PDB-2wfm: Crystal structure of polyneuridine aldehyde esterase mutant (H244A)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2wfm

タイトル

Crystal structure of polyneuridine aldehyde esterase mutant (H244A)

要素

POLYNEURIDINE ALDEHYDE ESTERASE

キーワード

HYDROLASE / ALKALOID METABOLISM / MONOTERPENOID INDOLE ALKALOIDS / PNAE / SERINE ESTERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

polyneuridine-aldehyde esterase / polyneuridine-aldehyde esterase activity / indole alkaloid metabolic process / jasmonic acid metabolic process / methyl salicylate esterase activity / methyl indole-3-acetate esterase activity / methyl jasmonate esterase activity / salicylic acid metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

RAUVOLFIA SERPENTINA (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Yang, L. / Hill, M. / Panjikar, S. / Wang, M. / Stoeckigt, J.

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2009
タイトル: Structural Basis and Enzymatic Mechanism of the Biosynthesis of C9- from C10-Monoterpenoid Indole Alkaloids.
著者: Yang, L. / Hill, M. / Wang, M. / Panjikar, S. / Stockigt, J.

履歴

登録	2009年4月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年4月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb2wfm.ent.gz	210.8 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2wfm_validation.pdf.gz	463.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2wfm_full_validation.pdf.gz	495 KB	表示
XML形式データ	2wfm_validation.xml.gz	48.4 KB	表示
CIF形式データ	2wfm_validation.cif.gz	66.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wf/2wfm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wf/2wfm	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2wflSC 3gzjC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4gyz-1 6y88-3 6pvs-2 5gyh-d 3w05-1 2yn2-d 2qp6-d 7d5y-d 1oa8-1 2wfl-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2)

登録構造単位

A: POLYNEURIDINE ALDEHYDE ESTERASE

B: POLYNEURIDINE ALDEHYDE ESTERASE

C: POLYNEURIDINE ALDEHYDE ESTERASE

D: POLYNEURIDINE ALDEHYDE ESTERASE

E: POLYNEURIDINE ALDEHYDE ESTERASE

148 kDa, 5 ポリマー
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1

A: POLYNEURIDINE ALDEHYDE ESTERASE

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29.6 kDa, 1 ポリマー
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2

B: POLYNEURIDINE ALDEHYDE ESTERASE

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3

C: POLYNEURIDINE ALDEHYDE ESTERASE

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4

D: POLYNEURIDINE ALDEHYDE ESTERASE

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5

E: POLYNEURIDINE ALDEHYDE ESTERASE

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単位格子

Length a, b, c (Å)	170.250, 46.810, 184.170
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.89, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 2

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLN	GLN	ILE	ILE	A	A	10 - 75	10 - 75
2	1	GLN	GLN	ILE	ILE	B	B	10 - 75	10 - 75
3	1	GLN	GLN	ILE	ILE	C	C	10 - 75	10 - 75
4	1	GLN	GLN	ILE	ILE	D	D	10 - 75	10 - 75
1	2	GLY	GLY	THR	THR	A	A	90 - 122	90 - 122
2	2	GLY	GLY	THR	THR	B	B	90 - 122	90 - 122
3	2	GLY	GLY	THR	THR	C	C	90 - 122	90 - 122
4	2	GLY	GLY	THR	THR	D	D	90 - 122	90 - 122
1	3	PRO	PRO	SER	SER	A	A	151 - 230	151 - 230
2	3	PRO	PRO	SER	SER	B	B	151 - 230	151 - 230
3	3	PRO	PRO	SER	SER	C	C	151 - 230	151 - 230
4	3	PRO	PRO	SER	SER	D	D	151 - 230	151 - 230
1	4	LYS	LYS	ILE	ILE	A	A	237 - 261	237 - 261
2	4	LYS	LYS	ILE	ILE	B	B	237 - 261	237 - 261
3	4	LYS	LYS	ILE	ILE	C	C	237 - 261	237 - 261
4	4	LYS	LYS	ILE	ILE	D	D	237 - 261	237 - 261

#1: タンパク質	POLYNEURIDINE ALDEHYDE ESTERASE 分子量: 29624.299 Da / 分子数: 5 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) RAUVOLFIA SERPENTINA (植物) / プラスミド: PQE-2 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15PREP4 / 参照: UniProt: Q9SE93, polyneuridine-aldehyde esterase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, HIS 244 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, HIS 244 TO ALA ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, HIS 244 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, HIS 244 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, HIS 244 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, HIS 244 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN E, HIS 244 TO ALA

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 48 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6.8 詳細: 0.2 M BIS-TRIS, 0.25 M LI2SO4, 25% POLYETHYLENE GLYCOL 3350, PH 6.30

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 詳細: DOUBLE CRYSTAL SI 111
放射	モノクロメーター: SILICON 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→20 Å / Num. obs: 91937 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.7 % / B_iso Wilson estimate: 45 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 11.5
反射シェル	解像度: 2→2.12 Å / 冗長度: 2.5 % / R_merge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 88.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
Auto-Rickshaw		位相決定
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.4.0069	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WFL

2wfl

解像度: 2.2→19.94 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / SU B: 13.437 / SU ML: 0.165 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.265 / ESU R Free: 0.202 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23579	613	0.9 %	RANDOM
R_work	0.19795	-	-	-
obs	0.19827	69184	96.83 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.009 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.08 Å²	0 Å²	0.01 Å²
2-	-	-0.16 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.94 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10030	0	0	188	10218

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	10284
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.701	1.975	13867
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.42	5	1272
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.303	24.713	435
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.861	15	1856
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.854	15	35
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.112	0.2	1476
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	7714
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.731	1.5	6373
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.386	2.5	10261
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.024	5	3911
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.196	10	3605
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	815	tight positional	0.07	0.05
2	B	815	tight positional	0.07	0.05
3	C	815	tight positional	0.07	0.05
4	D	815	tight positional	0.07	0.05
1	A	789	medium positional	0.11	0.5
2	B	789	medium positional	0.14	0.5
3	C	789	medium positional	0.11	0.5
4	D	789	medium positional	0.13	0.5
1	A	815	tight thermal	0.7	1.5
2	B	815	tight thermal	0.73	1.5
3	C	815	tight thermal	0.73	1.5
4	D	815	tight thermal	0.69	1.5
1	A	789	medium thermal	1.04	2.5
2	B	789	medium thermal	1.1	2.5
3	C	789	medium thermal	1.1	2.5
4	D	789	medium thermal	1.02	2.5

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.256 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.337	48	-
R_work	0.265	5116	-
obs	-	-	98.7 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4047	0.2748	-1.2169	2.8967	-0.8665	1.2248	0.0686	0.4342	0.1419	-0.2607	0.0401	0.2292	-0.1008	-0.0881	-0.1087	0.1006	-0.026	-0.002	0.1377	0.0096	0.1142	-39.7125	27.8308	41.2191
2	20.3545	-5.0968	0.1073	21.8777	-3.8245	0.7006	0.0511	-0.1979	-0.6274	0.0379	0.0496	0.6991	0.6273	-0.7142	-0.1008	0.1836	-0.0261	0.0092	0.1865	0.001	0.1891	-42.0365	9.3093	52.7494
3	3.0939	-1.208	2.8384	2.8316	-2.8094	8.6206	0.1141	0.2675	-0.0528	-0.468	-0.0262	0.2013	0.4665	-0.0747	-0.0879	0.1454	-0.0262	0.0187	0.1695	-0.0384	0.1928	-38.3125	13.8274	37.4359
4	2.2048	-0.5074	-0.2682	6.044	0.6113	5.6208	0.0159	0.4216	-0.0225	-0.1157	-0.0719	0.0238	0.0139	-0.1759	0.056	0.0493	-0.0102	0.0322	0.156	0.0311	0.0948	-29.9045	20.5125	36.0638
5	1.7742	-0.1461	-1.952	0.2237	0.7403	3.7348	0.032	-0.1323	0.0438	-0.145	0.0311	-0.1552	-0.1818	0.3677	-0.0631	0.1332	-0.0205	-0.0132	0.11	0.032	0.1667	-21.2604	15.7036	53.0368
6	2.092	0.5434	-0.0511	8.3895	-1.8824	1.2602	0.0171	0.1134	-0.0897	-0.1898	-0.0653	-0.0419	0.1593	-0.1329	0.0481	0.0863	-0.0396	-0.0103	0.1103	-0.0098	0.1097	-31.9477	23.1897	58.6601
7	2.5076	-0.785	-0.7797	1.395	-0.3356	3.637	-0.0886	0.1635	-0.1832	0.0269	0.0205	-0.105	0.529	0.2162	0.0681	0.0271	-0.0904	-0.0196	0.0426	-0.0282	0.154	-29.4928	14.0623	44.8974
8	3.2956	-1.9542	-1.8153	2.5027	2.4631	3.522	0.0146	0.0972	0.2506	-0.0984	0.0681	-0.2485	-0.3133	0.4057	-0.0827	0.1048	-0.063	0.0214	0.0777	0.0544	0.1894	-20.9682	29.6933	43.9422
9	2.0714	0.3576	-3.0978	2.9686	3.2581	17.9498	0.0544	0.297	0.2096	-0.4014	0.0103	-0.0361	-0.5495	0.1233	-0.0647	0.1908	0.0001	-0.0006	0.1908	0.0356	0.2614	-30.4946	37.4079	37.825
10	1.9707	-0.8845	-0.4106	4.396	-0.515	3.0498	-0.0743	-0.2921	-0.0782	0.3996	0.0676	-0.1248	0.0683	0.4153	0.0067	0.03	-0.0238	0.0298	0.0594	-0.0257	0.0798	-10.512	8.8719	88.9323
11	1.1599	0.4884	-0.8773	7.0789	-9.4471	13.2127	-0.0418	0.0809	0.5519	0.301	0.0028	0.0596	-0.8889	-0.2377	0.039	0.1812	0.0138	0.0065	0.1652	-0.0301	0.2095	-19.5839	27.0991	85.2419
12	8.6845	-2.343	4.2998	1.7033	-1.1561	6.0855	-0.1198	-0.1986	0.2766	0.2711	0.0092	-0.3384	-0.2218	0.1355	0.1106	0.1349	-0.0361	0.0195	0.1078	-0.041	0.1743	-4.3459	22.2166	87.0283
13	1.8714	0.3179	0.381	3.0614	-0.8929	3.3508	-0.0763	0.0967	0.1529	-0.0648	0.076	-0.1769	-0.0947	0.1924	0.0004	0.0404	-0.0012	0.0232	0.0692	-0.0339	0.1101	-1.6156	15.4726	77.3589
14	6.2257	1.6327	4.3312	8.2817	1.9166	7.7101	0.1428	0.4525	-0.0988	-0.2802	-0.07	-0.3474	0.2306	0.3424	-0.0728	0.1826	-0.0078	0.03	0.1731	0.0178	0.1566	-12.703	15.0594	61.031
15	1.0793	-1.1287	0.4288	4.1117	-0.6599	2.7978	-0.0226	0.0415	0.2066	-0.1344	-0.0519	-0.1626	-0.216	0.0877	0.0744	0.076	-0.0372	-0.0106	0.1245	-0.0055	0.1263	-23.9911	15.203	72.5409
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20	4.5187	1.6685	0.6983	5.4542	3.4326	8.0041	0.0043	0.5193	0.6227	-0.2224	-0.0126	-0.4476	-0.3028	0.3749	0.0083	0.2569	-0.0418	-0.0197	0.1289	0.0707	0.1614	12.3553	15.6131	23.0817
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25	3.5198	0.2645	0.0635	0.6899	0.9634	2.0931	-0.1185	-0.0578	0.7439	0.2242	0.0926	-0.3732	-0.0579	-0.1092	0.0259	0.1994	-0.0536	-0.0121	0.1293	0.0678	0.0517	7.63	12.9636	30.3011
26	2.526	-1.9638	-0.1905	3.4195	0.695	0.7561	-0.0709	-0.2118	-0.108	0.2281	-0.0181	0.2017	0.1569	-0.291	0.089	0.1753	-0.0695	0.0106	0.114	0.0053	0.1021	-5.4276	1.903	35.3704
27	12.2362	-4.837	0.5346	10.763	-0.8044	6.5291	0.1316	0.1673	-0.2582	-0.2764	-0.0649	0.6225	0.0405	-0.2731	-0.0667	0.2315	-0.0531	-0.0055	0.2315	-0.0117	0.1767	-11.1545	-4.2268	24.3931
28	3.3221	1.2782	0.2614	4.0282	1.0747	1.8899	-0.0342	-0.367	0.073	0.1549	0.0045	-0.2993	-0.1259	0.0959	0.0297	0.0427	0.0254	0.0168	0.0951	0.0354	0.116	-48.8429	32.9523	64.6989
29	25.3556	10.334	8.6521	14.5809	6.1528	11.4934	0.1501	0.1289	-1.1194	-0.1535	0.1152	-0.0206	1.0052	-0.2973	-0.2654	0.1122	0.035	0.0234	0.093	0.0104	0.1103	-50.9055	15.8407	56.7934
30	2.2848	0.6074	0.8742	3.2797	1.3366	5.6396	-0.0126	-0.2496	-0.1932	0.4663	0.1302	-0.0978	0.5346	0.0897	-0.1176	0.08	0.0456	0.0358	0.1203	0.0605	0.1651	-56.886	23.2388	68.3691
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33	2.8689	0.3573	1.2421	8.3948	-1.6168	5.2133	0.1313	-0.2652	-0.1542	0.3195	-0.0479	0.6776	0.3257	-0.3564	-0.0834	0.1392	-0.0127	0.0256	0.1694	-0.0013	0.1854	-66.1904	19.9533	47.5942
34	1.8199	-0.4478	-0.0245	1.6002	0.416	2.4987	-0.1695	0.1072	0.0628	-0.1695	0.1009	0.0492	0.2193	-0.0141	0.0686	0.051	-0.0003	-0.0457	0.032	0.0117	0.1114	-59.7664	29.5849	53.2994
35	3.2598	0.5291	-1.9184	1.4648	-1.8658	4.1663	-0.0728	-0.0404	0.4201	-0.0207	0.033	0.1171	-0.2663	-0.3071	0.0398	0.0934	0.0206	-0.0024	0.0392	-0.029	0.2107	-66.4066	41.0368	63.7883
36	3.9223	-0.3137	-0.6159	1.7752	-0.072	8.4206	-0.0852	-0.3374	0.4411	0.1549	0.0651	-0.0996	-0.697	0.4009	0.0201	0.1256	-0.0192	-0.0071	0.0583	0.0255	0.247	-53.0743	44.4725	62.0623
37	4.7116	-0.5425	-0.114	2.6785	-0.9388	3.5943	0.1805	-0.2141	-0.3828	0.2659	-0.0993	-0.1814	0.5903	0.2872	-0.0812	0.3632	0.028	-0.0418	0.0913	-0.0198	0.1746	22.1223	-13.6266	19.8014
38	3.693	1.2548	-2.3554	0.6594	0.4075	8.0092	0.042	0.4509	0.43	-0.3496	-0.0023	-0.6159	-0.4046	0.5829	-0.0398	0.3241	0.0098	0.0203	0.2432	0.0689	0.3758	26.5021	4.2258	10.9713
39	3.1996	-0.7093	-1.0189	4.0428	-1.2063	0.9247	0.1621	-0.1284	-0.2297	0.277	-0.1083	-0.4733	0.1131	0.6536	-0.0538	0.3863	0.1185	-0.0046	0.3296	0.0178	0.3125	33.6872	-11.8442	14.6293
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41	2.9337	1.7315	-1.1182	3.918	-0.6498	3.4639	0.2157	0.4311	0.2423	-0.1858	-0.1547	-0.3379	-0.2316	0.254	-0.061	0.402	0.0482	0.0022	0.3102	0.0579	0.252	14.3103	-2.3588	0.4755
42	8.2334	1.8788	1.3588	3.2706	0.8594	2.3031	-0.007	-0.0409	0.0356	-0.0927	0.0452	0.336	0.2983	-0.3337	-0.0382	0.212	0.0022	-0.0002	0.1533	0	0.1343	9.0459	-4.046	12.4311
43	2.5859	-0.9326	0.5326	1.7129	0.0486	1.6257	0.1635	0.5555	-0.1137	-0.3152	-0.1033	-0.4585	0.1599	0.5419	-0.0602	0.4392	0.1513	0.0464	0.4045	-0.0544	0.3884	31.7936	-12.2944	3.1416
44	6.6151	-1.8273	0.3349	2.8158	-1.2502	5.8261	-0.1194	1.032	-0.468	-0.5061	-0.1784	-0.5344	0.8321	0.0838	0.2978	0.7264	0.0749	-0.0415	0.2873	-0.1382	0.5191	22.6429	-22.9305	0.5451
45	7.3878	-4.4904	2.3248	5.731	-2.7928	3.0415	-0.0033	-0.1019	-0.9823	0.4252	0.0421	-0.2354	0.6549	0.2605	-0.0388	0.5748	0.0496	-0.0566	0.1297	-0.0076	0.3763	17.894	-22.3696	14.442

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	9 - 52
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	53 - 58
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	59 - 78
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	79 - 115
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	116 - 145
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	146 - 176
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	177 - 206
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	207 - 248
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	249 - 263
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	9 - 49
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	50 - 58
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	59 - 79
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	80 - 124
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	125 - 134
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	135 - 176
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	177 - 206
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	207 - 250
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	251 - 263
19	X-RAY DIFFRACTION	19	C	9 - 52
20	X-RAY DIFFRACTION	20	C	53 - 67
21	X-RAY DIFFRACTION	21	C	68 - 101
22	X-RAY DIFFRACTION	22	C	102 - 124
23	X-RAY DIFFRACTION	23	C	125 - 134
24	X-RAY DIFFRACTION	24	C	135 - 176
25	X-RAY DIFFRACTION	25	C	177 - 201
26	X-RAY DIFFRACTION	26	C	202 - 251
27	X-RAY DIFFRACTION	27	C	252 - 263
28	X-RAY DIFFRACTION	28	D	9 - 49
29	X-RAY DIFFRACTION	29	D	50 - 54
30	X-RAY DIFFRACTION	30	D	55 - 86
31	X-RAY DIFFRACTION	31	D	87 - 117
32	X-RAY DIFFRACTION	32	D	118 - 135
33	X-RAY DIFFRACTION	33	D	136 - 156
34	X-RAY DIFFRACTION	34	D	157 - 201
35	X-RAY DIFFRACTION	35	D	202 - 239
36	X-RAY DIFFRACTION	36	D	240 - 263
37	X-RAY DIFFRACTION	37	E	9 - 46
38	X-RAY DIFFRACTION	38	E	47 - 63
39	X-RAY DIFFRACTION	39	E	64 - 109
40	X-RAY DIFFRACTION	40	E	110 - 134
41	X-RAY DIFFRACTION	41	E	135 - 172
42	X-RAY DIFFRACTION	42	E	173 - 184
43	X-RAY DIFFRACTION	43	E	185 - 216
44	X-RAY DIFFRACTION	44	E	217 - 241
45	X-RAY DIFFRACTION	45	E	242 - 263

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)