PDB-2w5w: Structure of TAB5 alkaline phosphatase mutant His 135 Asp with Zn...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2w5w

タイトル

Structure of TAB5 alkaline phosphatase mutant His 135 Asp with Zn bound in the M3 site.

要素

ALKALINE PHOSPHATASE

キーワード

HYDROLASE / PSYCHROPHILES / COLD ADAPTATION / ALKALINE PHOSPHATASE

機能・相同性

機能・相同性情報

alkaline phosphatase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

ANTARCTIC BACTERIUM TAB5 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.79 Å

データ登録者

Koutsioulis, D. / Lyskowski, A. / Maki, S. / Guthrie, E. / Feller, G. / Bouriotis, V. / Heikinheimo, P.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2010
タイトル: Coordination Sphere of the Third Metal Site is Essential to the Activity and Metal Selectivity of Alkaline Phosphatases.
著者: Koutsioulis, D. / Lyskowski, A. / Maki, S. / Guthrie, E. / Feller, G. / Bouriotis, V. / Heikinheimo, P.

履歴

登録	2008年12月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2009年11月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2w5w.cif.gz	286.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2w5w.ent.gz	242.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2w5w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2w5w_validation.pdf.gz	425.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2w5w_full_validation.pdf.gz	429.9 KB	表示
XML形式データ	2w5w_validation.xml.gz	36.3 KB	表示
CIF形式データ	2w5w_validation.cif.gz	56.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w5/2w5w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w5/2w5w	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2w5vC 2w5xC 2iuc C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5udk-d 2w5x-d 5y7p-3 4e5y-2 5gk5-4 3ehe-d 6i1f-d 5c1w-d 5y7p-1 4c7x-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1) #261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#50 - 2004年2月
解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes)
類似性 (1)
#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: ALKALINE PHOSPHATASE

B: ALKALINE PHOSPHATASE

ヘテロ分子

81.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.110, 173.320, 55.190
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2083- HOH
2	1	A-2109- HOH
3	1	A-2134- HOH
4	1	A-2243- HOH
5	1	B-2191- HOH

#1: タンパク質	ALKALINE PHOSPHATASE / TAB5 ALKALINE PHOSPHATASE MUTANT 分子量: 40470.328 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現詳細: PHOSPHOSERINE RESIDUE AT POSITION 84. M1, M2, M3 OCCUPIED BY ZN. 由来: (組換発現) ANTARCTIC BACTERIUM TAB5 (バクテリア) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KWY4, alkaline phosphatase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 971 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, HIS 135 TO ASP ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, HIS 135 TO ASP

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.74 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 20.00MM TRIS-CL PH8.0, 10.00MM MGCL2, 0.01MM ZNCL2, 23.00% PEG 3350, 0.20MM SODIUM ACETATE, 0.10MM SODIUM CACODYLATE, PH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.28224
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.28224 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.69→46.57 Å / Num. obs: 145415 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.1 % / B_iso Wilson estimate: 13.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 13.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.79→43.33 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 0.02 / 位相誤差: 15.16 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.17	1861	1.6 %
R_work	0.14	-	-
obs	0.14	118325	96.6 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 54.07 Å² / k_sol: 0.35 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.46 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.79→43.33 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5242	0	6	971	6219

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	5336
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.147	7218
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.944	1868
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.088	822
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	932

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.79-1.8384	0.2342	130	0.204	8281	X-RAY DIFFRACTION	89
1.8384-1.8925	0.1957	137	0.1847	8462	X-RAY DIFFRACTION	91
1.8925-1.9536	0.1995	135	0.1703	8662	X-RAY DIFFRACTION	94
1.9536-2.0234	0.1648	147	0.151	8832	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0234-2.1044	0.1534	148	0.1402	8921	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1044-2.2002	0.1775	143	0.1325	9040	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2002-2.3162	0.149	148	0.1324	9070	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3162-2.4613	0.1689	143	0.125	9098	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4613-2.6513	0.1557	146	0.1301	9189	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6513-2.9181	0.1762	140	0.1331	9251	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9181-3.3402	0.1749	149	0.1344	9231	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3402-4.2077	0.1471	147	0.1208	9205	X-RAY DIFFRACTION	99
4.2077-43.3427	0.1648	148	0.1331	9222	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	-0.2866	-0.1551	0.6378	0.1277	-0.0961	0.4943	0.0396	0.0166	-0.0649	0.0308	-0.0654	-0.037	0.0147	-0.0194	0.0305	0.0143	0.0125	-0.0134	0.0719	-0.0016	0.1135	-15.1023	27.714	0.8051
2	0.2868	-0.0527	-0.0195	0.4407	0.0415	0.2527	0.0547	-0.0006	-0.0609	-0.0493	-0.0671	-0.0843	0.0194	0.0594	0.015	0.0296	0.0285	-0.0065	0.0791	0.0107	0.1531	-4.4144	17.2943	-3.8573
3	-1.2569	0.0743	-0.2628	0.6338	-0.0542	0.1789	0.0569	0.0226	-0.0673	0.0078	-0.0927	-0.3446	0.1065	0.1596	0.0546	0.0371	0.0342	-0.0158	0.1173	0.04	0.2394	3.5284	12.0306	4.689
4	-0.5101	0.1107	-0.204	0.5901	-0.126	0.2417	-0.0411	-0.0956	-0.0713	0.1421	-0.0666	-0.4121	0.1135	0.1675	0.107	0.0697	0.0282	-0.0495	0.1372	0.0656	0.2902	7.152	10.056	15.7377
5	-0.8196	0.2574	0.1019	0.7812	-0.1988	0.8272	0.0257	-0.0568	-0.0138	0.1352	-0.0479	-0.1314	-0.045	0.0199	0.0272	0.0499	-0.0013	-0.039	0.1151	0.0354	0.156	-0.7432	24.3147	16.4165
6	-0.1441	-0.1643	0.0428	0.4683	0.0198	0.2667	0.0381	-0.0682	-0.0714	0.0468	-0.041	-0.0272	-0.0058	0.0107	0.0001	0.0065	0.002	-0.0127	0.0715	0.0076	0.1157	-12.777	23.7236	5.2057
7	1.1328	-1.4203	0.1015	-0.0807	1.6764	3.3376	-0.3166	0.1186	-0.2567	0.3428	-0.2455	0.5183	0.3666	0.0659	0.5373	0.1403	-0.0685	0.1615	0.1193	-0.0366	0.3057	-45.5784	10.6938	7.8139
8	-0.0825	-0.2531	0.339	0.6397	-0.0276	0.3918	0.0226	0.0598	-0.079	-0.0329	-0.0621	-0.1014	0.0053	0.0848	0.04	0.008	0.0138	-0.0038	0.0515	-0.005	0.1013	-13.3133	23.2311	-6.2922
9	0.283	-0.2693	0.1046	0.1339	-0.015	0.1852	0.0744	0.1562	-0.1123	-0.0696	-0.0028	0.0157	0.0457	-0.0221	-0.065	0.0512	0.0393	-0.0078	0.1242	-0.0233	0.112	-26.3218	24.863	-18.037
10	0.1954	-0.1498	0.1067	0.2817	-0.0825	0.2035	0.053	0.0105	-0.0288	-0.0046	-0.0233	0.0544	-0.0074	-0.0551	-0.0231	0.0104	0.0274	-0.001	0.1033	-0.0115	0.0917	-38.809	32.0079	-11.7763
11	0.0476	0.1482	-0.146	0.032	-0.0472	0.3008	0.0485	0.1638	-0.0086	-0.0718	-0.0035	0.1641	-0.0127	-0.2324	-0.0464	0.0699	0.042	-0.0284	0.2075	-0.0152	0.1909	-50.3129	30.6335	-17.1769
12	-1.2376	0.1165	0.0884	0.388	0.1352	1.1623	0.0647	0.1167	-0.0166	-0.0818	-0.1008	0.2943	0.0544	-0.6385	0.0296	0.0707	0.0307	-0.0576	0.3574	-0.0508	0.2062	-57.7157	25.1247	-24.5251
13	0.7728	-0.3374	0.2907	0.6977	-0.0409	0.2729	0.1562	0.4108	-0.1404	-0.2641	-0.1108	0.0646	0.1027	0.0378	-0.0349	0.104	0.0828	-0.0475	0.2555	-0.0652	0.1131	-42.9646	24.4682	-31.6443
14	0.3909	-0.0461	-0.0219	0.0875	0.0156	0.1055	0.0898	0.1524	-0.1293	-0.0959	-0.058	0.0531	0.0646	-0.0046	-0.0356	0.0529	0.0417	-0.0196	0.1289	-0.0256	0.1124	-32.0953	22.5289	-19.3723
15	0.5528	-0.0748	-0.2133	-0.5793	-0.4383	0.4794	-0.2374	-0.1426	-0.5234	-1.062	-0.0001	-0.0714	0.8208	-0.0454	0.2488	0.3272	-0.0065	0.0646	0.0587	0.0554	0.5253	-21.0901	-6.9633	-2.8215
16	0.1925	-0.1553	0.0346	0.1296	-0.0429	0.1853	0.0478	0.0904	-0.0326	-0.0324	-0.0412	0.0323	-0.0182	-0.0194	-0.0131	0.0241	0.0226	-0.005	0.0772	0.0001	0.1046	-28.2733	29.179	-10.749

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 30:60)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 61:134)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 135:165)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 166:190)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 191:244)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN A AND RESID 245:310)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN A AND RESID 311:323)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN A AND RESID 324:375)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN B AND RESID 30:60)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN B AND RESID 61:134)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN B AND RESID 135:165)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN B AND RESID 166:190)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(CHAIN B AND RESID 191:244)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(CHAIN B AND RESID 245:310)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(CHAIN B AND RESID 311:323)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(CHAIN B AND RESID 324:375)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見 (Yorodumi)