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- PDB-2wgp: Crystal structure of human dual specificity phosphatase 14 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wgp
タイトルCrystal structure of human dual specificity phosphatase 14
要素DUAL SPECIFICITY PROTEIN PHOSPHATASE 14
キーワードHYDROLASE / MKP6 / DUSP14 / PROTEIN PHOSPHATASE / DUAL SPECIFICITY PHOSPHATASE
機能・相同性
機能・相同性情報


MAP kinase tyrosine/serine/threonine phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能
: / Atypical dual specificity phosphatase, subfamily B / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity protein phosphatase domain / Dual specificity protein phosphatase domain profile. / Protein tyrosine phosphatase superfamily / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Tyrosine specific protein phosphatases active site. ...: / Atypical dual specificity phosphatase, subfamily B / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity protein phosphatase domain / Dual specificity protein phosphatase domain profile. / Protein tyrosine phosphatase superfamily / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase-like / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Dual specificity protein phosphatase 14
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.88 Å
データ登録者Lountos, G.T. / Tropea, J.E. / Cherry, S. / Waugh, D.S.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2009
タイトル: Overproduction, Purification and Structure Determination of Human Dual-Specificity Phosphatase 14.
著者: Lountos, G.T. / Tropea, J.E. / Cherry, S. / Waugh, D.S.
#1: ジャーナル: J.Immunol. / 年: 2001
タイトル: Negative-Feedback Regulation of Cd28 Costimulation by a Novel Mitogen-Activated Protein Kinase Phosphatase, Mkp6.
著者: Marti, F. / Krause, A. / Post, N.H. / Lyddane, C. / Dupont, B. / Sadelain, M. / King, P.D.
履歴
登録2009年4月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DUAL SPECIFICITY PROTEIN PHOSPHATASE 14
B: DUAL SPECIFICITY PROTEIN PHOSPHATASE 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,7754
ポリマ－42,5852
非ポリマー1902
水6,251347
1
A: DUAL SPECIFICITY PROTEIN PHOSPHATASE 14
B: DUAL SPECIFICITY PROTEIN PHOSPHATASE 14
ヘテロ分子

A: DUAL SPECIFICITY PROTEIN PHOSPHATASE 14
B: DUAL SPECIFICITY PROTEIN PHOSPHATASE 14
ヘテロ分子

A: DUAL SPECIFICITY PROTEIN PHOSPHATASE 14
B: DUAL SPECIFICITY PROTEIN PHOSPHATASE 14
ヘテロ分子

A: DUAL SPECIFICITY PROTEIN PHOSPHATASE 14
B: DUAL SPECIFICITY PROTEIN PHOSPHATASE 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,10116
ポリマ－170,3428
非ポリマー7608
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_545y,-x-1,z1
crystal symmetry operation2_445-x-1,-y-1,z1
crystal symmetry operation3_455-y-1,x,z1
Buried area16070 Å2
ΔGint-154.95 kcal/mol
Surface area51240 Å2
手法PISA
2
A: DUAL SPECIFICITY PROTEIN PHOSPHATASE 14
ヘテロ分子

A: DUAL SPECIFICITY PROTEIN PHOSPHATASE 14
ヘテロ分子

A: DUAL SPECIFICITY PROTEIN PHOSPHATASE 14
ヘテロ分子

A: DUAL SPECIFICITY PROTEIN PHOSPHATASE 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,5518
ポリマ－85,1714
非ポリマー3804
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_545y,-x-1,z1
crystal symmetry operation3_455-y-1,x,z1
crystal symmetry operation2_445-x-1,-y-1,z1
Buried area5760 Å2
ΔGint-49.9 kcal/mol
Surface area33130 Å2
手法PQS
3
B: DUAL SPECIFICITY PROTEIN PHOSPHATASE 14
ヘテロ分子

B: DUAL SPECIFICITY PROTEIN PHOSPHATASE 14
ヘテロ分子

B: DUAL SPECIFICITY PROTEIN PHOSPHATASE 14
ヘテロ分子

B: DUAL SPECIFICITY PROTEIN PHOSPHATASE 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,5518
ポリマ－85,1714
非ポリマー3804
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_545y,-x-1,z1
crystal symmetry operation3_455-y-1,x,z1
crystal symmetry operation2_445-x-1,-y-1,z1
Buried area5810 Å2
ΔGint-46.1 kcal/mol
Surface area33220 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)85.011, 85.011, 115.112
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

#1: タンパク質 DUAL SPECIFICITY PROTEIN PHOSPHATASE 14 / DUAL SPECIFICITY PHOSPHATASE 14 / MITOGEN-ACTIVATED PROTEIN KINASE PHOSPHATASE 6 / MKP-1-LIKE ...DUAL SPECIFICITY PHOSPHATASE 14 / MITOGEN-ACTIVATED PROTEIN KINASE PHOSPHATASE 6 / MKP-1-LIKE PROTEIN TYROSINE PHOSPHATASE / MAP KINASE PHOSPHATASE 6 / MKP-6 / MKP-L


分子量: 21292.689 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 2-191 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PJT92 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA 2 (DE3)
参照: UniProt: O95147, protein-tyrosine-phosphatase, protein-serine/threonine phosphatase
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 347 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.6 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.4
詳細: 0.1M SODIUM CITRATE PH 5.4, 1.1 M AMMONIUM PHOSPHATE MONOBASIC,0.1 M NDSB-256 CRYOPROTECTED WITH 20% GLYCEROL

-
データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年6月16日 / 詳細: MSC OSMIC MIRROR SYSTEM
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88→50 Å / Num. obs: 32950 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 22.8
反射 シェル解像度: 1.88→1.95 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.65 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 93.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.4.0057精密化
HKL-3000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2ESB

2esb


解像度: 1.88→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 5.695 / SU ML: 0.09 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.133 / ESU R Free: 0.131 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. NO ELECTRON DENSITY WAS PRESENT FOR RESIDUES 2-23 AND THUS ARE NOT INCLUDED IN THE FINAL MODEL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22058 1670 5.1 %RANDOM
Rwork0.17548 ---
obs0.17775 31259 99.25 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.187 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.15 Å20 Å20 Å2
2--0.15 Å20 Å2
3----0.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.88→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2651 0 10 347 3008
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0222741
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.021866
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4111.9423729
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.03134523
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8775337
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.55822.203118
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.91415448
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.8761522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2415
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0213019
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02589
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.661.51675
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1921.5674
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.16222719
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.84831066
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9434.51008
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.88→1.929 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.336 122 -
Rwork0.275 2118 -
obs--91.69 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.72590.00020.1550.92690.22981.4584-0.0785-0.16980.1850.0609-0.00620.0187-0.0513-0.03480.0847-0.10420.0098-0.0218-0.1079-0.03170.073-38.071-21.967.174
20.7543-0.09480.06841.04050.06550.8019-0.02520.0540.1099-0.0717-0.0451-0.1084-0.05550.08560.0704-0.0883-0.0152-0.0084-0.08170.01910.0745-28.953-25.388-6.3
340.5697-2.8051-1.81955.56190.95868.15920.62580.56131.2397-1.7467-0.5903-1.6275-0.17911.0562-0.0355-0.13290.00560.0866-0.08220.06860.0667-17.045-35.851-10.826
41.81430.417-0.86680.88230.38941.1771-0.0730.296-0.0644-0.11360.0619-0.0329-0.04050.02540.011-0.0799-0.0209-0.0109-0.0529-0.00010.026-34.266-24.405-52.233
50.73130.0701-0.040.7021-0.07241.30210.0075-0.02120.0478-0.0234-0.01360.034-0.07540.02390.0061-0.0698-0.00740.0097-0.08770.01170.0425-38.213-20.361-38.17
63.95532.1291.11371.39011.13911.50630.1041-0.37710.15510.1389-0.17150.0827-0.0963-0.1120.0674-0.04230.00560.0285-0.0609-0.00310.0504-49.583-22.444-26.76
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A24 - 103
2X-RAY DIFFRACTION2A104 - 185
3X-RAY DIFFRACTION3A186 - 191
4X-RAY DIFFRACTION4B26 - 80
5X-RAY DIFFRACTION5B81 - 162
6X-RAY DIFFRACTION6B163 - 190

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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