+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2w94 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Native structure of the Discoidin I from Dictyostelium discoideum at 1.8 angstrom resolution | ||||||
![]() | DISCOIDIN-1 SUBUNIT A | ||||||
![]() | CELL ADHESION / H TYPE LECTIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() lectin-induced modified bacterial internalization / lipooligosaccharide binding / response to catechin / protein localization to cell cortex / asexual reproduction / N-acetylgalactosamine binding / response to curcumin / protein complex involved in cell adhesion / symbiont cell surface / oligosaccharide binding ...lectin-induced modified bacterial internalization / lipooligosaccharide binding / response to catechin / protein localization to cell cortex / asexual reproduction / N-acetylgalactosamine binding / response to curcumin / protein complex involved in cell adhesion / symbiont cell surface / oligosaccharide binding / regulation of protein complex stability / cortical cytoskeleton organization / polysaccharide binding / intracellular vesicle / cell-substrate adhesion / mitotic cytokinesis / cytoskeleton organization / phagocytic vesicle / extracellular matrix / response to bacterium / cell-cell adhesion / cell cortex / carbohydrate binding / regulation of gene expression / cell adhesion / cell surface / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Saboia Aragao, K. / Imberty, A. / Varrot, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Discoidin I from Dictyostelium Discoideum and Interactions with Oligosaccharides: Specificity, Affinity, Crystal Structures and Comparison with Discoidin II. 著者: Mathieu, S. / Saboia Aragao, K. / Imberty, A. / Varrot, A. | ||||||
履歴 |
| ||||||
Remark 650 | HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. | ||||||
Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. |
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 182.3 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 144.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 470.1 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 472.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 38.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 59.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-
要素
-タンパク質 , 1種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 28354.576 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: AX2 / プラスミド: PPROEXHTB / 発現宿主: ![]() ![]() |
---|
-非ポリマー , 6種, 994分子 ![](data/chem/img/MPD.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/NI.gif)
![](data/chem/img/MRD.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/NI.gif)
![](data/chem/img/MRD.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-NI / | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-詳細
非ポリマーの詳細 | 2-METHYL-2,4-PENTANEDIO配列の詳細 | FIRST RESIDUE IS ADDED FOLLOWING THE CLEAVAGE OF THE N TERMINAL HIS TAG | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 % / 解説: NONE |
---|---|
結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: 1.5 M LISO4 100 MM HEPES 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.933 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→28.6 Å / Num. obs: 29532 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 5.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.23 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 94.8 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2VM9 解像度: 1.8→28.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 2.447 / SU ML: 0.076 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.123 / ESU R Free: 0.12 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. DISORDERED REGIONS WERE MODELED STEREOCHEMICALLY
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.809 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→28.6 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|