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- PDB-2wiz: Crystal structures of Holliday junction resolvases from Archaeogl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wiz
タイトルCrystal structures of Holliday junction resolvases from Archaeoglobus fulgidus bound to DNA substrate
要素
  • (HALF-JUNCTION) x 2
  • ARCHAEAL HJC
キーワードHYDROLASE/DNA / HYDROLASE DNA COMPLEX / TYPE II RESTRICTION ENDONUCLEASE / HOLLIDAY JUNCTION RESOLVASE / HYDROLASE / DNA BINDING PROTEIN / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


crossover junction endodeoxyribonuclease / crossover junction DNA endonuclease activity / DNA recombination / DNA repair / magnesium ion binding / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Holliday junction resolvase Hjc / Holliday junction resolvase Hjc, archaeal / Archaeal holliday junction resolvase (hjc) / Trna Endonuclease; Chain: A, domain 1 - #10 / Trna Endonuclease; Chain: A, domain 1 / tRNA endonuclease-like domain superfamily / Restriction endonuclease type II-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Crossover junction endodeoxyribonuclease Hjc
類似検索 - 構成要素
生物種ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS DSM 4304 (古細菌)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Carolis, C. / Koehler, C. / Sauter, C. / Basquin, J. / Suck, D. / Toeroe, I.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structures of Holliday Junction Resolvases from Archaeoglobus Fulgidus Bound to DNA Substrate
著者: Carolis, C. / Koehler, C. / Sauter, C. / Basquin, J. / Suck, D. / Toeroe, I.
履歴
登録2009年5月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月30日Group: Derived calculations / Refinement description ...Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ARCHAEAL HJC
B: ARCHAEAL HJC
C: HALF-JUNCTION
D: HALF-JUNCTION


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,6174
ポリマ－43,6174
非ポリマー00
水00
1
A: ARCHAEAL HJC
B: ARCHAEAL HJC
C: HALF-JUNCTION
D: HALF-JUNCTION

A: ARCHAEAL HJC
B: ARCHAEAL HJC
C: HALF-JUNCTION
D: HALF-JUNCTION


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,2358
ポリマ－87,2358
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_554-y,-x,-z-1/31
Buried area11780 Å2
ΔGint-85.27 kcal/mol
Surface area35890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.650, 122.650, 125.510
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.7397, -0.3324, 0.5851), (-0.2903, -0.6269, -0.723), (0.6071, -0.7047, 0.3672)
ベクター: 69.45, -63.22, -63.03)

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要素

#1: タンパク質 ARCHAEAL HJC


分子量: 15674.213 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 2-136 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: N-TERMINUS CONTAINS EXTRA RESIDUES AS A RESULT OF CLONING PROCEDURE
由来: (組換発現) ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS DSM 4304 (古細菌)
解説: GERMAN COLLECTION OF MICROORGANISMS (DSM) / プラスミド: PETM12 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: O28314
#2: DNA鎖 HALF-JUNCTION


分子量: 6078.943 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SYNTHESIZED BY METABION GMBH, MARTINSRIED, GERMANY / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#3: DNA鎖 HALF-JUNCTION


分子量: 6190.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SYNTHESIZED BY METABION GMBH, MARTINSRIED, GERMANY / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
配列の詳細INSERTED RESIDUES GTMG AT THE N-TERMINUS ARE A RESULT OF CLONING PROCEDURE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.43 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 20% W/V PEG 3350, 0.2 M AMMONIUM ACETATE, pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月20日 / 詳細: PT COATED MIRRORS
放射モノクロメーター: SI (111) MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→50 Å / Num. obs: 8420 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.34 % / Biso Wilson estimate: 99.85 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 16.18
反射 シェル解像度: 3.3→3.39 Å / 冗長度: 9.67 % / Rmerge(I) obs: 1.03 / Mean I/σ(I) obs: 2.69 / % possible all: 86.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WCZ

2wcz


解像度: 3.3→34.56 Å / SU ML: 0.4 / σ(F): 0.06 / 位相誤差: 25.33 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: WATSON-CRICK BASE PAIRING WAS RESTRAINED BY GEOMETRY_RESTRAINTS. EDITS WITH BOND PARAMETERS DERIVED FROM DNA-RNA_RESTRAINTS.DEF FILE OF CNS. AS THE HOLLIDAY JUNCTION SITS ON A TWO-FOLD ...詳細: WATSON-CRICK BASE PAIRING WAS RESTRAINED BY GEOMETRY_RESTRAINTS. EDITS WITH BOND PARAMETERS DERIVED FROM DNA-RNA_RESTRAINTS.DEF FILE OF CNS. AS THE HOLLIDAY JUNCTION SITS ON A TWO-FOLD SYMMETRY AXIS THE HALF JUNCTION HAS BEEN MODELED USING ONE OF THE CONTINUOUS STRAND (STRAND 2) AND ITS COMPLEMENTARY STRAND AS THE CROSSOVER STRAND. THUS THE CROSSOVER STRAND IN THE HALF-JUNCTION IS A CHIMERA OF THE REAL SEQUENCES (STRANDS 1 AND 3).
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2832 403 4.8 %
Rwork0.2043 --
obs0.2079 8408 95.06 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 92.12 Å2 / ksol: 0.337 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 119.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.4645 Å20 Å20 Å2
2---2.4645 Å20 Å2
3---4.929 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→34.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1977 814 0 0 2791
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063033
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.054138
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.0991142
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053453
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004391
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3001-3.77710.35131290.2752450X-RAY DIFFRACTION90
3.7771-4.75680.26911280.19352686X-RAY DIFFRACTION97
4.7568-34.56210.26651460.18932869X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9133-0.531-0.66013.55022.25311.60770.71460.27660.0367-2.176-0.7871-1.2151-1.22050.1710.00150.6146-0.1771-0.03840.81480.05640.739450.9972-33.9319-7.3414
20.10030.12940.06510.5168-0.27820.2552.5699-1.326-0.4571-1.2909-0.1163-0.4708-0.1187-0.12240.02511.946-0.0706-0.351.76940.1972.329734.6458-42.6841-8.6325
35.491-0.1293-2.21926.62573.00767.38010.027-0.3276-0.00170.2806-0.05410.6422-0.1214-0.3431-0.00030.4024-0.0143-0.02940.57550.10340.456743.0319-31.86384.57
41.0987-0.6446-0.70111.53121.63721.6241-0.2674-0.0427-0.4426-0.3979-0.83150.1195-1.1749-1.2543-0.00080.6651-0.0801-0.09941.17210.16370.994540.34-50.1069-11.6594
54.42570.7969-0.73466.24932.19787.2009-0.56890.2437-0.1263-0.33060.239-0.09680.77310.39560.00060.709-0.0971-0.11990.75690.13620.697451.6745-57.8344-14.0842
60.47640.0103-0.39760.2212-0.17770.47120.78411.1542-0.66173.61281.2142-0.36422.7671-0.8396-0.00751.6442-0.0379-0.02931.0520.29761.12145.0578-63.4702-1.9351
70.2583-0.28120.24570.2283-0.17250.19660.16811.0341-1.54343.2357-1.1224-0.78092.3312-0.26560.01532.76030.1016-0.09732.1909-0.12531.823640.1539-46.5477-35.1708
82.51961.53661.99231.55620.60651.322-0.10350.11230.38090.3725-0.64060.95260.457-1.494-0.00041.68410.04090.14761.40570.05361.411831.8669-27.75-16.6139
90.08450.0547-0.01210.0637-0.09350.2891-0.0916-1.4341.26722.2043-0.18241.7422-1.14090.1855-0.00932.47640.75460.26482.9551-0.04491.413321.3275-13.89643.295
100.1837-0.1558-0.00650.1119-0.01170.0089-0.7459-2.7122-1.2818-0.3544-2.37715.03271.6003-2.63870.00551.721-0.1831-0.11192.3304-0.48732.669526.023-18.8966-48.8758
110.76051.3460.33191.47630.17851.0155-1.6339-0.9510.8345-0.03830.40220.4352-0.5861-2.20450.00041.24710.1499-0.23461.2953-0.02831.426333.599-16.8479-29.9619
120.4425-0.0985-0.10850.8531-0.10750.47280.88360.8482-0.0688-0.1814-0.5498-0.2051-1.2038-3.81390.00042.1874-0.13080.1331.6474-0.19861.495533.0164-41.2886-30.7617
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 6:27)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 28:35)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 36:128)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN B AND RESID 6:32)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN B AND RESID 33:118)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN B AND RESID 119:127)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN C AND RESID 1:4)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN C AND RESID 5:16)
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN C AND RESID 17:20)
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN D AND RESID 1:4)
11X-RAY DIFFRACTION11(CHAIN D AND RESID 5:12)
12X-RAY DIFFRACTION12(CHAIN D AND RESID 13:20)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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