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万見
- PDB-2wde: Termus thermophilus Sulfate thiohydrolase SoxB in complex with th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wde
タイトルTermus thermophilus Sulfate thiohydrolase SoxB in complex with thiosulfate
要素SULFUR OXIDATION PROTEIN SOXB
キーワードHYDROLASE / SULFUR OXIDATION PATHWAY / SOX / SOXB / SULFUR-SULFUR HYDROLYSIS / CYS S-THIOSULFONATE
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide catabolic process / outer membrane-bounded periplasmic space / hydrolase activity / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #570 / Thiosulfohydrolase SoxB / SoxB, N-terminal metallophosphatase domain / 5'-nucleotidase; domain 2 / 5'-Nucleotidase, C-terminal domain / 5'-Nucleotidase, C-terminal / 5'-nucleotidase, C-terminal domain / 5'-Nucleotidase/apyrase / 5'-Nucleotidase, C-terminal domain superfamily / Metallo-dependent phosphatases ...Helix Hairpins - #570 / Thiosulfohydrolase SoxB / SoxB, N-terminal metallophosphatase domain / 5'-nucleotidase; domain 2 / 5'-Nucleotidase, C-terminal domain / 5'-Nucleotidase, C-terminal / 5'-nucleotidase, C-terminal domain / 5'-Nucleotidase/apyrase / 5'-Nucleotidase, C-terminal domain superfamily / Metallo-dependent phosphatases / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 / Helix Hairpins / Metallo-dependent phosphatase-like / Helix non-globular / Special / 4-Layer Sandwich / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / TERTIARY-BUTYL ALCOHOL / THIOSULFATE / Sulfur oxidation protein soxB
類似検索 - 構成要素
生物種THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Sauve, V. / Roversi, P. / Leath, K.J. / Garman, E.F. / Antrobus, R. / Lea, S.M. / Berks, B.C.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Mechanism for the Hydrolysis of a Sulfur-Sulfur Bond Based on the Crystal Structure of the Thiosulfohydrolase Soxb.
著者: Sauve, V. / Roversi, P. / Leath, K.J. / Garman, E.F. / Antrobus, R. / Lea, S.M. / Berks, B.C.
履歴
登録2009年3月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年7月5日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SULFUR OXIDATION PROTEIN SOXB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,2668
ポリマ－62,7471
非ポリマー5187
水7,909439
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.801, 86.738, 95.383
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 SULFUR OXIDATION PROTEIN SOXB / SOXB


分子量: 62747.434 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 24-573 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: THERMUS THERMOPHILUS HB27 SOXB
由来: (組換発現) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア)
株: HB27 / プラスミド: PVS048 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA 2 / Variant (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: Q72IT0, EC: 3.12.2.1
#2: 化合物
ChemComp-TBU / TERTIARY-BUTYL ALCOHOL / 2-METHYL-2-PROPANOL / tert-ブタノ-ル


分子量: 74.122 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物 ChemComp-THJ / THIOSULFATE


分子量: 112.128 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O3S2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 439 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細MANGANESE II ION (MN): SUPPLEMENTED AS 2 MM MNCL2 THIOSULFATE (THJ): SUPPLEMENTED AS 2MM NA2S2O3
配列の詳細STREP II TAG AT THE NTERMINUS REPLACED THE TAT SIGNAL PEPTIDE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 5MM TRISHCL PH 8.0, 0.1M NACL, 0.05M TRIS-ACETATE PH 8.5, 12-13% T-BUTANOL, 1MM MNCL2 AND 1 MM NA2S2O3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418
検出器タイプ: BRUKER / 検出器: CCD / 詳細: MONTEL OPTICS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→64.2 Å / Num. obs: 48244 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 19.65 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 21.5
反射 シェル解像度: 1.85→1.89 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER-TNT2.5.1精密化
XPREPデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WDC

2wdc


解像度: 1.85→64.15 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. AUTOBUSTER BETA VERSION 2.5.1 DECEMBER 2008
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2235 2581 5.1 %RANDOM
Rwork0.1853 ---
obs0.1873 50825 99.82 %-
原子変位パラメータBiso mean: 21.52 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.58976 Å20 Å20 Å2
2--2.42624 Å20 Å2
3----1.83648 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→64.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4307 0 27 439 4773
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.96 Å / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.261 372 4.61 %
Rwork0.2379 7697 -
all0.239 8069 -
obs--99.82 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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