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万見
- PDB-2wl3: crystal structure of catechol 2,3-dioxygenase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wl3
タイトルcrystal structure of catechol 2,3-dioxygenase
要素CATECHOL 2,3-DIOXYGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / AROMATIC HYDROCARBONS CATABOLISM / AKBC
機能・相同性
機能・相同性情報


dioxygenase activity / xenobiotic catabolic process / ferrous iron binding
類似検索 - 分子機能
2,3-dihydroxybiphenyl 1,2-dioxygenase / Dihydroxybiphenyl dioxygenase BphC D1 / Extradiol ring-cleavage dioxygenase, class I /II / Extradiol ring-cleavage dioxygenases signature. / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1 / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1 / Glyoxalase/fosfomycin resistance/dioxygenase domain / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain profile. ...2,3-dihydroxybiphenyl 1,2-dioxygenase / Dihydroxybiphenyl dioxygenase BphC D1 / Extradiol ring-cleavage dioxygenase, class I /II / Extradiol ring-cleavage dioxygenases signature. / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1 / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1 / Glyoxalase/fosfomycin resistance/dioxygenase domain / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain profile. / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Catechol 2,3-dioxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種RHODOCOCCUS SP. DK17 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Cho, H.J. / Kim, K.J. / Kang, B.S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Substrate-Binding Mechanism of a Type I Extradiol Dioxygenase.
著者: Cho, H.J. / Kim, K. / Sohn, S.Y. / Cho, H.Y. / Kim, K.J. / Kim, M.H. / Kim, D. / Kim, E. / Kang, B.S.
履歴
登録2009年6月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CATECHOL 2,3-DIOXYGENASE
B: CATECHOL 2,3-DIOXYGENASE
C: CATECHOL 2,3-DIOXYGENASE
D: CATECHOL 2,3-DIOXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,49714
ポリマ－137,7734
非ポリマー72410
水4,522251
1
C: CATECHOL 2,3-DIOXYGENASE
D: CATECHOL 2,3-DIOXYGENASE
ヘテロ分子

C: CATECHOL 2,3-DIOXYGENASE
D: CATECHOL 2,3-DIOXYGENASE
ヘテロ分子

C: CATECHOL 2,3-DIOXYGENASE
D: CATECHOL 2,3-DIOXYGENASE
ヘテロ分子

C: CATECHOL 2,3-DIOXYGENASE
D: CATECHOL 2,3-DIOXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)276,73024
ポリマ－275,5478
非ポリマー1,18416
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area22840 Å2
ΔGint-190.6 kcal/mol
Surface area77820 Å2
手法PISA
2
A: CATECHOL 2,3-DIOXYGENASE
B: CATECHOL 2,3-DIOXYGENASE
ヘテロ分子

A: CATECHOL 2,3-DIOXYGENASE
B: CATECHOL 2,3-DIOXYGENASE
ヘテロ分子

A: CATECHOL 2,3-DIOXYGENASE
B: CATECHOL 2,3-DIOXYGENASE
ヘテロ分子

A: CATECHOL 2,3-DIOXYGENASE
B: CATECHOL 2,3-DIOXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)277,25932
ポリマ－275,5478
非ポリマー1,71224
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_565-y,x+1,z1
crystal symmetry operation4_455y-1,-x,z1
crystal symmetry operation2_465-x-1,-y+1,z1
Buried area24460 Å2
ΔGint-226.3 kcal/mol
Surface area80640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.373, 102.373, 142.399
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number75
Space group name H-MP4

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要素

#1: タンパク質
CATECHOL 2,3-DIOXYGENASE


分子量: 34443.336 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) RHODOCOCCUS SP. DK17 (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: Q6REQ5
#2: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 251 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細SELENOMETHIONINE (MSE): PARENT-MET
配列の詳細ABOUT 20 RESIDUES AT C-TERMINUS ARE DELETED

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 30% PEG 400, 0.1M HEPES PH7.5, 0.2M CALCIUM CHLORIDE

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データ収集

回折平均測定温度: 294 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 4A / 波長: 0.9796
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.436
11-H, K, -L20.564
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 74911 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2.2 / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 25.4
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 5.58 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0088精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.2→29.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 16.253 / SU ML: 0.178 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.04 / ESU R Free: 0.031 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17816 3650 5 %RANDOM
Rwork0.15526 ---
obs0.15641 69108 97.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.126 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.84 Å20 Å20 Å2
2--4.84 Å20 Å2
3----9.69 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→29.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8946 0 35 251 9232
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0219227
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0090.0219227
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2021.9412531
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2021.9412531
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0551135
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.97923.634476
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.527151401
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.6311566
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.21293
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0217311
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5571.55628
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.0428976
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.4933599
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3474.53554
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.199→2.256 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.184 262 -
Rwork0.173 4821 -
obs--93.13 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.79550.28180.12740.74570.04651.25590.0466-0.03510.0073-0.0270.0156-0.09590.02730.0701-0.06220.02390.01470.0220.0399-0.02320.0916-29.742631.257133.5676
20.3905-0.0392-0.07181.17510.24291.02950.0547-0.0391-0.02490.00330.0016-0.0930.03740.115-0.05620.0157-0.0006-0.02710.05350.0020.0857-21.788651.322672.2385
31.18290.312-0.03230.5835-0.11960.7167-0.0370.05640.02590.07060.1122-0.0798-0.06420.0198-0.07520.0309-0.00040.01480.0362-0.04880.0933-5.284928.61850.6894
40.9176-0.45250.08811.0195-0.00431.33210.00220.03790.08890.02180.06950.0105-0.00420.0009-0.07170.02840.00140.03540.0140.01660.082516.082524.3217-38.1915
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 174
2X-RAY DIFFRACTION1A175 - 245
3X-RAY DIFFRACTION1A246 - 288
4X-RAY DIFFRACTION2B2 - 174
5X-RAY DIFFRACTION2B175 - 245
6X-RAY DIFFRACTION2B246 - 287
7X-RAY DIFFRACTION3C2 - 174
8X-RAY DIFFRACTION3C175 - 245
9X-RAY DIFFRACTION3C246 - 285
10X-RAY DIFFRACTION4D2 - 174
11X-RAY DIFFRACTION4D175 - 245
12X-RAY DIFFRACTION4D246 - 286

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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