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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2wpq | ||||||
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タイトル | Salmonella enterica SadA 479-519 fused to GCN4 adaptors (SadAK3, in- register fusion) | ||||||
要素 | TRIMERIC AUTOTRANSPORTER ADHESIN FRAGMENT | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / HYDROPHOBIC CORE / ION COORDINATION / PROTEIN EXPORT / TRIMERIC AUTOTRANSPORTER ADHESIN / TAA / POLAR CORE RESIDUES | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | SALMONELLA ENTERICA SUBSP. ENTERICA SEROVAR TYPHIMURIUM (サルモネラ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å | ||||||
データ登録者 | Hartmann, M.D. / Hernandez Alvarez, B. / Albrecht, R. / Zeth, K. / Lupas, A.N. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009 タイトル: A Coiled-Coil Motif that Sequesters Ions to the Hydrophobic Core. 著者: Hartmann, M.D. / Ridderbusch, O. / Zeth, K. / Albrecht, R. / Testa, O. / Woolfson, D.N. / Sauer, G. / Dunin-Horkawicz, S. / Lupas, A.N. / Alvarez, B.H. #1: ジャーナル: Protein Eng.Des.Sel. / 年: 2008 タイトル: A New Expression System for Protein Crystallization Using Trimeric Coiled-Coil Adaptors. 著者: Hernandez Alvarez, B. / Hartmann, M.D. / Albrecht, R. / Lupas, A.N. / Zeth, K. / Linke, D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2wpq.cif.gz | 74.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2wpq.ent.gz | 57.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2wpq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2wpq_validation.pdf.gz | 451.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2wpq_full_validation.pdf.gz | 453.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2wpq_validation.xml.gz | 14.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2wpq_validation.cif.gz | 19.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wp/2wpq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wp/2wpq | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 450 - 548 / Label seq-ID: 1 - 99
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11532.017 Da / 分子数: 3 / 断片: RESIDUES 479-519 FUSED TO GCN4 ADAPTORS / 由来タイプ: 組換発現 詳細: N- AND C-TERMINAL IN-REGISTER FUSION TO GCN4 ADAPTORS 由来: (組換発現) SALMONELLA ENTERICA SUBSP. ENTERICA SEROVAR TYPHIMURIUM (サルモネラ菌) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8ZL64 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 詳細: 20% (W/V) PEG 3350, 0.2 M KNO3 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.969 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.969 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→34 Å / Num. obs: 29718 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.97 % / Biso Wilson estimate: 34.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 10.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.96 Å / 冗長度: 3.82 % / Rmerge(I) obs: 0.65 / Mean I/σ(I) obs: 1.91 / % possible all: 94 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1GCM 解像度: 1.85→34.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 9.891 / SU ML: 0.13 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.162 / ESU R Free: 0.167 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.788 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→34.14 Å
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拘束条件 |
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