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- PDB-2wcc: phage lambda IntDBD1-64 complex with p prime 2 DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wcc
タイトルphage lambda IntDBD1-64 complex with p prime 2 DNA
要素
  • DNA (5'-D(*DCP*DGP*DAP*DGP*DTP*DCP*DAP *DAP*DAP*DAP*DTP*DC)-3')
  • DNA (5'-D(*DGP*DAP*DTP*DTP*DTP*DTP*DGP *DAP*DCP*DTP*DGP*DC)-3')
  • INTEGRASE
キーワードPROTEIN/DNA / DNA INTEGRATION / DNA RECOMBINATION / EXCISION / INTEGRATION / PHAGE LAMBDA / RECOMBINATION / PROTEIN DNA COMPLEX / PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


provirus excision / integrase activity / DNA integration / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / transferase activity / DNA recombination / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity ...provirus excision / integrase activity / DNA integration / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / transferase activity / DNA recombination / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / symbiont entry into host cell / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Integrase, lambda-type, N-terminal DNA-binding / Bacteriophage lambda integrase, Arm DNA-binding domain / Phage integrase, N-terminal SAM-like domain / Integrase, SAM-like, N-terminal / : / Phage integrase family / Core-binding (CB) domain / Core-binding (CB) domain profile. / Integrase, catalytic domain / Tyrosine recombinase domain profile. ...Integrase, lambda-type, N-terminal DNA-binding / Bacteriophage lambda integrase, Arm DNA-binding domain / Phage integrase, N-terminal SAM-like domain / Integrase, SAM-like, N-terminal / : / Phage integrase family / Core-binding (CB) domain / Core-binding (CB) domain profile. / Integrase, catalytic domain / Tyrosine recombinase domain profile. / Integrase/recombinase, N-terminal / Integrase-like, catalytic domain superfamily / DNA breaking-rejoining enzyme, catalytic core / Classic Zinc Finger / DNA-binding domain superfamily / Double Stranded RNA Binding Domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Integrase
類似検索 - 構成要素
生物種ENTEROBACTERIA PHAGE LAMBDA (λファージ)
手法溶液NMR / MARS, QUEEN, ATNOS CANDID
データ登録者Fadeev, E.A. / Sam, M.D. / Clubb, R.T.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: NMR Structure of the Amino-Terminal Domain of the Lambda Integrase Protein in Complex with DNA: Immobilization of a Flexible Tail Facilitates Beta- Sheet Recognition of the Major Groove.
著者: Fadeev, E.A. / Sam, M.D. / Clubb, R.T.
履歴
登録2009年3月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: DNA (5'-D(*DCP*DGP*DAP*DGP*DTP*DCP*DAP *DAP*DAP*DAP*DTP*DC)-3')
2: DNA (5'-D(*DGP*DAP*DTP*DTP*DTP*DTP*DGP *DAP*DCP*DTP*DGP*DC)-3')
3: INTEGRASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9533
ポリマ－14,9533
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200LEAST RESTRAINT VIOLATION
代表モデルモデル #1

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*DCP*DGP*DAP*DGP*DTP*DCP*DAP *DAP*DAP*DAP*DTP*DC)-3')


分子量: 3655.419 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: INTN(1-64) COMPLEX WITH 12 MER DOUBLE STRANDED P'2 DNA
由来: (合成) ENTEROBACTERIA PHAGE LAMBDA (λファージ)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*DGP*DAP*DTP*DTP*DTP*DTP*DGP *DAP*DCP*DTP*DGP*DC)-3')


分子量: 3668.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: INTN(1-64) COMPLEX WITH 12 MER DOUBLE STRANDED P'2 DNA
由来: (合成) ENTEROBACTERIA PHAGE LAMBDA (λファージ)
#3: タンパク質 INTEGRASE / PHAGE LAMBDA INTN-DNA COMPLEX


分子量: 7628.709 Da / 分子数: 1 / Fragment: P'2 DNA BINDING DOMAIN, RESIDUES 1-64 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: INTN(1-64) COMPLEX WITH 12 MER DOUBLE STRANDED P'2 DNA
由来: (組換発現) ENTEROBACTERIA PHAGE LAMBDA (λファージ)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P03700

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
11115N HSQC
12113 HSQC
1313D 15N NOESY
1413D 15N TOCSY
151HNCO
161HNCA
171HN(CA)CB
181CBCA(CO)NH
191HNHB
1101HNHA
1111HN(CA)CO
1121(H)CCH COSY
1131(H)CCH TOCSY
11413D 13C EDITED NOESY
11512D F1F2 13C FILTERED NOESY
11612D F1 13C FILTERED NOESY
117113C F1
1181F2 FILTERED NOESY
119113C F1 FILTERED NOESY
NMR実験の詳細Text: STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE-RESONANCE NMR EXPERIMENTS ON 13C 15N LABELED PROTEIN, UNLABELED DNA. INTERMOLECULAR NOES WERE MEASURED USING 13C FILTERED 2D NOESY ,13C-EDITED 3D NOESY AND ...Text: STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE-RESONANCE NMR EXPERIMENTS ON 13C 15N LABELED PROTEIN, UNLABELED DNA. INTERMOLECULAR NOES WERE MEASURED USING 13C FILTERED 2D NOESY ,13C-EDITED 3D NOESY AND 15N-EDITED 3D NOESY EXPERIMENTS

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試料調製

詳細内容: 7% D2O 93% WATER
試料状態イオン強度: 40 mM / pH: 7 / 圧: 1.0 atm / 温度: 310.15 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Xplor-NIH2.14SCHWIETERS, KUSZEWSKI, TJ精密化
Sparky構造決定
精密化手法: MARS, QUEEN, ATNOS CANDID / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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