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万見
- PDB-2wod: Crystal Structure of the dinitrogenase reductase-activating glyco... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wod
タイトルCrystal Structure of the dinitrogenase reductase-activating glycohydrolase (DRAG) from Rhodospirillum rubrum in complex with ADP- ribsoyllysine
要素ADP-RIBOSYL-[DINITROGEN REDUCTASE] GLYCOHYDROLASE
キーワードHYDROLASE / NITROGEN FIXATION / DIMANGANESE-DEPENDENT / ADP-RIBOSYLGLYCOHYDROLASE / MONO-ADP-RIBOSYLHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


ADP-ribosyl-[dinitrogen reductase] hydrolase / protein de-ADP-ribosylation / ADP-ribosyl-[dinitrogen reductase] hydrolase activity / nitrogen fixation / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ADP-ribosyl-dinitrogen reductase hydrolase / ADP-ribosylglycohydrolase fold / ADP-ribosylation/Crystallin J1 / ADP-ribosylation/Crystallin J1 / ADP-ribosylglycohydrolase / ADP-ribosylation/Crystallin J1 superfamily / : / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-ZZC / ADP-ribosyl-[dinitrogen reductase] glycohydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種RHODOSPIRILLUM RUBRUM (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Berthold, C.L. / Wang, H. / Nordlund, S. / Hogbom, M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Mechanism of Adp-Ribosylation Removal Revealed by the Structure and Ligand Complexes of the Dimanganese Mono-Adp-Ribosylhydrolase Drag.
著者: Berthold, C.L. / Wang, H. / Nordlund, S. / Hogbom, M.
履歴
登録2009年7月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22018年1月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADP-RIBOSYL-[DINITROGEN REDUCTASE] GLYCOHYDROLASE
B: ADP-RIBOSYL-[DINITROGEN REDUCTASE] GLYCOHYDROLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,9029
ポリマ－64,4902
非ポリマー1,4127
水4,486249
1
A: ADP-RIBOSYL-[DINITROGEN REDUCTASE] GLYCOHYDROLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8413
ポリマ－32,2451
非ポリマー5962
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: ADP-RIBOSYL-[DINITROGEN REDUCTASE] GLYCOHYDROLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,0616
ポリマ－32,2451
非ポリマー8165
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.306, 77.306, 245.593
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.356, -0.933, -0.055), (0.918, -0.36, 0.167), (-0.176, 0.009, 0.984)
ベクター: 60.48688, -57.10409, -3.983)

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 ADP-RIBOSYL-[DINITROGEN REDUCTASE] GLYCOHYDROLASE / DINITROGENASE REDUCTASE-ACTIVATING GLYCOHYDROLASE / ADP-RIBOSYLGLYCOHYDROLASE


分子量: 32244.752 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: LYS B54 IS MONO-ADP-RIBOSYLATED
由来: (組換発現) RHODOSPIRILLUM RUBRUM (バクテリア)
株: S1 / プラスミド: PGEX-6P-2 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) STAR
参照: UniProt: P14300, ADP-ribosyl-[dinitrogen reductase] hydrolase

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非ポリマー , 5種, 256分子

#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-ZZC / [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL [[(2R,3R)-2,3-DIHYDROXY-4-OXO-PENTOXY]-OXIDO-PHOSPHORYL] PHOSPHATE


分子量: 541.300 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H21N5O13P2
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 249 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
非ポリマーの詳細1'-DEOXY ADP-RIBOSYL (ZZC): C1' IS COVALENTLY LINKED TO THE EPSILON-AMINO GROUP OF LYS54

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 0.99
検出器日付: 2008年9月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→36.86 Å / Num. obs: 43703 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 36.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.69 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.25→34.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 13.081 / SU ML: 0.169 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.222 / ESU R Free: 0.195 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE ADP-RIBSOYLLYSINE KETOAMINE AT RESIDUE B54 REACHES INTO THE ACTIVE SITE OF THE CHAIN A SUBUNIT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 2082 5.1 %RANDOM
Rwork0.197 ---
obs0.199 38837 98.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.532 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.36 Å21.68 Å20 Å2
2--3.36 Å20 Å2
3----5.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→34.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4408 0 85 249 4742
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0214596
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023071
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1831.9736231
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.55237449
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1475584
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.91122.872195
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.9215740
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.3761538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0590.2690
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.025146
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02944
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1970.21136
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1790.23286
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.170.22282
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.22252
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1320.2219
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1480.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1970.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0970.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.471.53728
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0761.51210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.56924552
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.10231985
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.6594.51677
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.308 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.319 139 -
Rwork0.273 2831 -
obs--99.23 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0780.4351-0.4262.3571-0.53244.4203-0.04-0.0713-0.2535-0.2434-0.0529-0.24330.54580.10840.09290.15430.03110.0449-0.24950.0191-0.10936.2581-24.4663-25.0573
21.41560.70280.43422.06240.1173.4575-0.0088-0.1520.0199-0.1467-0.0557-0.0066-0.08250.12930.0645-0.1326-0.0309-0.0094-0.2167-0.0134-0.172242.281510.6576-13.9611
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 293
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 293

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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