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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2wb6 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of AFV1-102, a protein from the Acidianus Filamentous Virus 1 | ||||||
![]() | AFV1-102 | ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / ARCHAEAL VIRUS | ||||||
機能・相同性 | Aspartate Aminotransferase, domain 1 - #90 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta / Uncharacterized protein ORF102![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Keller, J. / Leulliot, N. / Collinet, B. / Campanacci, V. / Cambillau, C. / Pranghisvilli, D. / van Tilbeurgh, H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of Afv1-102, a Protein from the Acidianus Filamentous Virus 1. 著者: Keller, J. / Leulliot, N. / Collinet, B. / Campanacci, V. / Cambillau, C. / Pranghisvilli, D. / Van Tilbeurgh, H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 57.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 46 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 422 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 423.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 9.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15049.633 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 2-102 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: GATEWAY / 発現宿主: ![]() ![]() | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 詳細: 1.5-2M AMMONIUM SULFATE, 0.1M HEPES PH 7.5, 2% PEG400 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→54.47 Å / Num. obs: 10006 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 34.7 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 4.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 38 % / Rmerge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: NONE 解像度: 1.95→54.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 9.236 / SU ML: 0.121 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.611 / ESU R Free: 0.177 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 38.031 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→54.47 Å
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拘束条件 |
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