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- PDB-2wdu: Fasciola hepatica sigma class GST -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wdu
タイトルFasciola hepatica sigma class GST
要素GLUTATHIONE TRANSFERASE SIGMA CLASS
キーワードTRANSFERASE / THIOREDOXIN FOLD
機能・相同性
機能・相同性情報


glutathione transferase / glutathione transferase activity / glutathione metabolic process
類似検索 - 分子機能
Glutathione S-transferase, C-terminal domain / : / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal ...Glutathione S-transferase, C-terminal domain / : / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / OXIDIZED GLUTATHIONE DISULFIDE / GLUTATHIONE / Glutathione transferase sigma class
類似検索 - 構成要素
生物種FASCIOLA HEPATICA (かんてつ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.62 Å
データ登録者Line, K. / Isupov, M.N. / LaCourse, E.J. / Brophy, P.M. / Littlechild, J.A.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The 1.6 Angstrom Crystal Structure of the Fasciola Hepatica Sigma Class Gst
著者: Line, K. / Isupov, M.N. / Lacourse, E.J. / Brophy, P.M. / Littlechild, J.A.
履歴
登録2009年3月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GLUTATHIONE TRANSFERASE SIGMA CLASS
B: GLUTATHIONE TRANSFERASE SIGMA CLASS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,01319
ポリマ－49,1432
非ポリマー2,87017
水8,647480
1
A: GLUTATHIONE TRANSFERASE SIGMA CLASS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,04510
ポリマ－24,5711
非ポリマー1,4749
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: GLUTATHIONE TRANSFERASE SIGMA CLASS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9679
ポリマ－24,5711
非ポリマー1,3968
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.947, 87.419, 93.988
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 GLUTATHIONE TRANSFERASE SIGMA CLASS / GLUTATHIONE TRANSFERASE


分子量: 24571.441 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) FASCIOLA HEPATICA (かんてつ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q06A71, glutathione transferase

-
非ポリマー , 5種, 497分子

#2: 化合物 ChemComp-GDS / OXIDIZED GLUTATHIONE DISULFIDE


分子量: 612.631 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H32N6O12S2
#3: 化合物 ChemComp-GSH / GLUTATHIONE


分子量: 307.323 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O6S
#4: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE


分子量: 78.133 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-BR / BROMIDE ION


分子量: 79.904 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 480 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細GLUTATHIONE DISULFIDE (GDS): IN BOTH SUBUNITS THERE IS A MIXTURE OF GLUTATHIONE DUSULFIDE AND ...GLUTATHIONE DISULFIDE (GDS): IN BOTH SUBUNITS THERE IS A MIXTURE OF GLUTATHIONE DUSULFIDE AND GLUTATHIONE, WHICH IS MODELLED AS A SECOND POSITION OF THE SG ATOM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.32 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.15M KBR, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: SIEMENS ROTATING ANODE COPPER K ALPHA / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: XENOCS FOX2D CU_25P
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.61→20 Å / Num. obs: 56342 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル解像度: 1.61→1.7 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 77.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2W9B

2w9b


解像度: 1.62→64.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 2.323 / SU ML: 0.079 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.104 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22384 2848 5.1 %RANDOM
Rwork0.19088 ---
obs0.19262 53036 96.18 %-
溶媒の処理溶媒モデル: ARP WARP SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 22.157 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.16 Å20 Å20 Å2
2--0.91 Å20 Å2
3----1.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.62→64.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3442 0 148 480 4070
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0223723
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4282.0075028
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.995450
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg26.76523.095168
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.61215690
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.0351529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2540
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022813
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2180.21973
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.22544
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1630.2407
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.160.258
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1810.235
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.44942226
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.46163511
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.72481680
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.41101503
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.618→1.66 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.574 147 -
Rwork0.495 2955 -
obs--74.05 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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