PDB-2we9: Crystal structure of Rv0371c from Mycobacterium tuberculosis H37Rv

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2we9

タイトル

Crystal structure of Rv0371c from Mycobacterium tuberculosis H37Rv

要素

MOBA-RELATED PROTEIN

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS H37RV

機能・相同性

MobA-like NTP transferase / MobA-like NTP transferase domain / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Alpha-Beta Complex / metal ion binding / Alpha Beta / MobA-like NTP transferase domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS H37RV (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Cho, H.J. / Kang, B.S.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Rv0371C from Mycobacterium Tuberculosis H37Rv
著者: Cho, H.J. / Kang, B.S.

履歴

登録	2009年3月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年4月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2we9.cif.gz	82 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2we9.ent.gz	67.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2we9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2we9_validation.pdf.gz	444.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2we9_full_validation.pdf.gz	448.1 KB	表示
XML形式データ	2we9_validation.xml.gz	17 KB	表示
CIF形式データ	2we9_validation.cif.gz	23.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/we/2we9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/we/2we9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2weeC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7ct2-2 5zio-d 6lj0-d 4o97-d 3r6h-d 5xp9-d 5zgf-d 2waw-d 5mm9-2 5wih-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: MOBA-RELATED PROTEIN

B: MOBA-RELATED PROTEIN

ヘテロ分子

42.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: MOBA-RELATED PROTEIN

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
21.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: MOBA-RELATED PROTEIN

ソフトウェアが定義した集合体
21.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.181, 58.731, 143.772
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	MOBA-RELATED PROTEIN 分子量: 21329.916 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS H37RV (結核菌) 参照: UniProt: O53706
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 42 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M MES PH 6.0 AND 18% PEG 4000 BY MICRO-SEEDING

-
データ収集

回折	平均測定温度: 294 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 4A / 波長: 0.97948
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月12日 / 詳細: MIRRORS
放射	プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97948 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 20560 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(I): 2.1 / 冗長度: 11.9 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 41.96
反射シェル	解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 0.25 / Mean I/σ(I) obs: 5 / % possible all: 73.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
DENZO		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.1→31.67 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.897 / SU B: 15.396 / SU ML: 0.203 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.321 / ESU R Free: 0.249 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.288	1025	5.2 %	RANDOM
R_work	0.217	-	-	-
obs	0.221	18731	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.02 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.39 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.23 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.62 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→31.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2903	0	6	133	3042

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	2999
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.101	1.964	4089
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.962	5	391
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.372	21.575	127
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.272	15	478
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.808	15	38
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	484
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	2268
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.19	0.2	1278
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.302	0.2	1997
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.149	0.2	159
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.166	0.2	60
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.232	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.456	3	1960
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.327	5	3079
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.108	8	1157
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.486	11	1005
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.346	65	-
R_work	0.231	970	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.3883	-0.3621	-1.6708	0.673	1.1169	6.3143	-0.1253	0.1	0.0771	-0.2546	0.159	-0.0481	-0.0874	0.2553	-0.0337	0.0779	-0.125	0.0182	-0.1439	0.0576	0.0971	41.8296	32.2747	35.5152
2	2.196	0.7707	-0.5091	1.6676	0.1827	2.1754	-0.3337	0.1542	-0.0806	-0.2653	0.2133	0.0254	0.123	-0.1956	0.1204	0.0037	-0.0631	0.0186	-0.1103	-0.0007	0.0946	32.1761	24.403	42.1524
3	18.3546	8.3839	14.7974	7.751	9.8411	18.2232	-0.4062	0.4368	-0.4131	0.3847	0.6454	0.2219	0.5285	0.6537	-0.2392	-0.0813	0.1263	0.066	0.0105	0.1033	0.0714	16.5218	23.6379	64.3301
4	1.4674	0.0194	0.6188	1.1314	0.5501	2.0095	-0.1637	-0.3511	-0.0289	0.1314	0.0991	0.0141	-0.0013	-0.0768	0.0647	-0.0709	0.1178	0.0197	0.0397	0.042	0.0675	14.9974	30.1762	69.9281

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 85
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	86 - 195
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	1 - 16
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	17 - 194

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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