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- PDB-2wn3: Crystal structure of Discoidin I from Dictyostelium discoideum in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wn3
タイトルCrystal structure of Discoidin I from Dictyostelium discoideum in complex with the disaccharide GalNAc beta 1-3 galactose, at 1.6 A resolution.
要素DISCOIDIN-1 SUBUNIT A
キーワードCELL ADHESION / TYPE-H LECTIN / DISCOIDIN DOMAIN / LECTIN
機能・相同性
機能・相同性情報


lectin-induced modified bacterial internalization / lipooligosaccharide binding / response to catechin / protein localization to cell cortex / asexual reproduction / N-acetylgalactosamine binding / response to curcumin / protein complex involved in cell adhesion / symbiont cell surface / oligosaccharide binding ...lectin-induced modified bacterial internalization / lipooligosaccharide binding / response to catechin / protein localization to cell cortex / asexual reproduction / N-acetylgalactosamine binding / response to curcumin / protein complex involved in cell adhesion / symbiont cell surface / oligosaccharide binding / regulation of protein complex stability / cortical cytoskeleton organization / cell-substrate adhesion / intracellular vesicle / polysaccharide binding / mitotic cytokinesis / phagocytic vesicle / cytoskeleton organization / extracellular matrix / response to bacterium / cell-cell adhesion / regulation of gene expression / carbohydrate binding / cell cortex / cell adhesion / cell surface / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin-like - #2080 / H-type lectin domain / H-type lectin domain superfamily / H-type lectin domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 1. / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Galactose-binding domain-like ...: / Immunoglobulin-like - #2080 / H-type lectin domain / H-type lectin domain superfamily / H-type lectin domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 1. / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Galactose-binding domain-like / Galactose-binding-like domain superfamily / Jelly Rolls / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1PG / Discoidin-1 subunit A
類似検索 - 構成要素
生物種DICTYOSTELIUM DISCOIDEUM (キイロタマホコリカビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.59 Å
データ登録者Mathieu, S. / Imberty, A. / Varrot, A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Discoidin I from Dictyostelium Discoideum and Interactions with Oligosaccharides: Specificity, Affinity, Crystal Structures and Comparison with Discoidin II.
著者: Mathieu, S. / Saboia Aragao, K. / Imberty, A. / Varrot, A.
履歴
登録2009年7月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DISCOIDIN-1 SUBUNIT A
B: DISCOIDIN-1 SUBUNIT A
C: DISCOIDIN-1 SUBUNIT A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,15116
ポリマ－85,0643
非ポリマー2,08713
水20,1951121
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16030 Å2
ΔGint-85.2 kcal/mol
Surface area26840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.580, 274.000, 85.760
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2218-

HOH

21B-2037-

HOH

31B-2039-

HOH

41B-2351-

HOH

51C-2077-

HOH

61C-2241-

HOH

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 6分子 ABC

#1: タンパク質 DISCOIDIN-1 SUBUNIT A / DISCOIDIN-1 SUBUNIT ALPHA / DISCOIDIN I CHAIN A


分子量: 28354.576 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) DICTYOSTELIUM DISCOIDEUM (キイロタマホコリカビ)
株: AX2 / プラスミド: PPROEX-HTB / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA 2 (DE3) PLYSS / 参照: UniProt: P02886
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose-(1-3)-beta-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 383.349 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpNAcb1-3DGalpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2112h-1b_1-5][a2112h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-2/a3-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Galp]{[(3+1)][b-D-GalpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 5種, 1131分子

#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-1PG / 2-(2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHANOL / 3,6,9,12,15-ペンタオキサヘキサデカン-1-オ-ル


分子量: 252.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H24O6
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細FIRST RESIDUE IS ADDED FOLLOWING THE CLEAVAGE OF THE N TERMINAL HIS TAG

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.77 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5
詳細: 100MM HEPES PH7.5, LI2SO4 1.2M, 20% GLYCEROL AS CRYOPROTECTANT

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.95375
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95375 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.59→43.73 Å / Num. obs: 114648 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 15.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 1.59→1.67 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0072精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2W94

2w94


解像度: 1.59→137 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 1.325 / SU ML: 0.046 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.074 / ESU R Free: 0.075 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY. DISORDERED REGIONS WERE MODELED STEREOCHEMICALLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18023 5754 5 %RANDOM
Rwork0.15159 ---
obs0.15301 108859 98.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 10.576 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.09 Å20 Å20 Å2
2---0.98 Å20 Å2
3---0.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.59→137 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5967 0 131 1121 7219
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0226295
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024050
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5771.9318603
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.89739847
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0955782
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.23424.331314
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.13615947
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.2311539
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2981
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.027088
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021326
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8721.53813
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2771.51555
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.47526204
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.27532482
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4514.52386
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.59→1.67 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.327 437 -
Rwork0.295 7888 -
obs--98.08 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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