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- PDB-2w5x: Structure of TAB5 alkaline phosphatase mutant His 135 Glu with Mg... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2w5x | ||||||
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Title | Structure of TAB5 alkaline phosphatase mutant His 135 Glu with Mg bound in the M3 site. | ||||||
![]() | ALKALINE PHOSPHATASE | ||||||
![]() | HYDROLASE / PSYCHROPHILES / COLD ADAPTATION / ALKALINE PHOSPHATASE | ||||||
Function / homology | ![]() alkaline phosphatase activity / dephosphorylation / periplasmic space / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Koutsioulis, D. / Lyskowski, A. / Maki, S. / Guthrie, E. / Feller, G. / Bouriotis, V. / Heikinheimo, P. | ||||||
![]() | ![]() Title: Coordination Sphere of the Third Metal Site is Essential to the Activity and Metal Selectivity of Alkaline Phosphatases. Authors: Koutsioulis, D. / Lyskowski, A. / Maki, S. / Guthrie, E. / Feller, G. / Bouriotis, V. / Heikinheimo, P. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 280.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 237 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 429.1 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 434.8 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 33.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 50.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 40484.355 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: YES Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: PHOSPHOSERINE RESIDUE AT POSITION 84. M1, M2 OCCUPIED BY ZN, M3 BY MG. Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-ZN / #3: Chemical | ChemComp-MG / #4: Water | ChemComp-HOH / | Compound details | ENGINEERED | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.09 Å3/Da / Density % sol: 41.22 % / Description: NONE |
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Crystal grow | Details: 20.00MM TRIS-CL PH8.0, 10.00MM MGCL2, 0.01MM ZNCL2, 23.00% PEG 3350, 0.20MM SODIUM ACETATE, 0.10MM SODIUM CACODYLATE, PH 6.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC CCD / Detector: CCD |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.933 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.89→46.57 Å / Num. obs: 96727 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 18.38 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 9.6 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.42 Å2 / ksol: 0.37 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 24.49 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.99→44.65 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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