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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2w89 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the E.coli tRNAArg aminoacyl stem issoacceptor RR-1660 at 2.0 Angstroem resolution | ||||||
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![]() | RNA / TRNA ACCEPTOR STEM / TRNAARG / HYDRATION / TRNA IDENTITY | ||||||
機能・相同性 | RNA![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Eichert, A. / Schreiber, A. / Fuerste, J.P. / Perbandt, M. / Betzel, C. / Erdmann, V.A. / Foerster, C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of the E. Coli tRNA(Arg) Aminoacyl Stem Isoacceptor Rr-1660 at 2.0 A Resolution. 著者: Eichert, A. / Perbandt, M. / Oberthur, D. / Schreiber, A. / Furste, J.P. / Betzel, C. / Erdmann, V.A. / Forster, C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 28.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 18.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 320.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 436.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 8.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2vuqS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 2196.371 Da / 分子数: 2 / 断片: AMINOACYL STEM, RESIDUES 901-907 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() #2: RNA鎖 | 分子量: 2236.395 Da / 分子数: 2 / 断片: AMINOACYL STEM, RESIDUES 966-972 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() #3: 化合物 | ChemComp-GOL / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.6 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 温度: 294 K / pH: 5.6 詳細: 10 MM MAGNESIUM CHLORIDE, 50 MM MES, PH 5.6, 2 M LITHIUM SULFATE, 294K, CRYOPROTECTANT 20 % (V/V) GLYCEROL |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 203 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月31日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→40 Å / Num. obs: 7118 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 22.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.16 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 93.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2VUQ 解像度: 2→20.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 5.154 / SU ML: 0.136 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.234 / ESU R Free: 0.192 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.21 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→20.92 Å
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拘束条件 |
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