PDB-2wod: Crystal Structure of the dinitrogenase reductase-activating glyco...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2wod

タイトル

Crystal Structure of the dinitrogenase reductase-activating glycohydrolase (DRAG) from Rhodospirillum rubrum in complex with ADP- ribsoyllysine

要素

ADP-RIBOSYL-[DINITROGEN REDUCTASE] GLYCOHYDROLASE

キーワード

HYDROLASE / NITROGEN FIXATION / DIMANGANESE-DEPENDENT / ADP-RIBOSYLGLYCOHYDROLASE / MONO-ADP-RIBOSYLHYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

ADP-ribosyl-[dinitrogen reductase] hydrolase / ADP-ribosyl-[dinitrogen reductase] hydrolase activity / protein de-ADP-ribosylation / nitrogen fixation / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

RHODOSPIRILLUM RUBRUM (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Berthold, C.L. / Wang, H. / Nordlund, S. / Hogbom, M.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Mechanism of Adp-Ribosylation Removal Revealed by the Structure and Ligand Complexes of the Dimanganese Mono-Adp-Ribosylhydrolase Drag.
著者: Berthold, C.L. / Wang, H. / Nordlund, S. / Hogbom, M.

履歴

登録	2009年7月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2009年8月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2018年1月17日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2wod.cif.gz	122.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2wod.ent.gz	100.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2wod.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wo/2wod ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wo/2wod	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2wocC 2woeC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2woc-2 2woe-1 2woe-2 2woc-3 1uk7-d 2woc-1 2woe-3 3g9d-1 5fxm-d 1j1i-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ADP-RIBOSYL-[DINITROGEN REDUCTASE] GLYCOHYDROLASE

B: ADP-RIBOSYL-[DINITROGEN REDUCTASE] GLYCOHYDROLASE

ヘテロ分子

65.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ADP-RIBOSYL-[DINITROGEN REDUCTASE] GLYCOHYDROLASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: ADP-RIBOSYL-[DINITROGEN REDUCTASE] GLYCOHYDROLASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.306, 77.306, 245.593
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.356, -0.933, -0.055), (0.918, -0.36, 0.167), (-0.176, 0.009, 0.984)
ベクター: 60.48688, -57.10409, -3.983)

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	ADP-RIBOSYL-[DINITROGEN REDUCTASE] GLYCOHYDROLASE / DINITROGENASE REDUCTASE-ACTIVATING GLYCOHYDROLASE / ADP-RIBOSYLGLYCOHYDROLASE 分子量: 32244.752 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: LYS B54 IS MONO-ADP-RIBOSYLATED 由来: (組換発現) RHODOSPIRILLUM RUBRUM (バクテリア) 株: S1 / プラスミド: PGEX-6P-2 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) STAR 参照: UniProt: P14300, ADP-ribosyl-[dinitrogen reductase] hydrolase

#1: タンパク質

ADP-RIBOSYL-[DINITROGEN REDUCTASE] GLYCOHYDROLASE / DINITROGENASE REDUCTASE-ACTIVATING GLYCOHYDROLASE / ADP-RIBOSYLGLYCOHYDROLASE

分子量: 32244.752 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: LYS B54 IS MONO-ADP-RIBOSYLATED
由来: (組換発現)

RHODOSPIRILLUM RUBRUM (バクテリア)
株: S1 / プラスミド: PGEX-6P-2 / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) STAR
参照: UniProt: P14300, ADP-ribosyl-[dinitrogen reductase] hydrolase

-
非ポリマー , 5種, 256分子

#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-ZZC / [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL [[(2R,3R)-2,3-DIHYDROXY-4-OXO-PENTOXY]-OXIDO-PHOSPHORYL] PHOSPHATE 分子量: 541.300 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₁N₅O₁₃P₂
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 249 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

非ポリマーの詳細	1'-DEOXY ADP-RIBOSYL (ZZC): C1' IS COVALENTLY LINKED TO THE EPSILON-AMINO GROUP OF LYS54

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 61 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 0.99
検出器	日付: 2008年9月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→36.86 Å / Num. obs: 43703 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.1 % / B_iso Wilson estimate: 36.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 12.6
反射シェル	解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.69 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.25→34.92 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / SU B: 13.081 / SU ML: 0.169 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.222 / ESU R Free: 0.195 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE ADP-RIBSOYLLYSINE KETOAMINE AT RESIDUE B54 REACHES INTO THE ACTIVE SITE OF THE CHAIN A SUBUNIT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.242	2082	5.1 %	RANDOM
R_work	0.197	-	-	-
obs	0.199	38837	98.68 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.532 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.36 Å²	1.68 Å²	0 Å²
2-	-	3.36 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→34.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4408	0	85	249	4742

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.021	4596
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3071
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.183	1.973	6231
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.552	3	7449
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.147	5	584
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.911	22.872	195
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.92	15	740
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.376	15	38
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.059	0.2	690
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	5146
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	944
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.197	0.2	1136
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.179	0.2	3286
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	2282
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.086	0.2	2252
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.132	0.2	219
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.148	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.197	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.097	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.47	1.5	3728
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.076	1.5	1210
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.569	2	4552
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.102	3	1985
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.659	4.5	1677
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.25→2.308 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.319	139	-
R_work	0.273	2831	-
obs	-	-	99.23 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.078	0.4351	-0.426	2.3571	-0.5324	4.4203	-0.04	-0.0713	-0.2535	-0.2434	-0.0529	-0.2433	0.5458	0.1084	0.0929	0.1543	0.0311	0.0449	-0.2495	0.0191	-0.109	36.2581	-24.4663	-25.0573
2	1.4156	0.7028	0.4342	2.0624	0.117	3.4575	-0.0088	-0.152	0.0199	-0.1467	-0.0557	-0.0066	-0.0825	0.1293	0.0645	-0.1326	-0.0309	-0.0094	-0.2167	-0.0134	-0.1722	42.2815	10.6576	-13.9611

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 293
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	3 - 293

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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