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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2wj3 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE COFACTOR-DEVOID 1-H-3-HYDROXY-4- OXOQUINALDINE 2,4-DIOXYGENASE (HOD) FROM ARTHROBACTER NITROGUAJACOLICUS RU61A | ||||||
![]() | 1-H-3-HYDROXY-4-OXOQUINALDINE 2,4-DIOXYGENASE | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / ALPHA/BETA HYDROLASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() 3-hydroxy-2-methylquinolin-4-one 2,4-dioxygenase / 3-hydroxy-2-methylquinolin-4-one 2,4-dioxygenase activity / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen, incorporation of two atoms of oxygen / : 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Steiner, R.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural Basis for Cofactor-Independent Dioxygenation of N-Heteroaromatic Compounds at the {Alpha}/{Beta}-Hydrolase Fold. 著者: Steiner, R.A. / Janssen, H.J. / Roversi, P. / Oakley, A.J. / Fetzner, S. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2007 タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Analysis of 1H-3-Hydroxy-4-Oxoquinaldine 2,4-Dioxygenase from Arthrobacter Nitroguajacolicus Ru61A: A Cofactor-Devoid Dioxygenase of the Alpha/Beta- ...タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Analysis of 1H-3-Hydroxy-4-Oxoquinaldine 2,4-Dioxygenase from Arthrobacter Nitroguajacolicus Ru61A: A Cofactor-Devoid Dioxygenase of the Alpha/Beta-Hydrolase-Fold Superfamily. 著者: Steiner, R.A. / Frerichs-Deeken, U. / Fetzner, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 233.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 190.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 474.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 494 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 45.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 61 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: TYR / Beg label comp-ID: TYR / End auth comp-ID: GLN / End label comp-ID: GLN / Refine code: 3 / Auth seq-ID: 5 - 274 / Label seq-ID: 5 - 274
NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31883.863 Da / 分子数: 4 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: RU61A / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A4V8M9, UniProt: O31266*PLUS, 3-hydroxy-2-methylquinolin-4-one 2,4-dioxygenase #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-SRT / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 69 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, CYS 69 TO SER ...ENGINEERED | 非ポリマーの詳細 | GLYCEROL (GOL): PRESENT IN THE SOLUTION FOR CRYOPROTECTION D(-)-TARTARIC ACID (TAR): PRESENT IN THE ...GLYCEROL (GOL): PRESENT IN THE SOLUTION FOR CRYOPROTEC | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.21 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7 詳細: HIS6-HOD AT 150 MG/ML IN STORAGE BUFFER IN THE PRESENCE OF A RESERVOIR COMPOSED OF 1.65 M SODIUM/POTASSIUM TARTRATE, 0.1 M HEPES PH 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月23日 / 詳細: MIRRORS | |||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: SI (111) DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9745 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||
Reflection twin |
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反射 | 解像度: 2.09→53.15 Å / Num. obs: 75553 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 41.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 11.8 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.09→2.21 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: HOD H251A MUTANT SOLVED BY SAD IN SPACE GROUP P 43 21 2 AND NOT FULLY REFINED 解像度: 2.09→53.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 4.948 / SU ML: 0.117 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.047 / ESU R Free: 0.038 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.15 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.09→53.16 Å
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拘束条件 |
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