[日本語] English
万見
- PDB-2wp0: Crystal structure of a HobA-DnaA (domain I-II) complex from Helic... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wp0
タイトルCrystal structure of a HobA-DnaA (domain I-II) complex from Helicobacter pylori.
要素
  • CHROMOSOMAL REPLICATION INITIATOR PROTEIN DNAA
  • HOBA
キーワードDNA BINDING PROTEIN / NUCLEOTIDE-BINDING / DNA REPLICATION INITIATION / DIAA / HOBA / DNAA / ATP-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of DNA replication / DNA replication origin binding / DNA replication initiation / DNA replication / lipid binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA replication regulator HobA / DNA replication regulator, HobA / DNA replication regulator HobA superfamily / DNA replication regulator / DnaA, N-terminal domain / DnaA, N-terminal domain superfamily / Chromosomal replication control, initiator DnaA / Chromosomal replication initiator, DnaA C-terminal / Chromosomal replication control, initiator DnaA, conserved site / Bacterial dnaA protein helix-turn-helix ...DNA replication regulator HobA / DNA replication regulator, HobA / DNA replication regulator HobA superfamily / DNA replication regulator / DnaA, N-terminal domain / DnaA, N-terminal domain superfamily / Chromosomal replication control, initiator DnaA / Chromosomal replication initiator, DnaA C-terminal / Chromosomal replication control, initiator DnaA, conserved site / Bacterial dnaA protein helix-turn-helix / DnaA protein signature. / Bacterial dnaA protein helix-turn-helix domain / Chromosomal replication control, initiator DnaA-like / Chromosomal replication initiator protein DnaA / Bacterial DnaA ATPAse domain / Trp repressor/replication initiator / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / DNA replication regulator protein HobA / Chromosomal replication initiator protein DnaA
類似検索 - 構成要素
生物種HELICOBACTER PYLORI (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.67 Å
データ登録者Natrajan, G. / Noirot-Gros, M.-F. / Zawilak-Pawlik, A. / Kapp, U. / Terradot, L.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: The Structure of a Dnaa/Hoba Complex from Helicobacter Pylori Provides Insight Into Regulation of DNA Replication in Bacteria.
著者: Natrajan, G. / Noirot-Gros, M.F. / Zawilak-Pawlik, A. / Kapp, U. / Terradot, L.
履歴
登録2009年7月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年7月12日Group: Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: HOBA
B: HOBA
C: CHROMOSOMAL REPLICATION INITIATOR PROTEIN DNAA
D: CHROMOSOMAL REPLICATION INITIATOR PROTEIN DNAA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,05224
ポリマ－67,3434
非ポリマー70920
水1,928107
1
A: HOBA
B: HOBA
C: CHROMOSOMAL REPLICATION INITIATOR PROTEIN DNAA
D: CHROMOSOMAL REPLICATION INITIATOR PROTEIN DNAA
ヘテロ分子

A: HOBA
B: HOBA
C: CHROMOSOMAL REPLICATION INITIATOR PROTEIN DNAA
D: CHROMOSOMAL REPLICATION INITIATOR PROTEIN DNAA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,10448
ポリマ－134,6878
非ポリマー1,41840
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area22070 Å2
ΔGint-381.17 kcal/mol
Surface area48030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.560, 55.500, 96.830
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.55, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111CHAIN A AND (RESSEQ 1:180 )
211CHAIN B AND (RESSEQ 1:180 )
112CHAIN C AND (RESSEQ 10:74 OR RESSEQ 80:91 )
212CHAIN D AND (RESSEQ 10:74 OR RESSEQ 80:91 )

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 HOBA


分子量: 21039.197 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: HOBA PROTEIN (HP 1230) / 由来: (組換発現) HELICOBACTER PYLORI (ピロリ菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O25828
#2: タンパク質 CHROMOSOMAL REPLICATION INITIATOR PROTEIN DNAA


分子量: 12632.481 Da / 分子数: 2 / Fragment: DOMAIN I-II, RESIDUES 1-120 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-TERMINAL FRAGMENT OF DNAA / 由来: (組換発現) HELICOBACTER PYLORI (ピロリ菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O26057

-
非ポリマー , 5種, 127分子

#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

配列の詳細THE ACCESSION NUMBER IS FOR THE FULL LENGTH PROTEIN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.3 %
解説: A COMBINATION OF 2UVP FOR HOBA AND A HOMOLGY MODEL FOR DNAA I-II WAS USED FOR MOLECULAR REPLACEMENT.
結晶化pH: 8
詳細: 100 MM TRIS-HCL PH 8.0, 200 MM K-ACETATE, 19-22% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.91
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月17日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.67→50.77 Å / Num. obs: 17498 / % possible obs: 93.4 % / Observed criterion σ(I): 1.1 / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 39.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 2.67→2.81 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 94.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2UVP

2uvp


解像度: 2.67→50.756 Å / SU ML: 0.41 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.95 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: RESIDUE 75 MISSING FROM CHAIN C.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2663 897 5.17 %
Rwork0.2262 --
obs0.2283 17357 90.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60 Å2 / ksol: 0.375 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.9313 Å2-0 Å20.9037 Å2
2---1.8336 Å2-0 Å2
3---9.8006 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.67→50.756 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4339 0 33 107 4479
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0114451
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5066019
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.2441610
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.117675
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006751
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A1487X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B1487X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.273
21C611X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22D611X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.691
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.67-2.83730.38431500.31352667X-RAY DIFFRACTION90
2.8373-3.05630.33771550.29182820X-RAY DIFFRACTION94
3.0563-3.36380.30951700.24722816X-RAY DIFFRACTION94
3.3638-3.85040.23191460.21692813X-RAY DIFFRACTION92
3.8504-4.85060.21341430.17342739X-RAY DIFFRACTION90
4.8506-50.76480.19921330.18392605X-RAY DIFFRACTION83
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7171-0.0739-0.43820.2752-0.15940.94910.06470.02150.11140.06910.0456-0.0217-0.06190.07-0.11370.1875-0.0183-0.01960.1473-0.02710.236217.0163-17.204310.0061
20.5651-0.05960.53180.3110.0330.95860.06570.0093-0.0381-0.07370.0487-0.05680.05250.0627-0.11050.19570.00560.01180.141-0.03360.241916.8997-26.2902-9.9762
30.39520.54210.25710.77530.0721.66720.0981-0.0228-0.4194-0.0391-0.3596-0.58490.1988-0.19150.0710.252-0.102-0.11650.27060.11270.379412.8329-43.999232.8747
40.4787-0.2443-0.24170.1633-0.05771.03880.052-0.07830.2424-0.089-0.0757-0.2727-0.315-0.1912-0.03990.24660.06580.07380.17990.04110.248512.64150.8027-32.8355
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN C
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN D

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る