PDB-2wl3: crystal structure of catechol 2,3-dioxygenase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2wl3

タイトル

crystal structure of catechol 2,3-dioxygenase

要素

CATECHOL 2,3-DIOXYGENASE

キーワード

OXIDOREDUCTASE / AROMATIC HYDROCARBONS CATABOLISM / AKBC

機能・相同性

機能・相同性情報

dioxygenase activity / xenobiotic catabolic process / ferrous iron binding
類似検索 - 分子機能

生物種

RHODOCOCCUS SP. DK17 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Cho, H.J. / Kim, K.J. / Kang, B.S.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Substrate-Binding Mechanism of a Type I Extradiol Dioxygenase.
著者: Cho, H.J. / Kim, K. / Sohn, S.Y. / Cho, H.Y. / Kim, K.J. / Kim, M.H. / Kim, D. / Kim, E. / Kang, B.S.

履歴

登録	2009年6月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年9月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance

Remark 700

SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2wl3.cif.gz	441.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2wl3.ent.gz	380.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2wl3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2wl3_validation.pdf.gz	440.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2wl3_full_validation.pdf.gz	452.1 KB	表示
XML形式データ	2wl3_validation.xml.gz	24.8 KB	表示
CIF形式データ	2wl3_validation.cif.gz	37.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wl/2wl3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wl/2wl3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2wl9C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2ei3-1 2wl9-2 2ei2-1 2wl9-1 2ei1-1 1knf-1 1knd-1 1han-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CATECHOL 2,3-DIOXYGENASE

B: CATECHOL 2,3-DIOXYGENASE

C: CATECHOL 2,3-DIOXYGENASE

D: CATECHOL 2,3-DIOXYGENASE

ヘテロ分子

138 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

C: CATECHOL 2,3-DIOXYGENASE

D: CATECHOL 2,3-DIOXYGENASE

ヘテロ分子

C: CATECHOL 2,3-DIOXYGENASE

D: CATECHOL 2,3-DIOXYGENASE

ヘテロ分子

C: CATECHOL 2,3-DIOXYGENASE

D: CATECHOL 2,3-DIOXYGENASE

ヘテロ分子

C: CATECHOL 2,3-DIOXYGENASE

D: CATECHOL 2,3-DIOXYGENASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
277 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: CATECHOL 2,3-DIOXYGENASE

B: CATECHOL 2,3-DIOXYGENASE

ヘテロ分子

A: CATECHOL 2,3-DIOXYGENASE

B: CATECHOL 2,3-DIOXYGENASE

ヘテロ分子

A: CATECHOL 2,3-DIOXYGENASE

B: CATECHOL 2,3-DIOXYGENASE

ヘテロ分子

A: CATECHOL 2,3-DIOXYGENASE

B: CATECHOL 2,3-DIOXYGENASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
277 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	102.373, 102.373, 142.399
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	75
Space group name H-M	P4

#1: タンパク質	CATECHOL 2,3-DIOXYGENASE 分子量: 34443.336 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) RHODOCOCCUS SP. DK17 (バクテリア) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: Q6REQ5
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 251 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
非ポリマーの詳細	SELENOMETHIONINE (MSE): PARENT-MET
配列の詳細	ABOUT 20 RESIDUES AT C-TERMINUS ARE DELETED

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 55 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 30% PEG 400, 0.1M HEPES PH7.5, 0.2M CALCIUM CHLORIDE

-
データ収集

回折

平均測定温度: 294 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト: PAL/PLS

/ ビームライン: 4A / 波長: 0.9796

検出器

タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月30日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9796 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.436
1	1	-H, K, -L	2	0.564

反射

解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 74911 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2.2 / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 25.4

反射シェル

解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 6.1 % / R_merge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 5.58 / % possible all: 98.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0088	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.2→29.24 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / SU B: 16.253 / SU ML: 0.178 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.04 / ESU R Free: 0.031 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.17816	3650	5 %	RANDOM
R_work	0.15526	-	-	-
obs	0.15641	69108	97.86 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.126 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.84 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	4.84 Å²	0 Å²
3-	-	-	-9.69 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→29.24 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8946	0	35	251	9232

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.021	9227
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.009	0.021	9227
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.202	1.94	12531
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.202	1.94	12531
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.05	5	1135
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.979	23.634	476
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.527	15	1401
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.631	15	66
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	1293
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	7311
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.557	1.5	5628
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.04	2	8976
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.49	3	3599
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.347	4.5	3554
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.199→2.256 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.184	262	-
R_work	0.173	4821	-
obs	-	-	93.13 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7955	0.2818	0.1274	0.7457	0.0465	1.2559	0.0466	-0.0351	0.0073	-0.027	0.0156	-0.0959	0.0273	0.0701	-0.0622	0.0239	0.0147	0.022	0.0399	-0.0232	0.0916	-29.7426	31.2571	33.5676
2	0.3905	-0.0392	-0.0718	1.1751	0.2429	1.0295	0.0547	-0.0391	-0.0249	0.0033	0.0016	-0.093	0.0374	0.115	-0.0562	0.0157	-0.0006	-0.0271	0.0535	0.002	0.0857	-21.7886	51.3226	72.2385
3	1.1829	0.312	-0.0323	0.5835	-0.1196	0.7167	-0.037	0.0564	0.0259	0.0706	0.1122	-0.0798	-0.0642	0.0198	-0.0752	0.0309	-0.0004	0.0148	0.0362	-0.0488	0.0933	-5.2849	28.6185	0.6894
4	0.9176	-0.4525	0.0881	1.0195	-0.0043	1.3321	0.0022	0.0379	0.0889	0.0218	0.0695	0.0105	-0.0042	0.0009	-0.0717	0.0284	0.0014	0.0354	0.014	0.0166	0.0825	16.0825	24.3217	-38.1915

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 174
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	175 - 245
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	246 - 288
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 174
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	175 - 245
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	246 - 287
7	X-RAY DIFFRACTION	3	C	2 - 174
8	X-RAY DIFFRACTION	3	C	175 - 245
9	X-RAY DIFFRACTION	3	C	246 - 285
10	X-RAY DIFFRACTION	4	D	2 - 174
11	X-RAY DIFFRACTION	4	D	175 - 245
12	X-RAY DIFFRACTION	4	D	246 - 286

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関連情報:EMDBヘッダ

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