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万見
- PDB-2wox: Betaine aldehyde dehydrogenase from Pseudomonas aeruginosa with N... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wox
タイトルBetaine aldehyde dehydrogenase from Pseudomonas aeruginosa with NAD(P) H-catalytic thiol adduct.
要素BETAINE ALDEHYDE DEHYDROGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / ALDEHYDE OXIDATION / NADPH COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


4-trimethylammoniobutyraldehyde dehydrogenase activity / aminobutyraldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / betaine-aldehyde dehydrogenase / betaine-aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / glycine betaine biosynthetic process from choline / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Betaine aldehyde dehydrogenase / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain ...Betaine aldehyde dehydrogenase / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7PE / BETA-MERCAPTOETHANOL / : / Chem-NDP / NAD/NADP-dependent betaine aldehyde dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Gonzalez-Segura, L. / Rudino-Pinera, E. / Diaz-Sanchez, A.G. / Munoz-Clares, R.A.
引用ジャーナル: Biochem. J. / 年: 2011
タイトル: Novel NADPH-cysteine covalent adduct found in the active site of an aldehyde dehydrogenase.
著者: Diaz-Sanchez, A.G. / Gonzalez-Segura, L. / Rudino-Pinera, E. / Lira-Rocha, A. / Torres-Larios, A. / Munoz-Clares, R.A.
履歴
登録2009年7月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年10月26日Group: Database references
改定 2.02019年1月23日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Source and taxonomy
カテゴリ: atom_site / citation ...atom_site / citation / database_PDB_caveat / entity_src_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.title / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 2.12019年4月24日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / struct_conn
Item: _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETAINE ALDEHYDE DEHYDROGENASE
B: BETAINE ALDEHYDE DEHYDROGENASE
C: BETAINE ALDEHYDE DEHYDROGENASE
D: BETAINE ALDEHYDE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)219,51239
ポリマ－213,0364
非ポリマー6,47635
水19,6001088
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area33250 Å2
ΔGint-116.1 kcal/mol
Surface area55560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)151.749, 151.749, 242.053
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
BETAINE ALDEHYDE DEHYDROGENASE / BADH


分子量: 53259.066 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 2-490 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / プラスミド: PCALBETB / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PlysS / 参照: UniProt: Q9HTJ1, betaine-aldehyde dehydrogenase

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非ポリマー , 6種, 1123分子

#2: 化合物
ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#3: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-7PE / 2-(2-(2-(2-(2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHOXY)ETHOXY)ETHOXY)ETHOXY)ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL FRAGMENT / 3,6,9,12,15,18-ヘキサオキサイコサン-1-オ-ル


分子量: 310.384 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H30O7
#6: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1088 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.53 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5
詳細: CRYSTAL WERE GROWN IN 85 MM HEPES, PH 7.5, 8.5% (V:V) ISOPROPANOL, 17% PEG 4000 AND 2 MM NADPH

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.9795
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月9日
詳細: HIGH-RESOLUTION DOUBLE- CRYSTAL SI(220) SAGITTAL FOCUSING, ROSENBAUM- ROCK VERTICAL FOCUSING MIRROR
放射モノクロメーター: ROSENBAUM-ROCK / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→35 Å / Num. obs: 143189 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 35.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WME

2wme


解像度: 2.3→63.414 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.86 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1983 7099 5 %
Rwork0.1593 --
obs0.1635 141572 98.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 58.565 Å2 / ksol: 0.371 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 44.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.3935 Å20 Å20 Å2
2---1.3935 Å20 Å2
3---2.7871 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→63.414 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14976 0 375 1088 16439
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.03315793
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.41821415
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.3045959
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072351
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0292788
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.32620.28952240.19524486X-RAY DIFFRACTION100
2.3262-2.35350.29522200.19544502X-RAY DIFFRACTION100
2.3535-2.38220.29512320.19044508X-RAY DIFFRACTION100
2.3822-2.41240.26092540.18334459X-RAY DIFFRACTION100
2.4124-2.44410.29922380.18414502X-RAY DIFFRACTION100
2.4441-2.47760.29042190.17364488X-RAY DIFFRACTION100
2.4776-2.5130.22162400.14624447X-RAY DIFFRACTION100
2.513-2.55050.23872450.15154503X-RAY DIFFRACTION100
2.5505-2.59040.23172350.14724511X-RAY DIFFRACTION100
2.5904-2.63280.22982560.14294454X-RAY DIFFRACTION100
2.6328-2.67820.22072440.13714511X-RAY DIFFRACTION100
2.6782-2.72690.2532380.13954498X-RAY DIFFRACTION100
2.7269-2.77940.22232350.14064498X-RAY DIFFRACTION100
2.7794-2.83610.23992330.12914513X-RAY DIFFRACTION100
2.8361-2.89780.20872610.12664479X-RAY DIFFRACTION100
2.8978-2.96520.22392370.1264511X-RAY DIFFRACTION100
2.9652-3.03930.18812300.11964572X-RAY DIFFRACTION100
3.0393-3.12150.21392260.12754453X-RAY DIFFRACTION100
3.1215-3.21340.20872370.12884557X-RAY DIFFRACTION100
3.2134-3.31710.19782460.12394496X-RAY DIFFRACTION100
3.3171-3.43560.18582600.11684482X-RAY DIFFRACTION99
3.4356-3.57320.16832340.1054502X-RAY DIFFRACTION99
3.5732-3.73580.15612100.10214498X-RAY DIFFRACTION99
3.7358-3.93270.15262350.10324515X-RAY DIFFRACTION99
3.9327-4.17910.16682320.10614464X-RAY DIFFRACTION98
4.1791-4.50170.14852540.09574440X-RAY DIFFRACTION98
4.5017-4.95450.15562070.09754482X-RAY DIFFRACTION97
4.9545-5.67110.18832600.13054396X-RAY DIFFRACTION96
5.6711-7.14340.18712140.14864429X-RAY DIFFRACTION94
7.1434-63.43810.17892430.15954317X-RAY DIFFRACTION90

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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