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- PDB-2w5w: Structure of TAB5 alkaline phosphatase mutant His 135 Asp with Zn... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2w5w
タイトルStructure of TAB5 alkaline phosphatase mutant His 135 Asp with Zn bound in the M3 site.
要素ALKALINE PHOSPHATASE
キーワードHYDROLASE / PSYCHROPHILES / COLD ADAPTATION / ALKALINE PHOSPHATASE
機能・相同性
機能・相同性情報


alkaline phosphatase activity / dephosphorylation / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Alkaline phosphatase, active site / Alkaline phosphatase active site. / Alkaline phosphatase / Alkaline phosphatase / Alkaline phosphatase homologues / Alkaline Phosphatase, subunit A / Alkaline Phosphatase, subunit A / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alkaline phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種ANTARCTIC BACTERIUM TAB5 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.79 Å
データ登録者Koutsioulis, D. / Lyskowski, A. / Maki, S. / Guthrie, E. / Feller, G. / Bouriotis, V. / Heikinheimo, P.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2010
タイトル: Coordination Sphere of the Third Metal Site is Essential to the Activity and Metal Selectivity of Alkaline Phosphatases.
著者: Koutsioulis, D. / Lyskowski, A. / Maki, S. / Guthrie, E. / Feller, G. / Bouriotis, V. / Heikinheimo, P.
履歴
登録2008年12月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALKALINE PHOSPHATASE
B: ALKALINE PHOSPHATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,3338
ポリマ－80,9412
非ポリマー3926
水17,493971
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4140 Å2
ΔGint-197.2 kcal/mol
Surface area23780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.110, 173.320, 55.190
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2083-

HOH

21A-2109-

HOH

31A-2134-

HOH

41A-2243-

HOH

51B-2191-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 ALKALINE PHOSPHATASE / TAB5 ALKALINE PHOSPHATASE MUTANT


分子量: 40470.328 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
詳細: PHOSPHOSERINE RESIDUE AT POSITION 84. M1, M2, M3 OCCUPIED BY ZN.
由来: (組換発現) ANTARCTIC BACTERIUM TAB5 (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KWY4, alkaline phosphatase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 971 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, HIS 135 TO ASP ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, HIS 135 TO ASP
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.74 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 20.00MM TRIS-CL PH8.0, 10.00MM MGCL2, 0.01MM ZNCL2, 23.00% PEG 3350, 0.20MM SODIUM ACETATE, 0.10MM SODIUM CACODYLATE, PH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.28224
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.28224 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.69→46.57 Å / Num. obs: 145415 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 13.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 13.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.79→43.33 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 0.02 / 位相誤差: 15.16 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.17 1861 1.6 %
Rwork0.14 --
obs0.14 118325 96.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 54.07 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 22.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.79→43.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5242 0 6 971 6219
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085336
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1477218
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.9441868
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.088822
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004932
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.79-1.83840.23421300.2048281X-RAY DIFFRACTION89
1.8384-1.89250.19571370.18478462X-RAY DIFFRACTION91
1.8925-1.95360.19951350.17038662X-RAY DIFFRACTION94
1.9536-2.02340.16481470.1518832X-RAY DIFFRACTION95
2.0234-2.10440.15341480.14028921X-RAY DIFFRACTION97
2.1044-2.20020.17751430.13259040X-RAY DIFFRACTION97
2.2002-2.31620.1491480.13249070X-RAY DIFFRACTION98
2.3162-2.46130.16891430.1259098X-RAY DIFFRACTION98
2.4613-2.65130.15571460.13019189X-RAY DIFFRACTION99
2.6513-2.91810.17621400.13319251X-RAY DIFFRACTION99
2.9181-3.34020.17491490.13449231X-RAY DIFFRACTION100
3.3402-4.20770.14711470.12089205X-RAY DIFFRACTION99
4.2077-43.34270.16481480.13319222X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-0.2866-0.15510.63780.1277-0.09610.49430.03960.0166-0.06490.0308-0.0654-0.0370.0147-0.01940.03050.01430.0125-0.01340.0719-0.00160.1135-15.102327.7140.8051
20.2868-0.0527-0.01950.44070.04150.25270.0547-0.0006-0.0609-0.0493-0.0671-0.08430.01940.05940.0150.02960.0285-0.00650.07910.01070.1531-4.414417.2943-3.8573
3-1.25690.0743-0.26280.6338-0.05420.17890.05690.0226-0.06730.0078-0.0927-0.34460.10650.15960.05460.03710.0342-0.01580.11730.040.23943.528412.03064.689
4-0.51010.1107-0.2040.5901-0.1260.2417-0.0411-0.0956-0.07130.1421-0.0666-0.41210.11350.16750.1070.06970.0282-0.04950.13720.06560.29027.15210.05615.7377
5-0.81960.25740.10190.7812-0.19880.82720.0257-0.0568-0.01380.1352-0.0479-0.1314-0.0450.01990.02720.0499-0.0013-0.0390.11510.03540.156-0.743224.314716.4165
6-0.1441-0.16430.04280.46830.01980.26670.0381-0.0682-0.07140.0468-0.041-0.0272-0.00580.01070.00010.00650.002-0.01270.07150.00760.1157-12.77723.72365.2057
71.1328-1.42030.1015-0.08071.67643.3376-0.31660.1186-0.25670.3428-0.24550.51830.36660.06590.53730.1403-0.06850.16150.1193-0.03660.3057-45.578410.69387.8139
8-0.0825-0.25310.3390.6397-0.02760.39180.02260.0598-0.079-0.0329-0.0621-0.10140.00530.08480.040.0080.0138-0.00380.0515-0.0050.1013-13.313323.2311-6.2922
90.283-0.26930.10460.1339-0.0150.18520.07440.1562-0.1123-0.0696-0.00280.01570.0457-0.0221-0.0650.05120.0393-0.00780.1242-0.02330.112-26.321824.863-18.037
100.1954-0.14980.10670.2817-0.08250.20350.0530.0105-0.0288-0.0046-0.02330.0544-0.0074-0.0551-0.02310.01040.0274-0.0010.1033-0.01150.0917-38.80932.0079-11.7763
110.04760.1482-0.1460.032-0.04720.30080.04850.1638-0.0086-0.0718-0.00350.1641-0.0127-0.2324-0.04640.06990.042-0.02840.2075-0.01520.1909-50.312930.6335-17.1769
12-1.23760.11650.08840.3880.13521.16230.06470.1167-0.0166-0.0818-0.10080.29430.0544-0.63850.02960.07070.0307-0.05760.3574-0.05080.2062-57.715725.1247-24.5251
130.7728-0.33740.29070.6977-0.04090.27290.15620.4108-0.1404-0.2641-0.11080.06460.10270.0378-0.03490.1040.0828-0.04750.2555-0.06520.1131-42.964624.4682-31.6443
140.3909-0.0461-0.02190.08750.01560.10550.08980.1524-0.1293-0.0959-0.0580.05310.0646-0.0046-0.03560.05290.0417-0.01960.1289-0.02560.1124-32.095322.5289-19.3723
150.5528-0.0748-0.2133-0.5793-0.43830.4794-0.2374-0.1426-0.5234-1.062-0.0001-0.07140.8208-0.04540.24880.3272-0.00650.06460.05870.05540.5253-21.0901-6.9633-2.8215
160.1925-0.15530.03460.1296-0.04290.18530.04780.0904-0.0326-0.0324-0.04120.0323-0.0182-0.0194-0.01310.02410.0226-0.0050.07720.00010.1046-28.273329.179-10.749
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 30:60)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 61:134)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 135:165)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 166:190)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 191:244)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN A AND RESID 245:310)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN A AND RESID 311:323)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN A AND RESID 324:375)
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN B AND RESID 30:60)
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN B AND RESID 61:134)
11X-RAY DIFFRACTION11(CHAIN B AND RESID 135:165)
12X-RAY DIFFRACTION12(CHAIN B AND RESID 166:190)
13X-RAY DIFFRACTION13(CHAIN B AND RESID 191:244)
14X-RAY DIFFRACTION14(CHAIN B AND RESID 245:310)
15X-RAY DIFFRACTION15(CHAIN B AND RESID 311:323)
16X-RAY DIFFRACTION16(CHAIN B AND RESID 324:375)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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