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- PDB-2w3q: Structure and inhibition of the CO2-sensing carbonic anhydrase Ca... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2w3q
タイトルStructure and inhibition of the CO2-sensing carbonic anhydrase Can2 from the pathogenic fungus Cryptococcus neoformans
要素CARBONIC ANHYDRASE 2
キーワードLYASE / BETA-CLASS CARBONIC ANHYDRASE / INHIBITION / SULFONAMIDE / CRYPTOCOCCUS NEOFORMANS
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to carbon dioxide / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / cellular response to oxidative stress / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #610 / Beta-carbonic Anhydrase; Chain A / Carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase superfamily / Carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase / Helix Hairpins / Helix non-globular / Special ...Helix Hairpins - #610 / Beta-carbonic Anhydrase; Chain A / Carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase superfamily / Carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase / Helix Hairpins / Helix non-globular / Special / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Carbonic anhydrase
類似検索 - 構成要素
生物種CRYPTOCOCCUS NEOFORMANS (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.34 Å
データ登録者Schlicker, C. / Hall, R.A. / Vullo, D. / Middelhaufe, S. / Gertz, M. / Supuran, C.T. / Muehlschlegel, F.A. / Steegborn, C.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Structure and Inhibition of the Co(2)-Sensing Carbonic Anhydrase Can2 from the Pathogenic Fungus Cryptococcus Neoformans.
著者: Schlicker, C. / Hall, R.A. / Vullo, D. / Middelhaufe, S. / Gertz, M. / Supuran, C.T. / Muehlschlegel, F.A. / Steegborn, C.
履歴
登録2008年11月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CARBONIC ANHYDRASE 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,0863
ポリマ－26,9861
非ポリマー1012
水2,972165
1
A: CARBONIC ANHYDRASE 2
ヘテロ分子

A: CARBONIC ANHYDRASE 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,1736
ポリマ－53,9712
非ポリマー2024
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+1/31
Buried area7140 Å2
ΔGint-48.3 kcal/mol
Surface area24530 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)55.190, 55.190, 134.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2063-

HOH

21A-2064-

HOH

31A-2068-

HOH

41A-2081-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 CARBONIC ANHYDRASE 2 / CARBONIC ANHYDRASE


分子量: 26985.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) CRYPTOCOCCUS NEOFORMANS (菌類) / Variant: GRUBII / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: Q3I4V7, carbonic anhydrase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.74 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 20 % PEG3350, 0.2 M NACL, 0.1 M TRIS_HCL PH 8.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9789
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.34→47.8 Å / Num. obs: 54533 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2.67 / 冗長度: 1 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 15.43
反射 シェル解像度: 1.34→1.43 Å / 冗長度: 0.99 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 3.01 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-97精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1T75

1t75


解像度: 1.34→47.8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.67
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1846 2718 5 %RANDOM
all0.139 54510 --
obs0.138 -99.8 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.34→47.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1766 0 2 165 1933
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.03
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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