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- PDB-2wmc: Crystal structure of eukaryotic initiation factor 4E from Pisum s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wmc
タイトルCrystal structure of eukaryotic initiation factor 4E from Pisum sativum
要素EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 4E
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / INITIATION FACTOR / PROTEIN BIOSYNTHESIS / EIF4E / SBM1 GENE / RNA-BINDING / PISUM SATIVUM
機能・相同性
機能・相同性情報


eukaryotic translation initiation factor 4F complex / RNA 7-methylguanosine cap binding / translation initiation factor activity / translational initiation / defense response to virus / RNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RNA Cap, Translation Initiation Factor Eif4e / RNA Cap, Translation Initiation Factor Eif4e / Eukaryotic translation initiation factor 4E (eIF-4E), conserved site / Eukaryotic initiation factor 4E signature. / Translation Initiation factor eIF- 4e / Eukaryotic initiation factor 4E / Translation Initiation factor eIF- 4e-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
7-METHYL-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Eukaryotic translation initiation factor 4E-1
類似検索 - 構成要素
生物種PISUM SATIVUM (エンドウ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Ashby, J.A. / Stevenson, C.E.M. / Maule, A.J. / Lawson, D.M.
引用
ジャーナル: Plos One / 年: 2011
タイトル: Structure-Based Mutational Analysis of Eif4E in Relation to Sbm1 Resistance to Pea Seed-Borne Mosaic Virus in Pea.
著者: Ashby, J.A. / Stevenson, C.E. / Jarvis, G.E. / Lawson, D.M. / Maule, A.J.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2009
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Analysis of Eukaryotic Initiation Factor 4E from Pisum Sativum.
著者: Ashby, J.A. / Stevenson, C.E.M. / Maule, A.J. / Lawson, D.M.
履歴
登録2009年6月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年7月12日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42019年3月6日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.52023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 4E
B: EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 4E
C: EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 4E
D: EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 4E
E: EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 4E
F: EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 4E
G: EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 4E
H: EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 4E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)168,10616
ポリマ－163,8018
非ポリマー4,3068
水14,232790
1
A: EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 4E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,0132
ポリマ－20,4751
非ポリマー5381
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 4E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,0132
ポリマ－20,4751
非ポリマー5381
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 4E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,0132
ポリマ－20,4751
非ポリマー5381
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 4E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,0132
ポリマ－20,4751
非ポリマー5381
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 4E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,0132
ポリマ－20,4751
非ポリマー5381
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 4E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,0132
ポリマ－20,4751
非ポリマー5381
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
G: EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 4E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,0132
ポリマ－20,4751
非ポリマー5381
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
H: EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 4E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,0132
ポリマ－20,4751
非ポリマー5381
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.612, 136.320, 74.415
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.65, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.04555, 0.97435, -0.22037), (-0.72353, 0.18428, 0.66524), (0.68879, 0.12915, 0.71336)-62.07152, 29.50035, 11.83081
2given(-0.99872, -0.04807, -0.01549), (0.02374, -0.71751, 0.69615), (-0.04458, 0.69489, 0.71773)-37.93857, 83.45405, -33.44569
3given(-0.00488, -0.91866, 0.39502), (0.75795, 0.25428, 0.60071), (-0.65229, 0.30234, 0.69506)26.66482, 54.78761, -24.91273
4given(-0.18538, 0.88522, -0.42664), (-0.85148, 0.07202, 0.51942), (0.49053, 0.45957, 0.74039)-57.79124, 42.86471, -59.97589
5given(-0.98356, -0.10161, 0.1493), (0.17989, -0.47858, 0.85942), (-0.01587, 0.87214, 0.48899)2.00816, 50.45886, -66.6778
6given(0.11661, -0.93189, 0.34349), (0.94783, 0.20773, 0.2418), (-0.29669, 0.29737, 0.90749)24.31589, 9.76413, -42.26576
7given(0.99228, 0.12024, -0.03033), (-0.10514, 0.94545, 0.30832), (0.06574, -0.30275, 0.9508)-40.88003, -13.13385, -8.61153

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要素

#1: タンパク質
EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 4E


分子量: 20475.092 Da / 分子数: 8 / 断片: N-TERMINALLY TRUNCATED FORM, RESIDUES 52-228 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: CONTAINS RESIDUES 52-228 OF THE NATIVE SEQUENCE PLUS AN ADDITIONAL N-TERMINAL METHIONINE
由来: (組換発現) PISUM SATIVUM (エンドウ) / プラスミド: PET24APLUS / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA-2(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: Q6TEC4
#2: 化合物
ChemComp-MGP / 7-METHYL-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / 7-メチル-7-アゾニアグアノシン5′-三りん酸


分子量: 538.215 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H19N5O14P3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 790 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細7-METHYL-GUANOSINE-5P-TRIPHOSPHATE (MGP). TERMINAL PHOSPHATES MISSING IN THE COORDINATES - EITHER ...7-METHYL-GUANOSINE-5P-TRIPHOSPHATE (MGP). TERMINAL PHOSPHATES MISSING IN THE COORDINATES - EITHER HYDROLYZED OR DISORDERED
配列の詳細CONTAINS RESIDUES 52-228 OF THE NATIVE SEQUENCE PLUS AN ADDITIONAL N-TERMINAL METHIONINE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.09 % / 解説: NONE
結晶化温度: 293 K / pH: 7 / 詳細: 18% (W/V) PEG 3350 IN 100 MM HEPES PH 7.0 AT 293 K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.542
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年11月30日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.542 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→21.93 Å / Num. obs: 72233 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): -9 / 冗長度: 3.73 % / Biso Wilson estimate: 23.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 14.64
反射 シェル解像度: 2.2→2.22 Å / 冗長度: 3.47 % / Rmerge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 5.39 / % possible all: 95.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.4.0067精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2IDV

2idv


解像度: 2.2→136.083 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.887 / SU B: 12.31 / SU ML: 0.168 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.302 / ESU R Free: 0.234 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2499 3642 5.02 %RANDOM
Rwork0.1799 ---
obs0.183 72232 97.205 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 23.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.204 Å20 Å20.549 Å2
2---1.357 Å20 Å2
3---1.612 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→136.083 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10788 0 232 790 11810
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.02211392
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4811.92415523
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.84451313
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.34224.477545
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.918151704
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.3521523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.21568
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212564
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2410.255
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4351.56629
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.091.52730
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.801210601
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.25834763
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.9834.54922
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.299 278 -
Rwork0.206 4954 -
obs--94.869 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.06740.30760.09892.0282-0.45181.4449-0.05010.06890.0577-0.09750.0204-0.1585-0.08460.0220.0297-0.1225-0.0020.0271-0.12640.0089-0.146-3.521167.9589-2.9993
22.7059-1.4859-0.9772.98570.39971.57080.08880.05680.1471-0.097-0.1196-0.1664-0.02320.03540.0309-0.12420.01140.0003-0.10580.0444-0.1635-36.551261.78681.4492
31.8682-0.1162-0.43952.381-0.26021.7519-0.0422-0.0091-0.02910.08790.04860.13550.0639-0.1455-0.0064-0.122-0.0081-0.0226-0.1134-0.0189-0.1405-35.758430.617710.4544
42.391-0.41970.61382.7042-0.43751.3185-0.0073-0.1019-0.04610.04890.0131-0.1983-0.02240.0767-0.0059-0.1349-0.00670.0109-0.16240.002-0.1309-3.577237.908710.4285
53.0276-0.9333-0.44241.8031-0.02141.94590.0399-0.17160.13380.0936-0.03290.0955-0.11520.0002-0.0069-0.1105-0.01280.0013-0.1133-0.0095-0.0837-3.615675.229531.7599
63.60890.3955-0.47592.6138-0.94123.2536-0.057-0.07690.0230.17990.0220.2610.0266-0.21640.0351-0.04820.00210.041-0.0594-0.0023-0.04578.483547.152244.9151
73.5653-0.55220.45143.051-0.14651.6019-0.0118-0.3155-0.02070.40670.0525-0.08650.01820.1314-0.0407-0.03480.0279-0.0226-0.0876-0.0037-0.171340.157450.143139.5722
81.6544-0.26530.56632.46020.43471.565-0.1161-0.12930.17720.08920.0177-0.1047-0.16430.09150.0984-0.11130.00410.0019-0.1002-0.0075-0.081228.536678.954629.0678
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A52 - 228
2X-RAY DIFFRACTION2B52 - 228
3X-RAY DIFFRACTION3C52 - 228
4X-RAY DIFFRACTION4D52 - 228
5X-RAY DIFFRACTION5E52 - 228
6X-RAY DIFFRACTION6F52 - 228
7X-RAY DIFFRACTION7G52 - 228
8X-RAY DIFFRACTION8H52 - 228

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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