PDB-2wkj: Crystal structure of the E192N mutant of E. Coli N-acetylneuramin...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2wkj

タイトル

Crystal structure of the E192N mutant of E. Coli N-acetylneuraminic acid lyase in complex with pyruvate at 1.45A resolution in space group P212121

要素

N-ACETYLNEURAMINATE LYASE

キーワード

LYASE / DIRECTED EVOLUTION / SIALIC ACID MIMETICS / ALDOLASE / SCHIFF BASE / CARBOHYDRATE METABOLISM / N-ACETYLNEURAMINIC ACID LYASE

機能・相同性

機能・相同性情報

N-acetylneuraminate lyase / N-acetylneuraminate lyase activity / N-acetylneuraminate catabolic process / single-species biofilm formation / carbohydrate metabolic process / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

ESCHERICHIA COLI (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Campeotto, I. / Carr, S.B. / Trinh, C.H. / Nelson, A.S. / Berry, A. / Phillips, S.E.V. / Pearson, A.R.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr. Sect. F Struct. Biol. Cryst. Commun.
年: 2009
タイトル: Structure of an Escherichia coli N-acetyl-D-neuraminic acid lyase mutant, E192N, in complex with pyruvate at 1.45 angstrom resolution.
著者: Campeotto, I. / Carr, S.B. / Trinh, C.H. / Nelson, A.S. / Berry, A. / Phillips, S.E. / Pearson, A.R.

履歴

登録	2009年6月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2009年12月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2018年12月19日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_last ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_site Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.1	2023年11月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 2.2	2023年12月13日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2wkj.cif.gz	270.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2wkj.ent.gz	218.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2wkj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2wkj_validation.pdf.gz	487.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2wkj_full_validation.pdf.gz	507.1 KB	表示
XML形式データ	2wkj_validation.xml.gz	58.8 KB	表示
CIF形式データ	2wkj_validation.cif.gz	87.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wk/2wkj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wk/2wkj	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1nalS 1fdy 1fdz 1hl2 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2wnz-d 2ygy-d 2wnq-d 4uui-d 1fdz-d 3lci-d 3lcl-d 1hl2-d 3lcg-d 2wo5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (1) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: N-ACETYLNEURAMINATE LYASE

B: N-ACETYLNEURAMINATE LYASE

C: N-ACETYLNEURAMINATE LYASE

D: N-ACETYLNEURAMINATE LYASE

ヘテロ分子

135 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.329, 108.049, 148.309
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	N-ACETYLNEURAMINATE LYASE / N-ACETYLNEURAMINIC ACID / N-ACETYLNEURAMINIC ACID ALDOLASE / N-ACETYLNEURAMINATE PYRUVATE-LYASE / ...N-ACETYLNEURAMINIC ACID / N-ACETYLNEURAMINIC ACID ALDOLASE / N-ACETYLNEURAMINATE PYRUVATE-LYASE / SIALIC ACID LYASE / SIALATE LYASE / SIALIC ACID ALDOLASE / NALASE 分子量: 33581.344 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 2-296 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SCHIFF BASE BETWEEN K165 AND PYRUVATE / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / プラスミド: PKKK223-3 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): EP-MAX 10B COMPETENT CELLS / 参照: UniProt: P0A6L4, N-acetylneuraminate lyase
#2: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-PYR / PYRUVIC ACID / ピルビン酸分子量: 88.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₄O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1307 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 192 TO ASN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, GLU 192 TO ASN ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 192 TO ASN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, GLU 192 TO ASN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, GLU 192 TO ASN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, GLU 192 TO ASN
非ポリマーの詳細	POLYETHYLENE GLYCOL 400 (1PE): PARTIAL PEG400 PRESENT
配列の詳細	N-TERMINAL TAG RESIDUES HHEAT IN ALL CHAINS.P0A6L4 3 RESIDUES DIFFER FROM P0A6L4 AS AN ALTERNATE ...N-TERMINAL TAG RESIDUES HHEAT IN ALL CHAINS.P0A6L4 3 RESIDUES DIFFER FROM P0A6L4 AS AN ALTERNATE LOCI WAS USED FOR THIS CLONE. THESE RESIDUES ARE 84 (THR IN P0A6L4 SER HERE), 70 (GLY IN P0A6L4 ALA HERE) AND 282 (GLN IN P0A6L4 AND LEU HERE)

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.51 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 8.2 詳細: 100MM TRIS HCL, PH 8.2, 200MM AMMONIUM ACETATE, 18% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9699
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9699 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.45→63.42 Å / Num. obs: 213226 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.1 % / B_iso Wilson estimate: 14.333 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 11.6
反射シェル	解像度: 1.45→1.53 Å / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 89.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0066	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1NAL

1nal

解像度: 1.45→87.33 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / SU B: 2.266 / SU ML: 0.04 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.064 / ESU R Free: 0.065 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES 0 AND 1 HAVE BEEN MODELLED WITH CB ONLY.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18857	10718	5 %	RANDOM
R_work	0.16665	-	-	-
obs	0.16775	202361	95.86 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.594 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.94 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.13 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.18 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.45→87.33 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9188	0	28	1307	10523

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	9553
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	8830
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.346	1.977	12960
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.268	3	20516
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.592	5	1235
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.548	24.846	423
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.148	15	1668
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.164	15	49
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	1470
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	10718
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0	0.02	1841
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.592	1.5	5971
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.199	1.5	2477
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.984	2	9597
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.879	3	3582
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.899	4.5	3340
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.45→1.488 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.292	699	-
R_work	0.277	13091	-
obs	-	-	84.63 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	22.3476	8.1919	-1.7527	3.0358	-0.6454	0.1395	0.6532	-2.5146	-2.2481	0.2022	-0.8544	-0.9489	-0.0686	0.1963	0.2012	0.3284	-0.105	-0.0378	0.7746	-0.0012	0.7399	28.041	-10.567	21.065
2	2.0519	-0.2162	0.0383	1.3519	-0.3293	0.8724	-0.0533	-0.1702	-0.1302	0.1178	0.0462	0.0881	0.0698	-0.0406	0.0071	0.1511	0.0015	0.0036	0.0744	0.0369	0.0252	4.488	-20.052	31.537
3	1.1432	0.0102	0.0556	1.027	0.0793	0.9338	-0.0218	-0.1717	-0.0241	0.087	0.0016	-0.008	0.0666	0.0517	0.0202	0.1283	0.0004	-0.0003	0.0902	0.0283	0.0101	10.658	-14.774	31.182
4	0.4917	-0.0878	-0.1034	0.4871	0.1679	0.4715	-0.0032	-0.0558	0.0408	0.0139	0.0072	-0.0363	-0.0568	0.0723	-0.004	0.1108	-0.0112	-0.0097	0.0761	-0.0026	0.0061	12.876	-0.248	25.251
5	0.4434	0.0077	-0.2477	0.4544	-0.029	0.5177	0.0039	-0.0467	-0.0077	0.0016	-0.0149	-0.0277	-0.0398	0.0993	0.011	0.1165	-0.018	-0.0036	0.0696	0.0118	0.0036	18.326	-8.819	11.689
6	3.9926	-1.0512	1.2384	2.4239	-0.3269	3.8924	-0.0835	0.2179	-0.2659	-0.1151	-0.0311	-0.0732	0.2748	0.5119	0.1146	0.1421	0.0394	0.0341	0.1038	0.0244	0.0453	19.303	-27.154	9.502
7	1.0514	-0.0374	-0.3708	0.3447	0.1382	1.3914	-0.0433	-0.0462	-0.1239	0.0247	-0.0224	0.036	0.0862	-0.0579	0.0657	0.1303	-0.016	0.0067	0.0336	0.0298	0.0479	-0.891	-22.663	20.082
8	7.642	-0.5661	1.1033	6.802	-1.7172	3.1351	-0.1637	-0.0022	-0.4852	-0.1905	-0.0243	-0.4705	0.3724	0.0446	0.188	0.1613	-0.0241	0.0714	0.0135	0.0009	0.111	-0.013	-31.999	18.148
9	0.5422	0.2109	0.6381	1.6722	1.5281	2.405	-0.004	0.1324	0.1689	-0.1682	-0.047	-0.0804	-0.3992	-0.1408	0.0509	0.2011	0.0505	-0.005	0.1537	0.0753	0.094	-13.937	17.884	-18.386
10	1.4795	-0.2029	-0.5431	3.6663	0.6469	1.7624	0.0422	0.2199	0.1172	-0.0828	0.0444	0.2949	0.0124	-0.264	-0.0867	0.098	0.0146	-0.0266	0.2053	0.0624	0.0525	-21.608	5.825	-28.022
11	1.1176	-0.2777	0.1082	0.4336	-0.1099	0.7333	0.0244	0.1364	0.107	-0.0534	0.0023	-0.0234	-0.09	-0.0514	-0.0267	0.1018	0.0227	0.0021	0.0935	0.0484	0.0292	-6.581	11.764	-24.099
12	2.6257	-2.0605	1.8265	2.6803	-1.7439	4.2904	0.0042	0.1743	0.3614	-0.0248	0.0007	-0.1995	-0.2675	0.222	-0.0049	0.116	-0.0114	0.0188	0.0796	0.0479	0.0904	5.018	18.084	-19.883
13	0.5544	0.2552	-0.2136	0.6229	0.086	0.7487	0.0134	0.0625	0.1456	0.0096	0.0158	0.0165	-0.1234	-0.032	-0.0292	0.1205	0.0239	-0.0037	0.058	0.0336	0.0521	-10.082	17.687	-7.347
14	1.6112	0.2544	-0.5241	4.1713	1.0213	2.2367	0.0856	-0.0095	0.3029	0.036	0.0007	0.2066	-0.2307	-0.3381	-0.0863	0.0985	0.0537	0.0103	0.1363	0.0238	0.0721	-26.887	13.833	-2.581
15	1.8752	-0.5234	-0.3378	0.6225	0.0343	0.4647	0.0149	0.139	-0.0832	0.0001	-0.0045	0.0828	0.0605	-0.0761	-0.0104	0.0625	-0.0107	-0.021	0.1229	0.0168	0.0204	-21.489	-2.325	-18.663
16	6.2013	-2.3049	0.2212	3.9402	-0.5927	2.058	0.0097	0.1492	-0.0067	0.065	-0.0875	0.0257	-0.0248	-0.1307	0.0778	0.0461	-0.0147	-0.0108	0.1355	0.0255	0.034	-32.119	-0.203	-13.376
17	9.6748	6.8016	-2.3945	5.5028	-1.6256	0.6138	-0.5242	0.562	-0.8357	-0.4721	0.333	-0.3853	0.1977	-0.1373	0.1913	0.4544	0.0033	-0.0778	0.1471	-0.0753	0.2308	9.836	-27.539	-16.471
18	0.7227	0.364	-0.3684	2.6876	-0.7626	1.4567	0.0072	0.1357	-0.0277	-0.0443	0.0245	-0.0768	0.0039	0.0602	-0.0317	0.0752	0.0085	0.0012	0.1049	-0.0025	0.0068	19.283	-4.095	-26.713
19	0.9355	-0.1398	0.0269	1.4572	0.1018	1.0445	0.0001	0.1514	-0.0323	-0.0496	0.018	-0.0749	0.1259	0.0607	-0.0181	0.0918	0.0137	0.005	0.0948	-0.0078	0.0058	14.179	-10.462	-26.147
20	0.9152	-0.0417	0.1722	0.3685	-0.268	0.5022	-0.0044	0.0974	-0.0896	-0.0284	0.0361	0.0402	0.1029	-0.0654	-0.0316	0.1008	-0.0098	-0.0118	0.0726	-0.0052	0.0152	-0.366	-12.54	-20.214
21	0.6752	0.166	0.1138	0.4601	-0.2738	0.7629	0.0051	0.0303	-0.0581	-0.0331	0.0023	0.0116	0.12	-0.012	-0.0074	0.1192	0.0001	-0.0035	0.0391	-0.0016	0.0078	10.976	-17.925	-7.36
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23	1.6706	0.0389	0.297	0.7332	-0.0369	0.6337	-0.0067	0.063	0.1231	0.0164	-0.0247	-0.0691	-0.0435	0.0259	0.0314	0.08	-0.0062	0.0012	0.0831	0.024	0.02	22.824	4.556	-17.452
24	7.1838	-0.2114	-0.6354	5.7144	-1.6611	3.9253	-0.0542	0.1314	-0.3357	-0.0682	-0.0323	-0.2855	0.165	0.1268	0.0865	0.0474	0.008	0.0015	0.0863	0.021	0.0554	34.666	-4.079	-14.415
25	10.27	9.2772	3.3759	14.5219	6.6022	3.1665	0.7038	-1.912	1.4758	1.1198	-2.0827	2.8764	0.5314	-0.8507	1.3789	0.3154	-0.1533	0.184	0.9869	-0.1143	0.7118	-28.113	9.944	21.326
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28	0.5741	-0.1431	0.3239	0.5966	-0.1328	0.4685	0.0177	-0.0944	-0.0138	0.0234	-0.0082	0.0557	-0.0216	-0.1012	-0.0095	0.1067	0.0015	0.0142	0.0677	-0.0081	0.0079	-13.1	-0.505	25.189
29	0.8732	0.1491	0.1757	0.5312	-0.2261	0.65	0.016	-0.0439	0.1212	0.0406	-0.0067	0.086	-0.0474	-0.1159	-0.0093	0.1125	0.0176	0.0073	0.0656	-0.01	0.0257	-18.437	11.101	12.499
30	5.8831	-0.0638	0.659	2.2886	-0.8548	2.4243	-0.0361	0.0713	0.3377	0.0291	0.0187	0.2346	-0.3128	-0.1904	0.0175	0.1529	0.0443	-0.0138	0.0273	0.0059	0.0876	-14.554	27.083	8.384
31	1.1838	-1.0499	0.4509	0.9411	-0.3281	1.3467	-0.097	0.0057	0.2921	0.094	-0.0131	-0.2493	-0.1022	0.0959	0.1101	0.168	-0.0302	-0.0312	0.0506	-0.0236	0.0953	2.305	21.125	24.071
32	10.9656	-6.6083	-0.9777	6.3592	0.6997	3.7416	0.0036	0.3471	0.3687	-0.0835	-0.2017	-0.2342	-0.4621	0.1842	0.198	0.1199	-0.0361	-0.0165	0.0312	0.0526	0.1658	1.105	31.519	19.225

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-1 - 6
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	7 - 33
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	34 - 75
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	76 - 145
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	146 - 214
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	215 - 236
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	237 - 277
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	278 - 296
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	-1 - 16
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	17 - 37
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	38 - 115
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	116 - 132
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	133 - 223
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	224 - 246
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	247 - 278
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	279 - 296
17	X-RAY DIFFRACTION	17	C	-1 - 6
18	X-RAY DIFFRACTION	18	C	7 - 33
19	X-RAY DIFFRACTION	19	C	34 - 75
20	X-RAY DIFFRACTION	20	C	76 - 145
21	X-RAY DIFFRACTION	21	C	146 - 223
22	X-RAY DIFFRACTION	22	C	224 - 247
23	X-RAY DIFFRACTION	23	C	248 - 285
24	X-RAY DIFFRACTION	24	C	286 - 296
25	X-RAY DIFFRACTION	25	D	-1 - 6
26	X-RAY DIFFRACTION	26	D	7 - 33
27	X-RAY DIFFRACTION	27	D	34 - 75
28	X-RAY DIFFRACTION	28	D	76 - 145
29	X-RAY DIFFRACTION	29	D	146 - 222
30	X-RAY DIFFRACTION	30	D	223 - 245
31	X-RAY DIFFRACTION	31	D	246 - 277
32	X-RAY DIFFRACTION	32	D	278 - 295

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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