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- PDB-2wgc: 2.2 ANGSTROMS RESOLUTION STRUCTURE ANALYSIS OF TWO REFINED N-ACET... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wgc
タイトル2.2 ANGSTROMS RESOLUTION STRUCTURE ANALYSIS OF TWO REFINED N-ACETYLNEURAMINYLLACTOSE-WHEAT GERM AGGLUTININ ISOLECTIN COMPLEXES
要素WHEAT GERM LECTIN
キーワードLECTIN (AGGLUTININ)
機能・相同性
機能・相同性情報


chitin binding / catalytic activity / carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能
Endochitinase-like / Chitin-binding, type 1, conserved site / Chitin recognition protein / Chitin recognition or binding domain signature. / Chitin-binding type-1 domain profile. / Chitin binding domain / Chitin-binding, type 1 / Endochitinase-like superfamily / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Agglutinin isolectin 2
類似検索 - 構成要素
生物種Triticum aestivum (コムギ)
手法X線回折 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Wright, C.S.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1990
タイトル: 2.2 A resolution structure analysis of two refined N-acetylneuraminyl-lactose--wheat germ agglutinin isolectin complexes.
著者: Wright, C.S.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1989
タイトル: Comparison of the Refined Crystal Structures of Two Wheat Germ Isolectins
著者: Wright, C.S.
#2: ジャーナル: J.Mol.Evol. / 年: 1989
タイトル: Sequence Variability in Three Wheat Germ Agglutinin Isolectins. Products of Multiple Genes in Polyploid Wheat
著者: Wright, C.S. / Raikhel, N.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1988
タイトル: Erratum. Refinement of the Crystal Structure of Wheat Germ Agglutinin Isolectin 2 at 1.8 Angstroms Resolution
著者: Wright, C.S.
#4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1987
タイトル: Refinement of the Crystal Structure of Wheat Germ Agglutinin Isolectin 2 at 1.8 Angstroms Resolution
著者: Wright, C.S.
#5: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1987
タイトル: Preliminary X-Ray Diffraction Results on Co-Crystals of Wheat Germ Agglutinin with a Sialoglycopeptide from the Red Cell Receptor Glycophorina
著者: Wright, C.S. / Kahane, I.
#6: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1986
タイトル: Structural Differences in the Two Major Wheat Germ Agglutinin Isolectins
著者: Wright, C.S. / Olafsdottir, S.
#7: ジャーナル: J.Mol.Evol. / 年: 1985
タイトル: Evolution of the Multidomain Protein Wheat Germ Agglutinin
著者: Wright, H.T. / Brooks, D.M. / Wright, C.S.
#8: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1984
タイトル: Structural Comparison of the Two Distinct Sugar Binding Sites in Wheat Germ Agglutinin Isolectin II
著者: Wright, C.S.
#9: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1984
タイトル: Primary Structure of Wheat Germ Agglutinin Isolectin 2. Peptide Order Deduced from X-Ray Structure
著者: Wright, C.S. / Gavilanes, F. / Peterson, D.L.
#10: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1981
タイトル: Histidine Determination in Wheat Germ Agglutinin Isolectin by X-Ray Diffraction Analysis
著者: Wright, C.S.
#11: ジャーナル: Biomolecular Structure, Conformation, Function and Evolution
年: 1980
タイトル: Multi-Domain Structure of the Dimeric Lectin Wheat Germ Agglutinin
著者: Wright, C.S.
#12: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1980
タイトル: Location of the N-Acetyl-D-Neuraminic Acid Binding Site in Wheat Germ Agglutinin. A Crystallographic Study at 2.8 Angstroms Resolution
著者: Wright, C.S.
#13: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1980
タイトル: The Toxin-Agglutinin Fold. A New Group of Small Protein Structures Organized Around a Four-Disulfide Core
著者: Drenth, J. / Low, B.W. / Richardson, J.S. / Wright, C.S.
#14: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1980
タイトル: Crystallographic Elucidation of the Saccharide Binding Mode in Wheat Germ Agglutinin and its Biological Significance
著者: Wright, C.S.
#15: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1977
タイトル: The Crystal Structure of Wheat Germ Agglutinin at 2.2 Angstroms Resolution
著者: Wright, C.S.
#16: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1974
タイトル: Non-Crystallographic Symmetry in the Crystal Dimer of Wheat Germ Agglutinin
著者: Wright, C.S.
#17: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1974
タイトル: A Preliminary Crystallographic Study of Wheat Germ Agglutinin
著者: Wright, C.S. / Keith, C. / Langridge, R. / Nagata, Y. / Burger, M.M.
履歴
登録1990年4月3日処理サイト: BNL
改定 1.01990年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 2.02019年12月25日Group: Data collection / Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: chem_comp / entity_poly ...chem_comp / entity_poly / pdbx_struct_mod_residue / struct_conn
Item: _chem_comp.type / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can ..._chem_comp.type / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 3.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: WHEAT GERM LECTIN
B: WHEAT GERM LECTIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5374
ポリマ－34,2702
非ポリマー1,2672
水4,234235
1
A: WHEAT GERM LECTIN
ヘテロ分子

A: WHEAT GERM LECTIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5374
ポリマ－34,2702
非ポリマー1,2672
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area6410 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area14920 Å2
手法PISA, PQS
2
B: WHEAT GERM LECTIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7692
ポリマ－17,1351
非ポリマー6341
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: WHEAT GERM LECTIN
ヘテロ分子

B: WHEAT GERM LECTIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5374
ポリマ－34,2702
非ポリマー1,2672
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)51.440, 73.350, 91.680
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.52, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-341-

HOH

21A-354-

HOH

31A-379-

HOH

41A-384-

HOH

51B-320-

HOH

61B-342-

HOH

71B-390-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given / Matrix: (1), (-1), (-1) / ベクター: -6.04, -0.0738, 45.36)
詳細THE TRANSFORMATION GIVEN ON THE *MTRIX* RECORDS BELOW YIELDS COORDINATES FOR PROTOMER II WHEN APPLIED TO PROTOMER I. IT REPRESENTS THE NON-CRYSTALLOGRAPHIC SCREW DIAD AXIS RELATING PROTOMERS OF ADJACENT DIMERS.

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要素

#1: タンパク質 WHEAT GERM LECTIN


分子量: 17135.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: P02876
#2: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 633.552 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-3DGalpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1b_1-5][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2-3/a4-b1_b3-c2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 235 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ALPHA-HELIX AND BETA-SHEET ARE VIRTUALLY ABSENT IN THE STRUCTURAL DOMAIN OF WGA.
非ポリマーの詳細N-ACETYLNNEURAMINYLLACTOSE IS NEUNAC-ALPHA(2-3)-GAL-BETA(1-4)-GLC. IN THIS ENTRY IT PRESENTED ON ...N-ACETYLNNEURAMINYLLACTOSE IS NEUNAC-ALPHA(2-3)-GAL-BETA(1-4)-GLC. IN THIS ENTRY IT PRESENTED ON *HETATM* RECORDS BELOW AS THREE SEPARATE SUGARS THAT ARE BOUND TOGETHER. THEY ARE SIALIC ACID (N-ACETYL-NEURAMINIC ACID), GALACTOSE, AND GLUCOSE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.82 %
結晶化
*PLUS
温度: 37 ℃ / pH: 4.9 / 手法: unknown / 詳細: pH was adjusted to 4.9 with NaOH
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
16-8 mg/mlprotein1drop
23-5 %ethanol1reservoir
36 mM1reservoirCaCl2

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データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 8 Å / Num. obs: 11925 / % possible obs: 68 % / Observed criterion σ(F): 1 / Num. measured all: 17516 / Rmerge(I) obs: 0.087

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解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.2→8 Å / σ(F): 1 /
Rfactor反射数
obs0.153 11537
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2313 0 86 235 2634
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0170.022
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0390.036
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0380.042
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.762
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.783
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it1.842
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it2.943
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0180.028
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1930.18
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.2030.5
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2310.5
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.2570.5
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor2.63
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor21.215
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor42.820
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
精密化
*PLUS
σ(F): 1 / 最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 8 Å / Num. reflection obs: 11537 / Rfactor obs: 0.153
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 18.3 Å2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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