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- PDB-2wlu: Iron-bound crystal structure of Streptococcus pyogenes Dpr -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wlu
タイトルIron-bound crystal structure of Streptococcus pyogenes Dpr
要素DPS-LIKE PEROXIDE RESISTANCE PROTEIN
キーワードOXIDOREDUCTASE / DNA-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on metal ions / ferroxidase / ferroxidase activity / ferric iron binding / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Dps protein family signature 1. / DNA-binding protein Dps, conserved site / DNA-binding protein Dps / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Non-specific DNA-binding protein / Peroxide resistance protein
類似検索 - 構成要素
生物種STREPTOCOCCUS PYOGENES (化膿レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Haikarainen, T. / Tsou, C.-C. / Wu, J.-J. / Papageorgiou, A.C.
引用
ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 2010
タイトル: Crystal Structures of Streptococcus Pyogenes Dpr Reveal a Dodecameric Iron-Binding Protein with a Ferroxidase Site.
著者: Haikarainen, T. / Tsou, C.-C. / Wu, J.-J. / Papageorgiou, A.C.
#1: ジャーナル: Infect.Immun. / 年: 2008
タイトル: An Iron-Binding Protein, Dpr, Decreases Hydrogen Peroxide Stress and Protects Streptococcus Pyogenes Against Multiple Stresses.
著者: Tsou, C. / Chiang-Ni, C. / Lin, Y. / Chuang, W. / Lin, M. / Liu, C. / Wu, J.
履歴
登録2009年6月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DPS-LIKE PEROXIDE RESISTANCE PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,6926
ポリマ－19,3371
非ポリマー3555
水4,017223
1
A: DPS-LIKE PEROXIDE RESISTANCE PROTEIN
ヘテロ分子
x 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)236,30272
ポリマ－232,04112
非ポリマー4,26160
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation82_656-y+1,z,-x+11
crystal symmetry operation31_665-z+1,-x+1,y1
crystal symmetry operation12_665-y+1,-z+3/2,x+1/21
crystal symmetry operation6_466z-1/2,-x+1,-y+3/21
crystal symmetry operation27_556-x+1/2,y,-z+3/21
crystal symmetry operation56_656-z+1,x+1/2,-y+3/21
crystal symmetry operation57_455y-1/2,z,x+1/21
crystal symmetry operation76_566x,-y+3/2,-z+3/21
crystal symmetry operation77_455z-1/2,x+1/2,y1
crystal symmetry operation35_466y-1/2,-z+3/2,-x+11
crystal symmetry operation50_565-x+1/2,-y+3/2,z1
Buried area42220 Å2
ΔGint-357.9 kcal/mol
Surface area68840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)188.268, 188.268, 188.268
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number210
Space group name H-MF4132
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1175-

NA

21A-2061-

HOH

31A-2117-

HOH

41A-2182-

HOH

51A-2183-

HOH

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要素

#1: タンパク質 DPS-LIKE PEROXIDE RESISTANCE PROTEIN / NON-SPECIFIC DNA-BINDING PROTEIN


分子量: 19336.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) STREPTOCOCCUS PYOGENES (化膿レンサ球菌)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5XAZ8, UniProt: Q99YU7*PLUS, ferroxidase
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 223 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7
詳細: 0.1M HEPES PH 7.0, 1M SUCCINIC ACID PH 7.0, 1% W/V PEG 2000 MME, 5% 2-PROPANOL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.8132
検出器タイプ: MARRESEARCH SX-165 / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月13日 / 詳細: BENT, VERTICALLY FOCUSSING
放射モノクロメーター: SI (111), HORIZONTALLY FOCUSSING / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8132 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→43 Å / Num. obs: 20355 / % possible obs: 92.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 1.93→2.03 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / % possible all: 79.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.4.0078精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 1.94→43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 1.754 / SU ML: 0.052 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.102 / ESU R Free: 0.094 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16394 1058 5.2 %RANDOM
Rwork0.14565 ---
obs0.14663 19295 93.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.381 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.94→43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1283 0 20 223 1526
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0221374
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9641.9711874
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.3865184
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.36225.42459
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.06415239
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.451154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2218
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021017
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4711.5852
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.90721375
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.5623522
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6564.5489
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.942→1.993 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.259 96 -
Rwork0.206 1342 -
obs--90.96 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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