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万見
- PDB-2wno: X-ray Structure of CUB_C domain from TSG-6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wno
タイトルX-ray Structure of CUB_C domain from TSG-6
要素TUMOR NECROSIS FACTOR-INDUCIBLE GENE 6 PROTEIN
キーワードCELL ADHESION / GLYCOPROTEIN / EXTRACELLULAR MATRIX
機能・相同性
機能・相同性情報


fibronectin fibril organization / hyaluronan metabolic process / ovarian cumulus expansion / hyaluronic acid binding / carboxylesterase activity / negative regulation of neutrophil chemotaxis / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素 / negative regulation of osteoclast differentiation / fibronectin binding / negative regulation of BMP signaling pathway ...fibronectin fibril organization / hyaluronan metabolic process / ovarian cumulus expansion / hyaluronic acid binding / carboxylesterase activity / negative regulation of neutrophil chemotaxis / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素 / negative regulation of osteoclast differentiation / fibronectin binding / negative regulation of BMP signaling pathway / negative regulation of osteoblast differentiation / positive regulation of receptor clustering / negative regulation of inflammatory response / tertiary granule lumen / cell-cell signaling / ficolin-1-rich granule lumen / cell adhesion / positive regulation of cell migration / inflammatory response / calcium ion binding / Neutrophil degranulation / signal transduction / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Spermadhesin, CUB domain / Link domain / Extracellular link domain / Link domain signature. / Link domain profile. / Link (Hyaluronan-binding) / CUB domain / Domain first found in C1r, C1s, uEGF, and bone morphogenetic protein. / CUB domain / CUB domain profile. ...Spermadhesin, CUB domain / Link domain / Extracellular link domain / Link domain signature. / Link domain profile. / Link (Hyaluronan-binding) / CUB domain / Domain first found in C1r, C1s, uEGF, and bone morphogenetic protein. / CUB domain / CUB domain profile. / Spermadhesin, CUB domain superfamily / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Tumor necrosis factor-inducible gene 6 protein
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Briggs, D.C. / Day, A.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Metal Ion-Dependent Heavy Chain Transfer Activity of Tsg-6 Mediates Assembly of the Cumulus-Oocyte Matrix.
著者: Briggs, D.C. / Birchenough, H.L. / Ali, T. / Rugg, M.S. / Waltho, J.P. / Ievoli, E. / Jowitt, T.A. / Enghild, J.J. / Richter, R.P. / Salustri, A. / Milner, C.M. / Day, A.J.
履歴
登録2009年7月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月21日Group: Database references / Other / Version format compliance
改定 1.22015年10月28日Group: Database references
改定 1.32015年12月9日Group: Database references
改定 1.42017年6月28日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.52023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TUMOR NECROSIS FACTOR-INDUCIBLE GENE 6 PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7663
ポリマ－16,6671
非ポリマー992
水1,874104
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.929, 56.929, 112.572
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 TUMOR NECROSIS FACTOR-INDUCIBLE GENE 6 PROTEIN / TUMOR NECROSIS FACTOR-INDUCIBLE PROTEIN TSG-6 / TNF-STIMULATED GENE 6 PROTEIN / TSG-6 / TUMOR ...TUMOR NECROSIS FACTOR-INDUCIBLE PROTEIN TSG-6 / TNF-STIMULATED GENE 6 PROTEIN / TSG-6 / TUMOR NECROSIS FACTOR ALPHA-INDUCED PROTEIN 6 / TNF ALPHA-INDUCED PROTEIN 6 / HYALURONATE-BINDING PROTEIN


分子量: 16667.457 Da / 分子数: 1 / 断片: CUB_C, RESIDUES 129-277 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PRK172 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA GAMI-B / 参照: UniProt: P98066
#2: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.93 % / 解説: MODEL CREATED USING PHYRE SERVER.
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 100MM HEPES PH 7.5 200MM MGSO4 22% (W/V) PEG 1000

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU R-AXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年5月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→40.3 Å / Num. obs: 8616 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 92.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: HOMOLOGY MODEL OF TARGETS BASED UPON 1SZB

1szb


解像度: 2.3→40.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 10.808 / SU ML: 0.144 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.231 / ESU R Free: 0.192 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES 250-277 (_C TAIL) WERE NOT VISIBLE IN THE ELECTRON DENSITY. HOWEVER, SDS-PAGE ON A DISSOLVED CRYSTAL INDICATES THAT THE PROTEIN WAS ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES 250-277 (_C TAIL) WERE NOT VISIBLE IN THE ELECTRON DENSITY. HOWEVER, SDS-PAGE ON A DISSOLVED CRYSTAL INDICATES THAT THE PROTEIN WAS INTACT, AND THEREFORE WE ASSUME THE MISSING RESIDUES ARE HIGHLY DISORDERED OR MOBILE AND THUS NOT VISIBLE IN ELECTRON DENSITY. THERE IS A 0.25 OCCUPANCY COBALT ION MODELLED ADJACENT TO HIS203. THE CRYSTAL USED FOR REFINEMENT WAS SOAK IN A MOTHER LIQUOR SUPPLEMENTED WITH 10MM COBALT TO TRY AND LOCATE POSSIBLE COBALT BINDING SITES. WHILST THIS SITE IS VISIBLE (CONFIRMED WITH AN ANOMALOUS DIFFERENCE FOURIER), WE DO NOT BELIEVE THAT THIS SITE IS BIOLOGICALLY RELEVANT. SEE PUBLICATION FOR DETAILS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.228 395 4.6 %RANDOM
Rwork0.191 ---
obs0.193 8221 98.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.67 Å20 Å20 Å2
2--0.67 Å20 Å2
3----1.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→40.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数943 0 2 104 1049
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.022980
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1131.9511332
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5475120
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.324.61552
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.59415150
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.369154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2136
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.02780
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1950.2434
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.310.2652
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1360.282
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1340.25
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1360.237
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0960.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2921.5601
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.5172953
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.7723427
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.2964.5378
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.405 26 -
Rwork0.349 512 -
obs--85.26 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.52266.6222-1.145113.6721-4.61011.91140.19950.39840.92670.47840.28081.2703-0.4273-0.5485-0.48030.30690.00690.00360.2263-0.00630.20059.372-0.928-27.708
24.14011.5237-0.5161.4885-1.44951.77450.05410.12920.2728-0.00920.2730.6218-0.2239-0.386-0.3270.2320.0310.03520.1416-0.02140.19417.467-5.623-17.688
31.80840.5576-0.31583.2585-0.0271.462-0.08180.0004-0.02870.17280.1047-0.3729-0.02240.2048-0.02290.194-0.0185-0.04150.1619-0.05450.18419.421-5.298-20.558
45.226-1.4944-1.3544.1774-0.13020.42220.2463-0.0504-0.07620.32380.1411-0.12680.48530.5061-0.38740.23720.0291-0.05570.1753-0.03210.297922.29-10.63-21.641
56.911.0201-0.57894.39911.4154.5627-0.0402-0.3584-0.07070.34050.1367-0.6193-0.12291.1183-0.09650.22220.002-0.03540.1374-0.06560.213825.209-1.092-20.306
60.15480.01980.64773.4833-0.30522.7529-0.0338-0.1996-0.11950.04710.041-0.1962-0.10750.2672-0.00720.23050.01890.02820.1529-0.0580.229814.786-4.557-19.058
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A131 - 143
2X-RAY DIFFRACTION2A144 - 162
3X-RAY DIFFRACTION3A163 - 198
4X-RAY DIFFRACTION4A199 - 212
5X-RAY DIFFRACTION5A213 - 224
6X-RAY DIFFRACTION6A225 - 249

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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