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万見
- PDB-2wfs: Fitting of influenza virus NP structure into the 9-fold symmetryz... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wfs
タイトルFitting of influenza virus NP structure into the 9-fold symmetryzed cryoEM reconstruction of an active RNP particle.
要素NUCLEOPROTEIN
キーワードVIRAL PROTEIN / VIRAL NUCLEOPROTEIN / HOST-VIRUS INTERACTION / RNA VIRUSES / NUCLEOPROTEIN / RIBONUCLEOPROTEIN / RNA / VIRION / NUCLEUS / INFLUENZA / RNA-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


cRNA Synthesis / Assembly of Viral Components at the Budding Site / Influenza Infection / Fusion of the Influenza Virion to the Host Cell Endosome / Release / Budding / Packaging of Eight RNA Segments / Uncoating of the Influenza Virion / Entry of Influenza Virion into Host Cell via Endocytosis / Viral RNP Complexes in the Host Cell Nucleus ...cRNA Synthesis / Assembly of Viral Components at the Budding Site / Influenza Infection / Fusion of the Influenza Virion to the Host Cell Endosome / Release / Budding / Packaging of Eight RNA Segments / Uncoating of the Influenza Virion / Entry of Influenza Virion into Host Cell via Endocytosis / Viral RNP Complexes in the Host Cell Nucleus / vRNA Synthesis / Transport of Ribonucleoproteins into the Host Nucleus / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery / vRNP Assembly / Viral Messenger RNA Synthesis / helical viral capsid / Viral mRNA Translation / viral penetration into host nucleus / host cell / viral nucleocapsid / symbiont entry into host cell / ribonucleoprotein complex / host cell nucleus / structural molecule activity / RNA binding / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Influenza virus nucleoprotein (NP) / Influenza virus nucleoprotein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種INFLUENZA A VIRUS (A型インフルエンザウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 12 Å
データ登録者Coloma, R. / Valpuesta, J.M. / Arranz, R. / Carrascosa, J.L. / Ortin, J. / Martin-Benito, J.
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2009
タイトル: The structure of a biologically active influenza virus ribonucleoprotein complex.
著者: Rocío Coloma / José M Valpuesta / Rocío Arranz / José L Carrascosa / Juan Ortín / Jaime Martín-Benito /
要旨: The influenza viruses contain a segmented, single-stranded RNA genome of negative polarity. Each RNA segment is encapsidated by the nucleoprotein and the polymerase complex into ribonucleoprotein ...The influenza viruses contain a segmented, single-stranded RNA genome of negative polarity. Each RNA segment is encapsidated by the nucleoprotein and the polymerase complex into ribonucleoprotein particles (RNPs), which are responsible for virus transcription and replication. Despite their importance, information about the structure of these RNPs is scarce. We have determined the three-dimensional structure of a biologically active recombinant RNP by cryo-electron microscopy. The structure shows a nonameric nucleoprotein ring (at 12 Angstrom resolution) with two monomers connected to the polymerase complex (at 18 Angstrom resolution). Docking the atomic structures of the nucleoprotein and polymerase domains, as well as mutational analyses, has allowed us to define the interactions between the functional elements of the RNP and to propose the location of the viral RNA. Our results provide the first model for a functional negative-stranded RNA virus ribonucleoprotein complex. The structure reported here will serve as a framework to generate a quasi-atomic model of the molecular machine responsible for viral RNA synthesis and to test new models for virus RNA replication and transcription.
履歴
登録2009年4月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年12月28日Group: Database references / Version format compliance
改定 1.22017年8月30日Group: Data collection / カテゴリ: em_software
Item: _em_software.fitting_id / _em_software.image_processing_id
改定 1.32019年10月23日Group: Data collection / Other / カテゴリ: cell / Item: _cell.Z_PDB
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NUCLEOPROTEIN
B: NUCLEOPROTEIN
C: NUCLEOPROTEIN
D: NUCLEOPROTEIN
E: NUCLEOPROTEIN
F: NUCLEOPROTEIN
G: NUCLEOPROTEIN
H: NUCLEOPROTEIN
I: NUCLEOPROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)511,2549
ポリマ－511,2549
非ポリマー00
水00
1
A: NUCLEOPROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,8061
ポリマ－56,8061
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: NUCLEOPROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,8061
ポリマ－56,8061
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: NUCLEOPROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,8061
ポリマ－56,8061
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: NUCLEOPROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,8061
ポリマ－56,8061
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: NUCLEOPROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,8061
ポリマ－56,8061
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: NUCLEOPROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,8061
ポリマ－56,8061
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
G: NUCLEOPROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,8061
ポリマ－56,8061
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
H: NUCLEOPROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,8061
ポリマ－56,8061
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
9
I: NUCLEOPROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,8061
ポリマ－56,8061
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA

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要素

#1: タンパク質
NUCLEOPROTEIN / NUCLEOCAPSID PROTEIN / PROTEIN N


分子量: 56806.047 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) INFLUENZA A VIRUS (A型インフルエンザウイルス)
株: A/VICTORIA/3/75 (H3N2) / 遺伝子: NP / 器官 (発現宿主): KIDNEY / 発現宿主: CHLOROCEBUS AETHIOPS (ミドリザル) / 参照: UniProt: P03466*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: INFLUENZA VIRUS RIBONUCLEOPROTEIN PARTICLE / タイプ: VIRUS
詳細: MICROGRAPHS SELECTED BY COMPUTED CTF DATA AQUISITION
緩衝液名称: 50MM TRIS-HCL,100MM KCL, 5MM MGCL2,0.5% IGEPAL, 150MM IMIDAZOLE
pH: 8
詳細: 50MM TRIS-HCL,100MM KCL, 5MM MGCL2,0.5% IGEPAL, 150MM IMIDAZOLE
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: HOLEY CARBON
急速凍結装置: LEICA PLUNGER / 凍結剤: ETHANE / 詳細: CRYOGEN - ETHANE INSTRUMENT - LEICA PLUNGER

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: FEI TECNAI 20
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.26 mm
試料ホルダ温度: 99 K
撮影フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
画像スキャンデジタル画像の数: 159

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1Situsモデルフィッティング
2SPIDER３次元再構成
CTF補正詳細: WHOLE PLATE
対称性点対称性: C9 (9回回転対称)
3次元再構成手法: ANGULAR RECONSTITUTION,ITERATIVE ALGEBRAIC RECONSTRUCTION
解像度: 12 Å / 粒子像の数: 9571 / ピクセルサイズ（実測値）: 2.8 Å
詳細: SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-1603.
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: RECIPROCAL / Target criteria: VOLUMETRIC / 詳細: METHOD--RIGID BODY
原子モデル構築PDB-ID: 2IQH

2iqh


Accession code: 2IQH / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化最高解像度: 12 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15336 0 0 0 15336

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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