PDB-2wa9: Structural basis of N-end rule substrate recognition in Escherich...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2wa9

タイトル

Structural basis of N-end rule substrate recognition in Escherichia coli by the ClpAP adaptor protein ClpS - Trp peptide structure

要素

ATP-DEPENDENT CLP PROTEASE ADAPTER PROTEIN CLPS
TRP PEPTIDE

キーワード

PEPTIDE BINDING PROTEIN / CLPS / CLPA / CLPP / N-END RULE RECOGNITION / PEPTIDE-BINDING PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

molecular function inhibitor activity / protein catabolic process / protein-folding chaperone binding / response to heat / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

ESCHERICHIA COLI (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Schuenemann, V.J. / Kralik, S.M. / Albrecht, R. / Spall, S.K. / Truscott, K.N. / Dougan, D.A. / Zeth, K.

引用

ジャーナル: Embo Rep. / 年: 2009
タイトル: Structural Basis of N-End Rule Substrate Recognition in Escherichia Coli by the Clpap Adaptor Protein Clps.
著者: Schuenemann, V.J. / Kralik, S.M. / Albrecht, R. / Spall, S.K. / Truscott, K.N. / Dougan, D.A. / Zeth, K.

履歴

登録	2009年2月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2009年4月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2013年1月16日	Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2wa9.cif.gz	128 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2wa9.ent.gz	103.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2wa9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2wa9_validation.pdf.gz	511 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2wa9_full_validation.pdf.gz	538.8 KB	表示
XML形式データ	2wa9_validation.xml.gz	24.1 KB	表示
CIF形式データ	2wa9_validation.cif.gz	33.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wa/2wa9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wa/2wa9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2w9rC 2wa8C 1lzw 1mbu 1mbv 1mbx 1mg9 1r6o 1r6q C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3dnj-1 2mry-d 5oh3-1 5oh7-2 3g1b-3 3d2q-2 2ibj-d 3gw1-2 2pos-1 1b5m-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#253 - 2021年1月エクスプレソーム (Expressome) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ATP-DEPENDENT CLP PROTEASE ADAPTER PROTEIN CLPS

B: ATP-DEPENDENT CLP PROTEASE ADAPTER PROTEIN CLPS

C: ATP-DEPENDENT CLP PROTEASE ADAPTER PROTEIN CLPS

D: ATP-DEPENDENT CLP PROTEASE ADAPTER PROTEIN CLPS

E: ATP-DEPENDENT CLP PROTEASE ADAPTER PROTEIN CLPS

F: ATP-DEPENDENT CLP PROTEASE ADAPTER PROTEIN CLPS

G: ATP-DEPENDENT CLP PROTEASE ADAPTER PROTEIN CLPS

H: TRP PEPTIDE

I: TRP PEPTIDE

J: TRP PEPTIDE

K: TRP PEPTIDE

L: TRP PEPTIDE

M: TRP PEPTIDE

N: TRP PEPTIDE

88.7 kDa, 14 ポリマー
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1

A: ATP-DEPENDENT CLP PROTEASE ADAPTER PROTEIN CLPS

H: TRP PEPTIDE

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
12.7 kDa, 2 ポリマー
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2

B: ATP-DEPENDENT CLP PROTEASE ADAPTER PROTEIN CLPS

I: TRP PEPTIDE

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
12.7 kDa, 2 ポリマー
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3

C: ATP-DEPENDENT CLP PROTEASE ADAPTER PROTEIN CLPS

J: TRP PEPTIDE

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
12.7 kDa, 2 ポリマー
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4

D: ATP-DEPENDENT CLP PROTEASE ADAPTER PROTEIN CLPS

K: TRP PEPTIDE

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
12.7 kDa, 2 ポリマー
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5

E: ATP-DEPENDENT CLP PROTEASE ADAPTER PROTEIN CLPS

L: TRP PEPTIDE

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
12.7 kDa, 2 ポリマー
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6

F: ATP-DEPENDENT CLP PROTEASE ADAPTER PROTEIN CLPS

M: TRP PEPTIDE

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12.7 kDa, 2 ポリマー
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7

G: ATP-DEPENDENT CLP PROTEASE ADAPTER PROTEIN CLPS

N: TRP PEPTIDE

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
12.7 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	171.910, 155.870, 71.230
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 114.64, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F
7	1	G

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	3	A	25 - 103
2	1	1	3	B	25 - 103
3	1	1	3	C	25 - 103
4	1	1	3	D	25 - 103
5	1	1	3	E	25 - 103
6	1	1	3	F	25 - 103
7	1	1	3	G	25 - 103

#1: タンパク質	ATP-DEPENDENT CLP PROTEASE ADAPTER PROTEIN CLPS / CLPS - PHE-PEPTIDE COMPLEX 分子量: 12321.168 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K12 / プラスミド: PET / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(GOLD) / 参照: UniProt: P0A8Q6
#2: タンパク質・ペプチド	TRP PEPTIDE 分子量: 345.435 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ESCHERICHIA COLI (大腸菌)

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 55 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 8.5 / 詳細: pH 8.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 90 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 1

検出器

タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.294
1	1	H+2.000L, -K, -L	2	0.289
1	1	-K+L, -H-L, -L	3	0.19
1	1	K+L, H+L, -L	4	0.228

反射

解像度: 2.9→30 Å / Num. obs: 19203 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.5 % / R_merge(I) obs: 0.02 / Net I/σ(I): 11

反射シェル

解像度: 2.9→3.06 Å / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 0.99 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 96.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0063	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.9→25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.889 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.897 / SU B: 23.578 / SU ML: 0.262 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.081 / ESU R Free: 0.057 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.248	1890	5 %	RANDOM
R_work	0.236	-	-	-
obs	0.237	19203	99.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 50.08 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	14.71 Å²	0 Å²	14.57 Å²
2-	-	-14.08 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.63 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4880	0	0	0	4880

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	4969
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.57	1.975	6721
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.953	5	602
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.275	25	210
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.046	15	887
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.231	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.102	0.2	791
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	3614
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.503	1.5	3072
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.958	2	4973
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.22	3	1897
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.774	4.5	1748
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	312	tight positional	0.05	0.05
2	B	312	tight positional	0.05	0.05
3	C	312	tight positional	0.05	0.05
4	D	312	tight positional	0.05	0.05
5	E	312	tight positional	0.05	0.05
6	F	312	tight positional	0.05	0.05
7	G	312	tight positional	0.06	0.05
1	A	314	loose positional	0.06	5
2	B	314	loose positional	0.06	5
3	C	314	loose positional	0.06	5
4	D	314	loose positional	0.06	5
5	E	314	loose positional	0.05	5
6	F	314	loose positional	0.06	5
7	G	314	loose positional	0.07	5
1	A	312	tight thermal	0.12	0.5
2	B	312	tight thermal	0.11	0.5
3	C	312	tight thermal	0.11	0.5
4	D	312	tight thermal	0.12	0.5
5	E	312	tight thermal	0.09	0.5
6	F	312	tight thermal	0.14	0.5
7	G	312	tight thermal	0.14	0.5
1	A	314	loose thermal	0.12	10
2	B	314	loose thermal	0.1	10
3	C	314	loose thermal	0.12	10
4	D	314	loose thermal	0.12	10
5	E	314	loose thermal	0.11	10
6	F	314	loose thermal	0.14	10
7	G	314	loose thermal	0.12	10

LS精密化シェル

解像度: 2.9→2.97 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.285	103
R_work	0.261	2609

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.2266	-2.2966	0.4248	2.3066	-0.6934	3.3738	0.259	-0.2288	0.1457	0.1852	-0.0067	0.0349	-0.4633	0.3206	-0.2522	0.2636	-0.0443	0.0245	0.0716	-0.0562	0.0554	49.457	-2.134	13.642
2	1.8371	-1.6913	0.2935	4.7957	0.1584	3.9759	0.3505	0.3857	0.0742	-0.1696	-0.1827	0.1744	0.3328	-0.5354	-0.1677	0.2501	0.0066	0.0054	0.2034	0.0486	0.0651	43.813	-12.048	-6.609
3	3.862	-1.4547	-0.3186	3.6302	0.4985	4.5425	0.2692	-0.1141	0.0496	-0.1831	-0.0908	-0.0475	0.3254	-0.3718	-0.1783	0.2957	-0.0196	0.0915	0.0667	0.0435	0.0703	43.175	2.7	-28.265
4	6.8106	-2.935	-0.4016	3.8119	-0.5149	4.2515	0.0101	-0.2475	0.4215	0.0729	0.1976	-0.2387	-0.214	0.3638	-0.2077	0.1529	0.0055	0.0579	0.0633	-0.0061	0.0915	32.604	12.646	27.411
5	6.4109	-3.8178	-1.0301	9.7835	0.8828	2.562	0.2264	0.6595	-0.5805	-0.1881	0.0535	-0.0363	-0.0549	0.0989	-0.2798	0.8587	-0.0754	0.1113	0.3552	-0.0746	0.9601	59.949	-27.422	-22.516
6	0.8422	0.4643	-0.2075	9.0256	-1.5274	2.3909	-0.1183	0.2403	-0.008	-0.7282	-0.0194	-0.1205	0.2252	0.5093	0.1377	0.3676	-0.0245	0.0593	0.2141	0.034	0.1039	32.707	28.635	5.848
7	9.312	7.3512	1.733	12.9469	0.8682	2.5268	-0.175	-0.3483	1.2811	0.2241	0.091	1.9353	0.2293	-0.5981	0.084	0.3504	0.0432	0.0975	0.2776	-0.0225	0.542	18.735	9.866	-18.714

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	30 - 100
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	30 - 100
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	30 - 100
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	30 - 100
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	30 - 100
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	30 - 100
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	30 - 100

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