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- PDB-2w5p: DraE Adhesin in complex with Chloramphenicol Succinate (monoclini... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2w5p
タイトルDraE Adhesin in complex with Chloramphenicol Succinate (monoclinic form)
要素DR HEMAGGLUTININ STRUCTURAL SUBUNIT
キーワードCELL ADHESION / UPEC / DRAE / DAEC / ADHESIN / FIMBRIUM / HAEMAGGLUTININ / CELL PROJECTION / FIMBRIAL ADHESIN / CHLORAMPHENICOL SUCCINATE
機能・相同性
機能・相同性情報


Adhesin, Dr-family / Adhesin, Dr family, signal peptide / Dr-family adhesin / Dr family adhesin / Dr adhesin / Dr-adhesin superfamily / Adhesion domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CHLORAMPHENICOL SUCCINATE / Dr hemagglutinin structural subunit
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Pettigrew, D.M. / Roversi, P. / Davies, S.G. / Russell, A.J. / Lea, S.M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2009
タイトル: A Structural Study of the Interaction between the Dr Haemagglutinin Drae and Derivatives of Chloramphenicol
著者: Pettigrew, D.M. / Roversi, P. / Davies, S.G. / Russell, A.J. / Lea, S.M.
履歴
登録2008年12月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DR HEMAGGLUTININ STRUCTURAL SUBUNIT
B: DR HEMAGGLUTININ STRUCTURAL SUBUNIT
C: DR HEMAGGLUTININ STRUCTURAL SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,0679
ポリマ－48,5103
非ポリマー1,5586
水6,215345
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4590 Å2
ΔGint-41.4 kcal/mol
Surface area23000 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)118.941, 68.553, 62.061
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.17, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 DR HEMAGGLUTININ STRUCTURAL SUBUNIT / DRAE HAEMAGGLUTININ


分子量: 16169.844 Da / 分子数: 3 / 断片: ADHESIN SUBUNIT, RESIDUES 23-160 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: IH11128 / 細胞株: M15 / Variant: O75\:K5\:H / プラスミド: PQE-30 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P24093
#2: 化合物 ChemComp-CL8 / CHLORAMPHENICOL SUCCINATE


分子量: 423.202 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H16Cl2N2O8
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 345 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 39 TO LYS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, GLU 39 TO LYS ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 39 TO LYS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, GLU 39 TO LYS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, GLU 39 TO LYS
Has protein modificationY
配列の詳細E18K

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.2 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7
詳細: (NH4)2SO4 2M, 10 MM CHLORAMPHENICOL SUCCINATE, 0.1 M NAHEPES PH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→59 Å / Num. obs: 34784 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 78

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解析

ソフトウェア
名称分類
BUSTER-TNT精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1USQ

1usq


解像度: 1.9→40 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. STRUCTURE REFINED WITH NO NCS ALTHOUGH IT CONTAINS THREE COPIES OF THE SAME PROTEIN. THE NCS WAS NOT ENFORCED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.237 1747 5 %RANDOM
Rwork0.193 ---
obs0.195 34784 99 %-
原子変位パラメータBiso mean: 26 Å2
Baniso -1Baniso -3Baniso -2
1-2.4 Å2-0.45 Å2-
2---1.2 Å2
3---3.5 Å2-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3164 0 33 345 3542
LS精密化 シェル解像度: 1.9→2 Å / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.237 271 5 %
Rwork0.193 4957 -
all0.195 5228 -
obs--78.1 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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