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- PDB-2w3l: Crystal Structure of Chimaeric Bcl2-xL and Phenyl Tetrahydroisoqu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2w3l
タイトルCrystal Structure of Chimaeric Bcl2-xL and Phenyl Tetrahydroisoquinoline Amide Complex
要素APOPTOSIS REGULATOR BCL-2
キーワードAPOPTOSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cellular pH reduction / negative regulation of retinal cell programmed cell death / pigment granule organization / CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / BAD-BCL-2 complex / positive regulation of skeletal muscle fiber development / regulation of glycoprotein biosynthetic process / positive regulation of melanocyte differentiation / channel inhibitor activity / melanin metabolic process ...negative regulation of cellular pH reduction / negative regulation of retinal cell programmed cell death / pigment granule organization / CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / BAD-BCL-2 complex / positive regulation of skeletal muscle fiber development / regulation of glycoprotein biosynthetic process / positive regulation of melanocyte differentiation / channel inhibitor activity / melanin metabolic process / positive regulation of neuron maturation / myeloid cell apoptotic process / cochlear nucleus development / osteoblast proliferation / mesenchymal cell development / retinal cell programmed cell death / negative regulation of osteoblast proliferation / stem cell development / gland morphogenesis / renal system process / regulation of cell-matrix adhesion / The NLRP1 inflammasome / dendritic cell apoptotic process / ear development / negative regulation of calcium ion transport into cytosol / lymphoid progenitor cell differentiation / melanocyte differentiation / T cell apoptotic process / negative regulation of myeloid cell apoptotic process / negative regulation of epithelial cell apoptotic process / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / regulation of nitrogen utilization / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / glomerulus development / focal adhesion assembly / regulation of transmembrane transporter activity / negative regulation of T cell apoptotic process / oocyte development / B cell apoptotic process / metanephros development / neuron maturation / negative regulation of motor neuron apoptotic process / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / positive regulation of multicellular organism growth / regulation of viral genome replication / endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / regulation of mitochondrial membrane permeability / calcium ion transport into cytosol / response to UV-B / negative regulation of ossification / response to iron ion / epithelial cell apoptotic process / negative regulation of mitochondrial depolarization / axon regeneration / motor neuron apoptotic process / positive regulation of smooth muscle cell migration / smooth muscle cell migration / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / negative regulation of B cell apoptotic process / organ growth / hair follicle morphogenesis / branching involved in ureteric bud morphogenesis / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / B cell lineage commitment / digestive tract morphogenesis / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / pore complex / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / BH3 domain binding / T cell homeostasis / regulation of calcium ion transport / B cell homeostasis / humoral immune response / B cell proliferation / negative regulation of anoikis / negative regulation of apoptotic signaling pathway / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / Activation of BAD and translocation to mitochondria / hematopoietic stem cell differentiation / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / behavioral fear response / ovarian follicle development / cellular response to glucose starvation / skeletal muscle fiber development / spleen development / positive regulation of B cell proliferation / response to cytokine / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / homeostasis of number of cells within a tissue / axonogenesis / ossification / reactive oxygen species metabolic process / negative regulation of autophagy / response to glucocorticoid / protein phosphatase 2A binding / negative regulation of cell migration / actin filament organization
類似検索 - 分子機能
Apoptosis regulator, Bcl-2 / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x ...Apoptosis regulator, Bcl-2 / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DRO / Apoptosis regulator Bcl-2
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Porter, J. / Payne, A. / de Candole, B. / Ford, D. / Hutchinson, B. / Trevitt, G. / Turner, J. / Edwards, C. / Watkins, C. / Whitcombe, I. ...Porter, J. / Payne, A. / de Candole, B. / Ford, D. / Hutchinson, B. / Trevitt, G. / Turner, J. / Edwards, C. / Watkins, C. / Whitcombe, I. / Davis, J. / Stubberfield, C. / Fisher, M. / Lamers, M.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2009
タイトル: Tetrahydroisoquinoline Amide Substituted Phenyl Pyrazoles as Selective Bcl-2 Inhibitors.
著者: Porter, J. / Payne, A. / De Candole, B. / Ford, D. / Hutchinson, B. / Trevitt, G. / Turner, J. / Edwards, C. / Watkins, C. / Whitcombe, I. / Davis, J. / Stubberfield, C.
履歴
登録2008年11月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年6月28日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: APOPTOSIS REGULATOR BCL-2
B: APOPTOSIS REGULATOR BCL-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9024
ポリマ－33,7502
非ポリマー1,1522
水4,017223
1
A: APOPTOSIS REGULATOR BCL-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4512
ポリマ－16,8751
非ポリマー5761
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: APOPTOSIS REGULATOR BCL-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4512
ポリマ－16,8751
非ポリマー5761
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)68.000, 68.320, 70.670
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 APOPTOSIS REGULATOR BCL-2 / BCL2-XL


分子量: 16874.928 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 9-33,92-206 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P10415
#2: 化合物 ChemComp-DRO / 1-(2-{[(3S)-3-(aminomethyl)-3,4-dihydroisoquinolin-2(1H)-yl]carbonyl}phenyl)-4-chloro-5-methyl-N,N-diphenyl-1H-pyrazole-3-carboxamide


分子量: 576.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H30ClN5O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 223 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE AUTHORS SUGGEST THE FLEXIBLE LOOP BETWEEN N- AND C-TERMINUS IS A CHIMERA

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.5 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54
検出器タイプ: RIGAKU (RAXIS4) / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年3月13日 / 詳細: VARIMAX-HF
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→19.91 Å / Num. obs: 22774 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0.01 / 冗長度: 6.97 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 8.4

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.2.0019 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 5.425 / SU ML: 0.149 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.261 / ESU R Free: 0.21 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.258 1012 5.1 %RANDOM
Rwork0.218 ---
obs0.218 18688 99.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.91 Å20 Å20 Å2
2---1.96 Å20 Å2
3----0.95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2318 0 84 223 2625
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0212476
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7181.9513357
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3955279
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.18722.632133
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.50115370
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.9331523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1180.2327
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021987
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2130.31204
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3160.51702
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2420.5263
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2040.368
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2570.530
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2531.51435
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.97622224
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.09531234
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.7984.51133
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.303 71
Rwork0.235 1340

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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