- PDB-2wjq: NanC porin structure in hexagonal crystal form. -
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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 2wjq
タイトル
NanC porin structure in hexagonal crystal form.
要素
PROBABLE N-ACETYLNEURAMINIC ACID OUTER MEMBRANE CHANNEL PROTEIN NANC
キーワード
TRANSPORT PROTEIN / KDGM FAMILY / BETA-BARREL / MONOMERIC PORIN / OUTER MEMBRANE PROTEIN / SIALIC ACID TRANSLOCATION
機能・相同性
機能・相同性情報
oligosaccharide transporting porin activity / oligosaccharide transport / sialic acid transmembrane transporter activity / porin activity / pore complex / monoatomic ion transport / cell outer membrane 類似検索 - 分子機能
Oligogalacturonate-specific porin / Oligogalacturonate-specific porin protein (KdgM) / monomeric porin ompg / Porin / Beta Barrel / Mainly Beta 類似検索 - ドメイン・相同性
SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 14-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 15-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.
モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 1 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 2→50 Å / Num. obs: 22890 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9.9 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 19.2
反射 シェル
解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 10.1 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 5.7 / % possible all: 97.9
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
MOSFLM
データ削減
SCALA
データスケーリング
SHELXD
位相決定
SHARP
位相決定
REFMAC
5.5.0088
精密化
精密化
構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 開始モデル: NONE 解像度: 2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 5.2 / SU ML: 0.081 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.149 / ESU R Free: 0.133 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES 43 TO 52 HAVE NOT BEEN MODELED DUE TO MISSING DENSITY.
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.21412
1178
5.1 %
RANDOM
Rwork
0.19111
-
-
-
obs
0.19232
21713
98.09 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK