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- PDB-2w2j: Crystal structure of the human carbonic anhydrase related protein VIII -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2w2j
タイトルCrystal structure of the human carbonic anhydrase related protein VIII
要素CARBONIC ANHYDRASE-RELATED PROTEIN
キーワードLYASE / METAL-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


hydro-lyase activity / phosphatidylinositol-mediated signaling / carbonate dehydratase activity / one-carbon metabolic process / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Carbonic anhydrase-related protein VIII / Carbonic Anhydrase II / Alpha carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site / Alpha-carbonic anhydrases signature. / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. ...Carbonic anhydrase-related protein VIII / Carbonic Anhydrase II / Alpha carbonic anhydrase / Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site / Alpha-carbonic anhydrases signature. / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Carbonic anhydrase-related protein
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Kramm, A. / Muniz, J.R.C. / Picaud, S.S. / von Delft, F. / Pilka, E.S. / Yue, W.W. / King, O.N.F. / Kochan, G. / Pike, A.C.W. / Filippakopoulos, P. ...Kramm, A. / Muniz, J.R.C. / Picaud, S.S. / von Delft, F. / Pilka, E.S. / Yue, W.W. / King, O.N.F. / Kochan, G. / Pike, A.C.W. / Filippakopoulos, P. / Arrowsmith, C. / Wikstrom, M. / Edwards, A. / Bountra, C. / Oppermann, U.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2009
タイトル: Crystal Structure of Human Carbonic Anhydrase-Related Protein Viii Reveals the Basis for Catalytic Silencing.
著者: Picaud, S.S. / Muniz, J.R.C. / Kramm, A. / Pilka, E.S. / Kochan, G. / Oppermann, U. / Yue, W.W.
履歴
登録2008年10月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年2月22日Group: Non-polymer description / Refinement description ...Non-polymer description / Refinement description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CARBONIC ANHYDRASE-RELATED PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,75413
ポリマ－33,0951
非ポリマー65912
水6,053336
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.267, 73.854, 87.908
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 CARBONIC ANHYDRASE-RELATED PROTEIN / CARP / CARBONIC ANHYDRASE VIII / CA-VIII / CA8A


分子量: 33095.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3-PRARE2 / 参照: UniProt: P35219, carbonic anhydrase
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 336 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細DISORDERED REGIONS AT N-TERMINAL

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.18 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.3 / 詳細: 20 MM NH4CL, 20.0% PEG 6K, 10.0% GLYCEROL, pH 6.3

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データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→36.99 Å / Num. obs: 38029 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 14.17 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 87.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2Q1B

2q1b


解像度: 1.6→34.86 Å / SU ML: 0.24 / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 23.52 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.229 1840 5.3 %
Rwork0.199 --
obs0.201 34701 89.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 49.76 Å2 / ksol: 0.23 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--13.3562 Å20 Å20 Å2
2---10.1116 Å20 Å2
3---9.9037 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→34.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2129 0 42 336 2507
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072350
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1233206
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.858870
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082338
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005425
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6005-1.64380.2938990.27831743X-RAY DIFFRACTION62
1.6438-1.69220.32651230.2662031X-RAY DIFFRACTION74
1.6922-1.74680.27391250.23882250X-RAY DIFFRACTION81
1.7468-1.80920.2341300.1982350X-RAY DIFFRACTION84
1.8092-1.88160.2221350.18052435X-RAY DIFFRACTION88
1.8816-1.96730.22081410.18342531X-RAY DIFFRACTION91
1.9673-2.0710.23251460.17322639X-RAY DIFFRACTION94
2.071-2.20070.2151490.16962704X-RAY DIFFRACTION96
2.2007-2.37060.21771530.17252716X-RAY DIFFRACTION97
2.3706-2.60910.20911550.17382788X-RAY DIFFRACTION98
2.6091-2.98640.20561560.16622790X-RAY DIFFRACTION98
2.9864-3.76190.20681600.15462875X-RAY DIFFRACTION100
3.7619-34.86490.20861680.22343009X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4420.24730.16250.3583-0.3536-0.109-0.06220.1340.1469-0.0060.05110.10490.03710.0250.00360.1426-0.0101-0.01350.18420.02150.09575.682941.6615.0311
20.0807-0.19870.06960.2979-0.10.0851-0.0073-0.1635-0.16360.0130.04350.1022-0.0046-0.0255-0.03580.182-0.00880.01860.230.08140.2613-7.139828.421136.5158
30.75530.35570.09950.1980.00140.21940.0290.0052-0.21890.00990.0142-0.1330.00540.021-0.03990.0910.0014-0.02270.0812-0.00280.117913.327129.39825.6679
40.16830.19580.22020.26160.06130.0712-0.02490.00180.0389-0.02650.072-0.0151-0.05580.0186-0.03410.127-0.01530.00290.15710.00110.115711.164941.050419.5057
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND RESID 25:58
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND RESID 59:69
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND RESID 70:255
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND RESID 256:290

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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