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万見
- PDB-2w4c: Human common-type acylphosphatase variant, A99 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2w4c
タイトルHuman common-type acylphosphatase variant, A99
要素ACYLPHOSPHATASE-1
キーワードHYDROLASE / ACETYLATION
機能・相同性
機能・相同性情報


acylphosphatase / acylphosphatase activity / phosphate-containing compound metabolic process
類似検索 - 分子機能
Acylphosphatase signature 2. / Acylphosphatase / Acylphosphatase signature 1. / Acylphosphatase, conserved site / Acylphosphatase / Acylphosphatase-like domain / Acylphosphatase-like domain profile. / Acylphosphatase-like domain superfamily / Alpha-Beta Plaits - #100 / Alpha-Beta Plaits ...Acylphosphatase signature 2. / Acylphosphatase / Acylphosphatase signature 1. / Acylphosphatase, conserved site / Acylphosphatase / Acylphosphatase-like domain / Acylphosphatase-like domain profile. / Acylphosphatase-like domain superfamily / Alpha-Beta Plaits - #100 / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.52 Å
データ登録者Lam, S.Y. / Wong, K.B.
引用
ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2011
タイトル: A Rigidifying Salt-Bridge Favors the Activity of Thermophilic Enzyme at High Temperatures at the Expense of Low-Temperature Activity.
著者: Lam, S.Y. / Yeung, R.C.Y. / Yu, T. / Sze, K. / Wong, K.B.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2006
タイトル: Crystallization and Preliminary Crystallographic Analysis of Human Common-Type Acylphosphatase.
著者: Yeung, R.C.Y. / Lam, S.Y. / Wong, K.
履歴
登録2008年11月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年2月1日Group: Database references / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ACYLPHOSPHATASE-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,2201
ポリマ－11,2201
非ポリマー00
水1,928107
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)24.604, 57.861, 59.095
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 ACYLPHOSPHATASE-1 / HUMAN COMMON-TYPE ACYLPHOSPHATASE / ACYLPHOSPHATE PHOSPHOHYDROLASE 1 / ACYLPHOSPHATASE ORGAN-COMMON ...HUMAN COMMON-TYPE ACYLPHOSPHATASE / ACYLPHOSPHATE PHOSPHOHYDROLASE 1 / ACYLPHOSPHATASE ORGAN-COMMON TYPE ISOZYME / ACYLPHOSPHATASE ERYTHROCYTE ISOZYME


分子量: 11219.737 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 器官: LIVER / プラスミド: PET3A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P07311, acylphosphatase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LYS 99 TO ALA

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.38 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6
詳細: 16MG/ML K99A IN 20MMTRIS, 0.2MNACL, PH7.5 K99A WAS CRYSTALLIZED IN 0.1M BIS-TRIS, 0.1M NAOAC, PH6.0 WITH 25% PEG3350 AS CYROPROTECTANT

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データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5
検出器タイプ: RIGAKU IMAGE PLATE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年9月30日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.52→14.31 Å / Num. obs: 13607 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 30.7
反射 シェル解像度: 1.52→1.52 Å / Rmerge(I) obs: 0.18 / Mean I/σ(I) obs: 9.2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2VH7

2vh7


解像度: 1.52→41.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 1.65 / SU ML: 0.062 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.092 / ESU R Free: 0.092 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.228 671 4.9 %RANDOM
Rwork0.196 ---
obs0.198 12894 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.18 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.22 Å20 Å20 Å2
2---0.66 Å20 Å2
3---0.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.52→41.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数765 0 0 107 872
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.022780
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02700
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3531.9311050
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7431636
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.015594
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.00324.87239
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.90215144
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.212154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2113
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02865
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02157
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.20.2116
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.180.2664
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1760.2379
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.2443
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1670.263
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1270.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2350.236
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1410.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2451.5605
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5292755
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3433366
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.434.5295
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.52→1.56 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.311 44
Rwork0.286 931

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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