10X-RAY DIFFRACTION10B69 - 112
11X-RAY DIFFRACTION11B113 - 145
12X-RAY DIFFRACTION12B146 - 197
13X-RAY DIFFRACTION13B198 - 232
14X-RAY DIFFRACTION14B233 - 299
15X-RAY DIFFRACTION15B300 - 314
16X-RAY DIFFRACTION16B315 - 339
17X-RAY DIFFRACTION17C7 - 85
18X-RAY DIFFRACTION18C86 - 115
19X-RAY DIFFRACTION19C116 - 163
20X-RAY DIFFRACTION20C164 - 199
21X-RAY DIFFRACTION21C200 - 232
22X-RAY DIFFRACTION22C233 - 309
23X-RAY DIFFRACTION23C310 - 314
24X-RAY DIFFRACTION24C315 - 339
25X-RAY DIFFRACTION25D7 - 68
26X-RAY DIFFRACTION26D69 - 153
27X-RAY DIFFRACTION27D154 - 197
28X-RAY DIFFRACTION28D198 - 217
29X-RAY DIFFRACTION29D218 - 293
30X-RAY DIFFRACTION30D294 - 309
31X-RAY DIFFRACTION31D310 - 323
32X-RAY DIFFRACTION32D324 - 339

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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