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万見
- PDB-2wit: CRYSTAL STRUCTURE OF THE SODIUM-COUPLED GLYCINE BETAINE SYMPORTER... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wit
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE SODIUM-COUPLED GLYCINE BETAINE SYMPORTER BETP FROM CORYNEBACTERIUM GLUTAMICUM WITH BOUND SUBSTRATE
要素GLYCINE BETAINE TRANSPORTER BETP
キーワードMEMBRANE PROTEIN / CHEMOSENSOR AND OSMOSENSOR / TRIMER / MEMBRANE / TRANSPORT / CELL MEMBRANE / SECONDARY TRANSPORTER / SODIUM COUPLED TRANSPORT / TRANSMEMBRANE / BETAINE TRANSPORT / HYPEROSMOTIC STRESS
機能・相同性
機能・相同性情報


symporter activity / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
BCCT transporter, conserved site / BCCT family of transporters signature. / BCCT transporter family / BCCT, betaine/carnitine/choline family transporter / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #430 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIMETHYL GLYCINE / Glycine betaine transporter BetP
類似検索 - 構成要素
生物種CORYNEBACTERIUM GLUTAMICUM (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.35 Å
データ登録者Ressl, S. / Terwisscha Van Scheltinga, A.C. / Vonrhein, C. / Ott, V. / Ziegler, C.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2009
タイトル: Molecular Basis of Transport and Regulation in the Na(+)/Betaine Symporter Betp.
著者: Ressl, S. / Terwisscha Van Scheltinga, A.C. / Vonrhein, C. / Ott, V. / Ziegler, C.
履歴
登録2009年5月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2009年5月26日ID: 2W8A
改定 1.02009年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月30日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22013年3月20日Group: Database references
改定 1.32015年5月13日Group: Database references
改定 1.42019年5月8日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_seq_map_depositor_info / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval ..._exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GLYCINE BETAINE TRANSPORTER BETP
B: GLYCINE BETAINE TRANSPORTER BETP
C: GLYCINE BETAINE TRANSPORTER BETP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)185,4726
ポリマ－185,1183
非ポリマー3543
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6260 Å2
ΔGint-24.94 kcal/mol
Surface area58370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.095, 129.422, 182.942
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.453, 0.007, 0.892), (0.486, 0.84, 0.24), (-0.748, 0.542, -0.384)
ベクター: 110.20749, -61.97079, 143.04822)

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要素

#1: タンパク質 GLYCINE BETAINE TRANSPORTER BETP / GLYCINE BETAINE TRANSPORTER


分子量: 61705.898 Da / 分子数: 3 / 断片: RESIDUES 30-595 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CORYNEBACTERIUM GLUTAMICUM (バクテリア)
プラスミド: PASK-IBA7 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): RIL-X / 参照: UniProt: P54582
#2: 化合物 ChemComp-BET / TRIMETHYL GLYCINE / ベタイン


分子量: 118.154 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12NO2
配列の詳細AUTHOR PROVIDED ADDITIONAL SEQUENCE INFORMATION: N-TERMINAL 29 AA'S ARE DELETED, MUTATIONS E44A E45A E46A

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 % / 解説: NONE
結晶化温度: 291 K
詳細: 100 MM NA3CITRATE, PH 5.55, 23% PEG400, 100 MM NACL, 18 CELSIUS

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.97944
検出器タイプ: RAYONIX / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月12日
放射モノクロメーター: AL3 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97944 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.35→39.47 Å / Num. obs: 37151 / % possible obs: 90.7 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 18.9 % / Biso Wilson estimate: 27.351 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 23.2
反射 シェル解像度: 3.35→3.55 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.65 / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 44.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHELXD位相決定
SHARP位相決定
BUSTER-TNT2.7.0精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 3.35→39.47 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. NCS IS PRESENT AND WAS USED IN THE REFINEMENT WITH LOCAL STRUCTURE SIMILARITY RESTRAINTS LSSR. SEE PDB FILE REMARK 3 NCS MODEL RESTRAINT ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. NCS IS PRESENT AND WAS USED IN THE REFINEMENT WITH LOCAL STRUCTURE SIMILARITY RESTRAINTS LSSR. SEE PDB FILE REMARK 3 NCS MODEL RESTRAINT LSSR REMARK 3 TARGET RESTRAINT LSSR SMART, O. S., M. BRANDL, C. FLENSBURG, P. KELLER, W. PACIOREK, C. VONRHEIN, AND G. BRICOGNE. 2008. REFINEMENT WITH LOCAL STRUCTURE SIMILARITY RESTRAINTS LSSR ENABLES EXPLOITATION OF INFORMATION FROM RELATED STRUCTURES AND FACILITATES USE OF NCS. PRESENTED AT THE ANNUAL MEETING OF THE AMERICAN CRYSTALLOGRAPHIC ASSOCIATION. ABSTRACT TP139, KNOXVILLE TN, U.S.A.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2649 1886 5.08 %RANDOM
Rwork0.2568 ---
obs0.2572 37151 90.44 %-
原子変位パラメータBiso mean: 64.34 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--11.29080734 Å20 Å20 Å2
2--13.79907882 Å20 Å2
3----2.50827148 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.35→39.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11713 0 24 0 11737
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d120290.0022
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg163480.3422
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d19109.5670
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes1790.0012
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes18020.0065
X-RAY DIFFRACTIONt_it120080.52650
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd430.0635
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact
LS精密化 シェル解像度: 3.35→3.55 Å / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2395 140 4.72 %
Rwork0.2413 2827 -
all0.2412 2967 -
obs--90.44 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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