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万見
- PDB-2wc1: Three-dimensional Structure of the Nitrogen Fixation Flavodoxin (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wc1
タイトルThree-dimensional Structure of the Nitrogen Fixation Flavodoxin (NifF) from Rhodobacter capsulatus at 2.2 A
要素FLAVODOXIN
キーワードELECTRON TRANSPORT / FLAVOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


nitrogen fixation / FMN binding / electron transfer activity
類似検索 - 分子機能
Flavodoxin, long chain / Flavodoxin, conserved site / Flavodoxin signature. / Flavodoxin domain / Flavodoxin-like / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Flavoprotein-like superfamily / Rossmann fold ...Flavodoxin, long chain / Flavodoxin, conserved site / Flavodoxin signature. / Flavodoxin domain / Flavodoxin-like / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Flavoprotein-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Flavodoxin
類似検索 - 構成要素
生物種RHODOBACTER CAPSULATUS (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.17 Å
データ登録者Perez-Dorado, I. / Bittel, C. / Hermoso, J.A. / Cortez, N. / Carrillo, N.
引用
ジャーナル: Int.J.Mol.Sci. / 年: 2013
タイトル: Structural and Phylogenetic Analysis of Rhodobacter Capsulatus Niff: Uncovering General Features of Nitrogen-Fixation (Nif)-Flavodoxins.
著者: Perez-Dorado, I. / Bortolotti, A. / Cortez, N. / Hermoso, J.A.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2008
タイトル: Crystallization of a Flavodoxin Involved in Nitrogen Fixation in Rhodobacter Capsulatus.
著者: Perez-Dorado, I. / Bortolotti, A. / Cortez, N. / Hermoso, J.A.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005
タイトル: The Ferredoxin-Nadp(H) Reductase from Rhodobacter Capsulatus: Molecular Structure and Catalytic Mechanism.
著者: Nogues, I. / Perez-Dorado, I. / Frago, S. / Bittel, C. / Mayhew, S.G. / Gomez-Moreno, C. / Hermoso, J.A. / Medina, M. / Cortez, N. / Carrillo, N.
#3: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2003
タイトル: The Oxidant-Responsive Diaphorase of Rhodobacter Capsulatus is a Ferredoxin (Flavodoxin)-Nadp(H) Reductase.
著者: Bittel, C. / Tabares, L.C. / Armesto, M. / Carrillo, N. / Cortez, N.
#4: ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 1998
タイトル: Stopped-Flow Kinetic Studies of Low Potential Electron Carriers of the Photosynthetic Bacterium, Rhodobacter Capsulatus: Ferredoxin I and Niff.
著者: Hallenbeck, P.C. / Gennaro, G.
#5: ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 1996
タイトル: Cloning, Characterization, and Regulation of Niff from Rhodobacter Capsulatus.
著者: Gennaro, G. / Hubner, P. / Sandmeier, U. / Yakunin, A.F. / Hallenbeck, P.C.
#6: ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 1993
タイトル: Purification and Properties of a Nif-Specific Flavodoxin from the Photosynthetic Bacterium Rhodobacter Capsulatus.
著者: Yakunin, A.F. / Gennaro, G. / Hallenbeck, P.C.
履歴
登録2009年3月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月30日Group: Database references
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FLAVODOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,2912
ポリマ－19,8341
非ポリマー4561
水1,33374
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.400, 66.400, 121.320
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 FLAVODOXIN


分子量: 19834.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) RHODOBACTER CAPSULATUS (バクテリア)
プラスミド: PET32-FLD / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P52967
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.7 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR571 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年2月25日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→25.7 Å / Num. obs: 24830 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 22.4 % / Biso Wilson estimate: 32.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 26
反射 シェル解像度: 2.2→2.4 Å / 冗長度: 22.9 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 8.2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FLV

1flv


解像度: 2.17→25.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 1425280.34 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.267 1051 7 %RANDOM
Rwork0.246 ---
obs0.246 14974 99.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 67.1858 Å2 / ksol: 0.414581 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 43.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.41 Å20 Å20 Å2
2--5.41 Å20 Å2
3----10.82 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.38 Å0.31 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.29 Å0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.17→25.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1402 0 31 74 1507
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.271.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.932
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.872
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.632.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: NONE
LS精密化 シェル解像度: 2.17→2.31 Å / Rfactor Rfree error: 0.028 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.382 185 7.6 %
Rwork0.302 2253 -
obs--100 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION5FMN.PARFMN.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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