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万見
- PDB-2wgb: Crystal structure of the TetR-like transcriptional regulator LfrR... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wgb
タイトルCrystal structure of the TetR-like transcriptional regulator LfrR from Mycobacterium smegmatis
要素TETR FAMILY TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR LFRR
キーワードTRANSCRIPTION / TETR / LFRR / REPRESSOR / DNA-BINDING / TRANSCRIPTION REGULATION
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能
: / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
TetR family transcriptional repressor LfrR
類似検索 - 構成要素
生物種MYCOBACTERIUM SMEGMATIS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Bellinzoni, M. / Buroni, S. / Riccardi, G. / De Rossi, E. / Alzari, P.M.
引用ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2009
タイトル: Structural Plasticity and Distinct Drug-Binding Modes of Lfrr, a Mycobacterial Efflux Pump Regulator.
著者: Bellinzoni, M. / Buroni, S. / Schaeffer, F. / Riccardi, G. / De Rossi, E. / Alzari, P.M.
履歴
登録2009年4月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TETR FAMILY TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR LFRR
B: TETR FAMILY TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR LFRR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,7836
ポリマ－41,3992
非ポリマー3844
水3,045169
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4550 Å2
ΔGint-76.48 kcal/mol
Surface area15380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.646, 86.646, 96.770
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 TETR FAMILY TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR LFRR / TRANSCRIPTIONAL REGULATOR LFRR


分子量: 20699.471 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM SMEGMATIS (バクテリア)
株: MC2155 / プラスミド: PET-28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q58L87
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8 / 詳細: 10% PEG8000, 0.5 M LISO4, pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月4日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→48.4 Å / Num. obs: 25569 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 14.5 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 31.6
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 14.7 % / Rmerge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 5.9 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2→43.323 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 18.89 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORDS CONTAIN ISOTROPIC EQUIVALENTS OF THE SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORDS CONTAIN SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.228 1274 5 %
Rwork0.1853 --
obs0.1874 25510 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 69.155 Å2 / ksol: 0.346 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.4441 Å20 Å2-0 Å2
2--1.4441 Å20 Å2
3----2.8882 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→43.323 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2440 0 20 169 2629
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072591
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8253553
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.446920
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054408
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004459
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.08010.21481410.18382628X-RAY DIFFRACTION100
2.0801-2.17480.19211350.16972639X-RAY DIFFRACTION100
2.1748-2.28940.20571430.16552637X-RAY DIFFRACTION100
2.2894-2.43290.20191370.1652670X-RAY DIFFRACTION100
2.4329-2.62070.20661390.16632667X-RAY DIFFRACTION100
2.6207-2.88440.23651400.17952679X-RAY DIFFRACTION100
2.8844-3.30160.23251420.18672702X-RAY DIFFRACTION100
3.3016-4.15910.23281450.17142729X-RAY DIFFRACTION100
4.1591-43.33310.24311520.212885X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.83080.943-0.471.7297-1.10892.0341-0.05250.1393-0.1463-0.30730.103-0.10720.3863-0.0829-0.03450.2281-0.0192-0.01040.1276-0.00520.145334.0243-8.385542.8913
21.18010.09440.16791.60990.12552.20220.02810.07120.12610.062-0.01860.0139-0.06930.0405-0.01440.0173-0.01580.00490.08980.01540.068838.14814.291836.4709
31.0277-0.80930.96290.9341-0.9361.62430.3008-0.0804-0.5816-0.52630.10370.0371.2181.3175-0.1340.60690.3312-0.03650.8129-0.03440.294165.0481-1.756143.0339
43.8028-1.13151.16990.74280.43933.4494-0.1013-0.0250.17680.2748-0.0829-0.09750.05980.31710.16060.1105-0.1023-0.03220.26530.06160.161455.567920.007445.524
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND RESSEQ 8:53
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND RESSEQ 54:185
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN B AND RESSEQ 16:53
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN B AND RESSEQ 54:186

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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