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- PDB-2wgg: Crystal Structure of Mycobacterium tuberculosis C171Q KasA varian... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wgg
タイトルCrystal Structure of Mycobacterium tuberculosis C171Q KasA variant with bound TLM
要素3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE 1
キーワードTRANSFERASE / BETA KETOACYL SYNTHASE I / CYTOPLASM / ACYLTRANSFERASE / LIPID SYNTHESIS / FATTY ACID BIOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


meromycolic acid 3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase I / fatty acid elongation, saturated fatty acid / fatty acid elongation / acyltransferase activity / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / peptidoglycan-based cell wall / fatty acid biosynthetic process / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Beta-ketoacyl synthase / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Beta-ketoacyl synthase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain ...Beta-ketoacyl synthase / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Beta-ketoacyl synthase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / THIOLACTOMYCIN / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 1 / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 1
類似検索 - 構成要素
生物種MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Luckner, S.R. / Kisker, C.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2009
タイトル: Crystal Structures of Mycobacterium Tuberculosis Kasa Show Mode of Action within Cell Wall Biosynthesis and its Inhibition by Thiolactomycin
著者: Luckner, S.R. / Machutta, C.A. / Tonge, P.J. / Kisker, C.
履歴
登録2009年4月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月11日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE 1
B: 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE 1
C: 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE 1
D: 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE 1
E: 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE 1
F: 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE 1
G: 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE 1
H: 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)353,00539
ポリマ－347,0808
非ポリマー5,92531
水16,754930
1
A: 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE 1
B: 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,49012
ポリマ－86,7702
非ポリマー1,72010
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7980 Å2
ΔGint-61.6 kcal/mol
Surface area31290 Å2
手法PQS
2
C: 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE 1
D: 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,1729
ポリマ－86,7702
非ポリマー1,4027
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7820 Å2
ΔGint-67.9 kcal/mol
Surface area31290 Å2
手法PQS
3
E: 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE 1
F: 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,1729
ポリマ－86,7702
非ポリマー1,4027
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7710 Å2
ΔGint-70.7 kcal/mol
Surface area31510 Å2
手法PQS
4
G: 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE 1
H: 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,1729
ポリマ－86,7702
非ポリマー1,4027
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8180 Å2
ΔGint-63.2 kcal/mol
Surface area31520 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)151.276, 151.276, 147.960
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.90231, 0.41759, 0.10703), (0.41708, -0.90843, 0.02819), (0.109, 0.0192, -0.99386)-27.04949, 124.57651, -6.17637
2given(-0.48193, -0.87613, 0.0116), (-0.87554, 0.481, -0.04552), (0.0343, -0.0321, -0.9989)82.44128, 2.61506, -50.92743
3given(-0.79658, 0.59913, -0.08065), (-0.59804, -0.80048, -0.03974), (-0.08837, 0.01657, 0.99595)-13.99573, 86.28628, -49.15926
4given(0.99999, 0.0013, -0.00377), (0.0015, -0.99853, 0.05424), (-0.0037, -0.05424, -0.99852)34.1417, 61.39457, 0.29388
5given(0.90419, 0.41014, 0.11927), (-0.4041, 0.91186, -0.07223), (-0.13839, 0.01711, 0.99023)7.69809, -63.57377, 0.61246
6given(0.91475, 0.40231, -0.03707), (0.40399, -0.91201, 0.07099), (-0.00525, -0.07992, -0.99679)39.11579, 123.26279, 1.92276
7given(0.9891, 0.0095, 0.14696), (-0.00234, 0.9988, -0.04884), (-0.14725, 0.04796, 0.98794)65.16272, -1.72498, -1.44624

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE 1 / BETA KETOACYL SYNTHASE I / KAS 1 / BETA-KETOACYL-ACP SYNTHASE 1


分子量: 43384.969 Da / 分子数: 8 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
発現宿主: MYCOBACTERIUM SMEGMATIS (バクテリア) / 株 (発現宿主): MC2155
参照: UniProt: P63454, UniProt: P9WQD9*PLUS, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I

-
非ポリマー , 5種, 961分子

#2: 化合物
ChemComp-TLM / THIOLACTOMYCIN / 4-HYDROXY-3,5-DIMETHYL-5-(2-METHYL-BUTA-1,3-DIENYL)-5H-THIOPHEN-2-ONE / (R)-チオラクトマイシン


分子量: 210.293 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H14O2S
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物
ChemComp-2PE / NONAETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18,21,24-オクタオキサヘキサコサン-1,26-ジオ-ル


分子量: 414.488 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H38O10 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 930 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 171 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, CYS 171 TO GLN ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 171 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, CYS 171 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, CYS 171 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, CYS 171 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN E, CYS 171 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN F, CYS 171 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN G, CYS 171 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN H, CYS 171 TO GLN
配列の詳細CYS 171 IS MUTATED TO GLN 171

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.74 % / 解説: NONE
結晶化詳細: PEG3350, POTASSIUM FORMATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 1
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-h-k,-l / Fraction: 0.287
反射解像度: 2→46.18 Å / Num. obs: 996668 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.89 % / Biso Wilson estimate: 23.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 14.35
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 3.85 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
TRUNCATEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WGD

2wgd


解像度: 2→46.16 Å / σ(F): 1.08 / 位相誤差: 26.89 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.179 26056 5.1 %
Rwork0.137 --
obs0.139 511630 100 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 33.68 Å2 / ksol: 0.37 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 29.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.5041 Å20 Å20 Å2
2--0.5041 Å20 Å2
3----7.8768 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→46.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数24256 0 393 930 25579
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01125223
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.53234198
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.7669228
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1073794
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.014539
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.03450.244712900.21124275X-RAY DIFFRACTION98
2.0345-2.07150.23512400.193824506X-RAY DIFFRACTION98
2.0715-2.11140.230413050.188824165X-RAY DIFFRACTION98
2.1114-2.15450.212811800.185424350X-RAY DIFFRACTION98
2.1545-2.20130.210114600.179224239X-RAY DIFFRACTION98
2.2013-2.25250.210313200.17424100X-RAY DIFFRACTION98
2.2525-2.30880.205112980.170824272X-RAY DIFFRACTION98
2.3088-2.37130.188412780.161924409X-RAY DIFFRACTION98
2.3713-2.4410.19756060.157125010X-RAY DIFFRACTION98
2.441-2.51980.20318580.156523716X-RAY DIFFRACTION98
2.5198-2.6099000.149425488X-RAY DIFFRACTION98
2.6099-2.71440.207118140.147123796X-RAY DIFFRACTION98
2.7144-2.83790.197816000.145423955X-RAY DIFFRACTION98
2.8379-2.98750.184513920.139724194X-RAY DIFFRACTION98
2.9875-3.17460.189812640.134424282X-RAY DIFFRACTION98
3.1746-3.41970.182718240.122923814X-RAY DIFFRACTION98
3.4197-3.76360.167411500.111424460X-RAY DIFFRACTION98
3.7636-4.30790.134214960.097524145X-RAY DIFFRACTION98
4.3079-5.42620.137514240.095824128X-RAY DIFFRACTION98
5.4262-46.16980.150812550.127624272X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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