PDB-2w8d: Distinct and essential morphogenic functions for wall- and lipo- ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2w8d

タイトル

Distinct and essential morphogenic functions for wall- and lipo- teichoic acids in Bacillus subtilis

要素

PROCESSED GLYCEROL PHOSPHATE LIPOTEICHOIC ACID SYNTHASE 2

キーワード

TRANSFERASE / PHOSPHATASE / CELL MEMBRANE / TRANSMEMBRANE / LTA / WTA / MEMBRANE / SECRETED / CELL WALL / B.SUBTILIS / LIPOTECHOIC ACID / CELL WALL BIOGENESIS/DEGRADATION ACID

機能・相同性

機能・相同性情報

転移酵素; リンを含む基を移すもの; その他の、リン酸基を含む基を移すもの / lipoteichoic acid biosynthetic process / sulfuric ester hydrolase activity / cell wall organization / transferase activity / membrane => GO:0016020 / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

BACILLUS SUBTILIS (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Schirner, K. / Marles-Wright, J. / Lewis, R.J. / Errington, J.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2009
タイトル: Distinct and Essential Morphogenic Functions for Wall- and Lipo-Teichoic Acids in Bacillus Subtilis
著者: Schirner, K. / Marles-Wright, J. / Lewis, R.J. / Errington, J.

履歴

登録	2009年1月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2009年3月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2w8d.cif.gz	179.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2w8d.ent.gz	151.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2w8d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2w8d_validation.pdf.gz	457.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2w8d_full_validation.pdf.gz	467 KB	表示
XML形式データ	2w8d_validation.xml.gz	33.3 KB	表示
CIF形式データ	2w8d_validation.cif.gz	46.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w8/2w8d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w8/2w8d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2ov9-1 4uoo-5 5ibg-d 4uor-4 5mns-6 2w5s-d 6j87-2 5l91-2 4uoo-3 2yoo-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PROCESSED GLYCEROL PHOSPHATE LIPOTEICHOIC ACID SYNTHASE 2

B: PROCESSED GLYCEROL PHOSPHATE LIPOTEICHOIC ACID SYNTHASE 2

ヘテロ分子

101 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PROCESSED GLYCEROL PHOSPHATE LIPOTEICHOIC ACID SYNTHASE 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: PROCESSED GLYCEROL PHOSPHATE LIPOTEICHOIC ACID SYNTHASE 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.627, 54.408, 140.783
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.97, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	PROCESSED GLYCEROL PHOSPHATE LIPOTEICHOIC ACID SYNTHASE 2 / LTAS / LTA SYNTHASE 2 / POLYGLYCEROL PHOSPHATE SYNTHASE 2 分子量: 50557.852 Da / 分子数: 2 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 214-649 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACILLUS SUBTILIS (枯草菌) / 株: 168 / プラスミド: PET / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) 参照: UniProt: O34952, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; その他の、リン酸基を含む基を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 233 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 44 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 8 詳細: 150 MM MGCL2, 100 MM BICINE, PH 8.0 AND 25 % (W/V) PEG 1500

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9699
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9699 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→70.36 Å / Num. obs: 704196 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 19.6 % / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 22.1
反射シェル	解像度: 2.35→2.48 Å / 冗長度: 7.7 % / R_merge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0070	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
SHELX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.35→141.42 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.909 / SU B: 17.367 / SU ML: 0.188 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.446 / ESU R Free: 0.256 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.235	1797	5 %	RANDOM
R_work	0.17	-	-	-
obs	0.174	34148	99.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.15 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.64 Å²	0 Å²	0.7 Å²
2-	-	-1.6 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→141.42 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6805	0	22	233	7060

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	6993
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.52	1.954	9433
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.446	5	839
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.746	25.659	364
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.334	15	1206
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.687	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.116	0.2	973
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	5400
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.608	1.5	4181
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.149	2	6747
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.185	3	2812
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.333	4.5	2686
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.35→2.41 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.303	116	-
R_work	0.205	2463	-
obs	-	-	99.38 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.878	0.627	-0.1916	4.3645	0.3069	1.3031	0.1363	-0.0903	0.073	0.6799	-0.1437	0.4727	0.193	0.0204	0.0074	0.2047	-0.034	0.1743	0.0966	-0.0336	0.1858	37.738	-5.64	124.853
2	1.5293	0.6779	-0.7947	3.9676	-0.1896	3.4373	0.0374	0.4335	0.0728	-0.6709	0.0304	0.4523	-0.0917	-0.4364	-0.0677	0.2596	0.0096	-0.1089	0.3637	-0.0149	0.1922	38.849	-0.222	86.704
3	3.5011	2.1102	-1.2612	8.1302	-0.3344	3.5096	0.1163	-0.0053	0.2819	0.3299	0.0883	-0.8499	-0.2167	0.4557	-0.2046	0.0708	0.0094	0.0246	0.2108	-0.067	0.2968	59.291	4.862	122.61
4	3.177	0.729	-0.0427	6.5388	-0.0111	7.6515	-0.2011	0.0347	-0.7983	-0.4821	-0.0398	-0.9835	1.1972	0.6275	0.2409	0.3496	0.1232	0.1263	0.2884	-0.0481	0.4702	56.85	-16.023	89.646

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	216 - 550
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	594 - 635
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	215 - 550
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	594 - 635
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	551 - 593
6	X-RAY DIFFRACTION	4	B	551 - 593

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)