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- PDB-2wax: Structure of the human DDX6 C-terminal domain in complex with an ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wax
タイトルStructure of the human DDX6 C-terminal domain in complex with an EDC3- FDF peptide
要素
  • ATP-DEPENDENT RNA HELICASE DDX6
  • ENHANCER OF MRNA-DECAPPING PROTEIN 3
キーワードHYDROLASE / DEAD-BOX PROTEIN / NUCLEOTIDE-BINDING / P54 / RCK / MIRNA / P-BODIES / HELICASE / DECAPPING / RNA-BINDING / PROTO-ONCOGENE / PHOSPHOPROTEIN / CHROMOSOMAL REARRANGEMENT / ATP-DEPENDENT RNA HELICASE / CYTOPLASM / MRNA DECAY / ATP-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


deadenylation-independent decapping of nuclear-transcribed mRNA / mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease / viral RNA genome packaging / miRNA-mediated gene silencing by inhibition of translation / P-body assembly / RISC complex / stem cell population maintenance / negative regulation of neuron differentiation / stress granule assembly / helicase activity ...deadenylation-independent decapping of nuclear-transcribed mRNA / mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease / viral RNA genome packaging / miRNA-mediated gene silencing by inhibition of translation / P-body assembly / RISC complex / stem cell population maintenance / negative regulation of neuron differentiation / stress granule assembly / helicase activity / P-body / neuron differentiation / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / cytoplasmic stress granule / RNA helicase activity / negative regulation of translation / RNA helicase / cadherin binding / protein domain specific binding / mRNA binding / ATP hydrolysis activity / RNA binding / ATP binding / identical protein binding / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Linker region of enhancer of mRNA-decapping protein 3 / Lsm16, N-terminal / Scd6-like Sm domain / Lsm14-like, N-terminal / Scd6-like Sm domain / FDF domain / FDF domain / DFDF domain / DFDF domain profile. / FDF ...Linker region of enhancer of mRNA-decapping protein 3 / Lsm16, N-terminal / Scd6-like Sm domain / Lsm14-like, N-terminal / Scd6-like Sm domain / FDF domain / FDF domain / DFDF domain / DFDF domain profile. / FDF / YjeF N-terminal domain superfamily / YjeF-related protein N-terminus / YjeF N-terminal domain / YjeF N-terminal domain profile. / : / Sm domain profile. / DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Probable ATP-dependent RNA helicase DDX6 / Enhancer of mRNA-decapping protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Tritschler, F. / Weichenrieder, O.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2009
タイトル: Structural Basis for the Mutually Exclusive Anchoring of P Body Components Edc3 and Tral to the Dead Box Protein Ddx6/Me31B.
著者: Tritschler, F. / Braun, J.E. / Eulalio, A. / Truffault, V. / Izaurralde, E. / Weichenrieder, O.
履歴
登録2009年2月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年3月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-DEPENDENT RNA HELICASE DDX6
B: ENHANCER OF MRNA-DECAPPING PROTEIN 3
C: ATP-DEPENDENT RNA HELICASE DDX6
D: ENHANCER OF MRNA-DECAPPING PROTEIN 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,79814
ポリマ－55,0904
非ポリマー1,70810
水4,234235
1
A: ATP-DEPENDENT RNA HELICASE DDX6
B: ENHANCER OF MRNA-DECAPPING PROTEIN 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,4948
ポリマ－27,5452
非ポリマー9496
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2470 Å2
ΔGint-15.1 kcal/mol
Surface area12130 Å2
手法PQS
2
C: ATP-DEPENDENT RNA HELICASE DDX6
D: ENHANCER OF MRNA-DECAPPING PROTEIN 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,3046
ポリマ－27,5452
非ポリマー7594
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2230 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area13140 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)172.630, 47.850, 65.780
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.35, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 ATP-DEPENDENT RNA HELICASE DDX6 / HUMAN DDX6 / DEAD BOX PROTEIN 6 / ATP-DEPENDENT RNA HELICASE P54 / ONCOGENE RCK


分子量: 22475.650 Da / 分子数: 2 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 296-483 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PRSFDUET-1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA2(DE3)
参照: UniProt: P26196, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
#2: タンパク質・ペプチド ENHANCER OF MRNA-DECAPPING PROTEIN 3 / HUMAN EDC3 / LSM16 HOMOLOG / YJEF DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 1 / YJEF N-TERMINAL DOMAIN-CONTAINING ...HUMAN EDC3 / LSM16 HOMOLOG / YJEF DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 1 / YJEF N-TERMINAL DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 2 / YJEF_N2 / HYJEF_N2


分子量: 5069.437 Da / 分子数: 2 / 断片: FDF PEPTIDE, RESIDUES 192-228 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PRSFDUET-1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA2(DE3) / 参照: UniProt: Q96F86
#3: 化合物
ChemComp-CXS / 3-CYCLOHEXYL-1-PROPYLSULFONIC ACID / 3-(シクロヘキシルアミノ)-1-プロパンスルホン酸


分子量: 221.317 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H19NO3S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 235 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.1 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.1 M CAPS PH 10.5, 1.2 M NAH2PO4, 0.8 M K2HPO4, 0.2 M LI2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.978
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月19日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111)MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→46.1 Å / Num. obs: 22482 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 29.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.4.0066精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1S2M

1s2m


解像度: 2.3→46.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.889 / SU B: 7.004 / SU ML: 0.171 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.286 / ESU R Free: 0.241 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES A 296, A 415-419, A 463-472, B 192-196, B 227-228, C 413, C 462-472, D 192-198, D 227-228 ARE DISORDERED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2596 1201 5.1 %RANDOM
Rwork0.18965 ---
obs0.19319 22482 98.37 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.239 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→46.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3144 0 104 235 3483
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0223317
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7281.9824470
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1215378
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.25923.931173
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.9215563
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3541524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.2494
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022439
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0431.51918
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.01923101
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.95631399
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.8114.51369
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.333 83 -
Rwork0.23 1667 -
obs--99.49 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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