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- PDB-2woz: The novel beta-propeller of the BTB-Kelch protein Krp1 provides t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2woz
タイトルThe novel beta-propeller of the BTB-Kelch protein Krp1 provides the binding site for Lasp-1 that is necessary for pseudopodia extension
要素KELCH REPEAT AND BTB DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 10
キーワードPROTEIN BINDING / INVASION AND METASTASIS / UBL CONJUGATION PATHWAY / UBL PROTEIN FOLDING / CELL PROJECTION / CYTOSKELETON / KELCH REPEAT / KELCH DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of myoblast proliferation / pseudopodium assembly / regulation of skeletal muscle cell differentiation / regulation of myoblast differentiation / Neddylation / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / myofibril assembly / M band / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / skeletal muscle cell differentiation ...regulation of myoblast proliferation / pseudopodium assembly / regulation of skeletal muscle cell differentiation / regulation of myoblast differentiation / Neddylation / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / myofibril assembly / M band / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / skeletal muscle cell differentiation / pseudopodium / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / ruffle / sarcoplasmic reticulum membrane / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / cytoskeleton / protein ubiquitination / endoplasmic reticulum membrane / nucleoplasm / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Kelch-like protein 41 / Kelch-type beta propeller / KLHDC2/KLHL20/DRC7 Kelch-repeats domain / BTB-kelch protein / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch / BTB And C-terminal Kelch / Kelch / Kelch motif / Kelch repeat type 1 ...Kelch-like protein 41 / Kelch-type beta propeller / KLHDC2/KLHL20/DRC7 Kelch-repeats domain / BTB-kelch protein / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch / BTB And C-terminal Kelch / Kelch / Kelch motif / Kelch repeat type 1 / Kelch-type beta propeller / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / 6 Propeller / Neuraminidase / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Kelch-like protein 41
類似検索 - 構成要素
生物種RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Gray, C.H. / McGarry, L.C. / Spence, H.J. / Riboldi-Tunnicliffe, A. / Ozanne, B.W.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2009
タイトル: Novel beta-propeller of the BTB-Kelch protein Krp1 provides a binding site for Lasp-1 that is necessary for pseudopodial extension.
著者: Gray, C.H. / McGarry, L.C. / Spence, H.J. / Riboldi-Tunnicliffe, A. / Ozanne, B.W.
履歴
登録2009年7月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月7日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年6月13日Group: Data collection / Database references / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / diffrn_radiation / entity_src_gen
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name / _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: KELCH REPEAT AND BTB DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 10


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,4181
ポリマ－35,4181
非ポリマー00
水3,009167
1
A: KELCH REPEAT AND BTB DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 10

A: KELCH REPEAT AND BTB DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 10


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,8372
ポリマ－70,8372
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area3570 Å2
ΔGint-17.2 kcal/mol
Surface area27130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.110, 98.530, 46.970
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 KELCH REPEAT AND BTB DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 10 / KRP1 / KELCH-RELATED PROTEIN 1 / KEL-LIKE PROTEIN 23 / SARCOSIN


分子量: 35418.426 Da / 分子数: 1 / 断片: KELCH DOMAIN, RESIDUES 289-606 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ) / プラスミド: PGEX6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: Q9ER30
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.978
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→45.9 Å / Num. obs: 20693 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 30.235 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 16.4
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2→49.5 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.279 -5 %RANDOM
Rwork0.237 ---
obs-20693 97.1 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→49.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2389 0 0 167 2556
LS精密化 シェル解像度: 2→2.11 Å / Num. reflection Rwork: 3049

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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