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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2w45 | ||||||
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タイトル | Epstein-Barr virus alkaline nuclease | ||||||
要素 | ALKALINE EXONUCLEASE | ||||||
キーワード | HYDROLASE / EXONUCLEASE / ENDONUCLEASE / GAMMA-HERPESVIRUS / EBV / BGLF5 / DNASE / NUCLEASE / HERPESVIRUS / EPSTEIN-BARR VIRUS | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 exonuclease activity / symbiont-mediated degradation of host mRNA / endonuclease activity / host cell cytoplasm / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / host cell nucleus / DNA binding / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HUMAN HERPESVIRUS 4 (ヘルペスウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Buisson, M. / Geoui, T. / Flot, D. / Tarbouriech, N. / Burmeister, W.P. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009 タイトル: A Bridge Crosses the Active Site Canyon of the Epstein-Barr Virus Nuclease with DNase and Rnase Activity. 著者: Buisson, M. / Geoui, T. / Flot, D. / Tarbouriech, N. / Ressing, M.E. / Wiertz, E.J. / Burmeister, W.P. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2w45.cif.gz | 180 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2w45.ent.gz | 145.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2w45.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2w45_validation.pdf.gz | 446.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2w45_full_validation.pdf.gz | 499.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2w45_validation.xml.gz | 38.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2w45_validation.cif.gz | 51.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w4/2w45 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w4/2w45 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.551, 0.092, -0.83), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 52721.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) HUMAN HERPESVIRUS 4 (ヘルペスウイルス) 株: B95-8 / プラスミド: PFASTBAC HTB / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) 参照: UniProt: P03217, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 % 解説: PHASING USED 6 INCOMPLETE DATASETS COLLECTED AT DIFFERENT WAVELENGTH WITH SLIGHTLY DIFFERENT HA PARAMETERS. |
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結晶化 | pH: 7.5 詳細: PROTEIN AT 4.5 MG/ML IN 250 MM NACL, 20MM TRIS PH 7.5, RESERVOIR:10 MM DTT, 10 MM MGCL2, 0.1M HEPES PH 7.0, 1.5% PEG 400 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月17日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: CHANNEL CUT / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8726 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→71.8 Å / Num. obs: 24158 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.77 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 3.59 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 1.58 / % possible all: 96.48 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 開始モデル: NONE 解像度: 3→71.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.828 / SU B: 16.159 / SU ML: 0.308 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.484 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.778 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→71.43 Å
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拘束条件 |
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