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万見
- PDB-2wbn: Crystal structure of the g2p (large terminase) nuclease domain fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wbn
タイトルCrystal structure of the g2p (large terminase) nuclease domain from the bacteriophage SPP1
要素TERMINASE LARGE SUBUNIT
キーワードVIRAL PROTEIN / LARGE TERMINASE / NUCLEASE / DNA PACKAGING
機能・相同性
機能・相同性情報


viral terminase, large subunit / viral DNA genome packaging / nuclease activity / chromosome organization / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Phage terminase large subunit, C-terminal / Terminase, large subunit SPP1-like / Nucleotidyltransferase; domain 5 - #280 / Terminase RNAseH like domain / Phage terminase large subunit, N-terminal / Phage terminase large subunit / Bacteriophage terminase, large subunit / Nucleotidyltransferase; domain 5 / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Terminase, large subunit
類似検索 - 構成要素
生物種BACILLUS PHAGE SPP1 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Smits, C. / Chechik, M. / Kovalevskiy, O.V. / Shevtsov, M.B. / Foster, A.W. / Alonso, J.C. / Antson, A.A.
引用ジャーナル: Embo Rep. / 年: 2009
タイトル: Structural Basis for the Nuclease Activity of a Bacteriophage Large Terminase.
著者: Smits, C. / Chechik, M. / Kovalevskiy, O.V. / Shevtsov, M.B. / Foster, A.W. / Alonso, J.C. / Antson, A.A.
履歴
登録2009年3月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年3月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22011年10月12日Group: Database references / Derived calculations

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TERMINASE LARGE SUBUNIT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2971
ポリマ－24,2971
非ポリマー00
水2,288127
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.915, 69.915, 72.681
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 TERMINASE LARGE SUBUNIT / G2P


分子量: 24296.648 Da / 分子数: 1 / 断片: NUCLEASE DOMAIN, RESIDUES 232-422 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACILLUS PHAGE SPP1 (ファージ) / プラスミド: PYM20 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 (DE3) / 参照: UniProt: P54308
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 42 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 80 MM TRIS PH 8.5, 2.3 M LI2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9184
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年7月8日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→25 Å / Num. obs: 16389 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 20
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 96.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0082精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELX位相決定
MLPHARE位相決定
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.9→60.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 8.806 / SU ML: 0.114 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.156 / ESU R Free: 0.141 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.U VALUES RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.228 834 5.1 %RANDOM
Rwork0.195 ---
obs0.197 15671 98.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.78 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.46 Å20.73 Å20 Å2
2--1.46 Å20 Å2
3----2.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→60.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1459 0 0 127 1586
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0221489
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021053
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2681.9562012
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.83132542
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3555177
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.36323.88285
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.54315264
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.1741516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2212
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0211671
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02311
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6121.5889
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.08421440
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7513600
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7864.5572
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 60 -
Rwork0.262 1033 -
obs--90.78 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 15.293 Å / Origin y: 26.742 Å / Origin z: 21.877 Å
111213212223313233
T-0.0113 Å20.1482 Å20.0068 Å2--0.0791 Å2-0.0021 Å2---0.1493 Å2
L2.237 °2-0.9295 °20.314 °2-3.749 °2-0.3744 °2--1.5432 °2
S0.2125 Å °0.3325 Å °0.0167 Å °-0.6332 Å °-0.214 Å °-0.0647 Å °0.189 Å °-0.0205 Å °0.0015 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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