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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2wm5 | ||||||
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タイトル | X-ray structure of the substrate-free Mycobacterium tuberculosis cytochrome P450 CYP124 | ||||||
![]() | PUTATIVE CYTOCHROME P450 124 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / METAL-BINDING / OMEGA-HYDROXYLATION / P450 / IRON / HEME / FATTY ACID / MONOOXYGENASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() methyl-branched lipid omega-hydroxylase / methyl-branched fatty acid metabolic process / cholesterol 26-hydroxylase activity / cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase [(25R)-3-oxocholest-4-en-26-oate forming] / fatty acid omega-oxidation / cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase activity / NADPH binding / iron ion binding / heme binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Johnston, J.B. / Kells, P.M. / Podust, L.M. / Ortiz de Montellano, P.R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Biochemical and structural characterization of CYP124: a methyl-branched lipid omega-hydroxylase from Mycobacterium tuberculosis. 著者: Johnston, J.B. / Kells, P.M. / Podust, L.M. / Ortiz de Montellano, P.R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 198.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 156.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 803.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 810.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 31.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 48838.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: H37RV / プラスミド: PCWORI / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P0A516, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する |
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#2: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | ENGINEERED |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 % 解説: UNPUBLISHED COORDINATES OF CYP125 WERE USED AS THE MOLECULAR REPLACEMENT MODEL |
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結晶化 | pH: 6.8 詳細: 1% PEG MME, 0.1 M SODIUM CACODILATE, PH 6.8, 0.9 M SUCCINIC ACID |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月14日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI (111) DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.11587 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→69.3 Å / Num. obs: 92974 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 17.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 10.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.54 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 89.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: IN-HOUSE STRUCTURE (SEE REMARK BELOW) 解像度: 1.5→69.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 2.081 / SU ML: 0.034 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.062 / ESU R Free: 0.057 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES 61-63 ARE DISORDERED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.761 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→69.34 Å
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拘束条件 |
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