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- PDB-2w20: Structure of the catalytic domain of the native NanA sialidase fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2w20
タイトルStructure of the catalytic domain of the native NanA sialidase from Streptococcus pneumoniae
要素SIALIDASE A
キーワードHYDROLASE / SECRETED / CELL WALL / SIALIDASE / GLYCOSIDASE / NEURAMINIDASE / PEPTIDOGLYCAN-ANCHOR
機能・相同性
機能・相同性情報


exo-alpha-sialidase activity / ganglioside catabolic process / oligosaccharide catabolic process / exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / exo-alpha-sialidase / intracellular membrane-bounded organelle / extracellular region / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
BNR/Asp-box repeat / Intramolecular trans-sialidase; domain 3 / Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 / Trans-sialidase, domain 3 / Glycoside hydrolase, family 33, N-terminal / Sialidase, N-terminal domain / BNR repeat-like domain / Laminin G domain / Laminin G domain / Sialidase family ...BNR/Asp-box repeat / Intramolecular trans-sialidase; domain 3 / Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 / Trans-sialidase, domain 3 / Glycoside hydrolase, family 33, N-terminal / Sialidase, N-terminal domain / BNR repeat-like domain / Laminin G domain / Laminin G domain / Sialidase family / Sialidase / YSIRK type signal peptide / Neuraminidase - #10 / YSIRK Gram-positive signal peptide / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / Sialidase superfamily / LPXTG cell wall anchor domain / 6 Propeller / Neuraminidase / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 1.49 Å
データ登録者Xu, G. / Andrew, P.W. / Taylor, G.L.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2008
タイトル: Structure of the Catalytic Domain of Streptococcus Pneumoniae Sialidase Nana.
著者: Xu, G. / Li, X. / Andrew, P.W. / Taylor, G.L.
履歴
登録2008年10月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SIALIDASE A
B: SIALIDASE A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,66810
ポリマ－105,8942
非ポリマー7738
水18,4651025
1
A: SIALIDASE A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,3986
ポリマ－52,9471
非ポリマー4505
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: SIALIDASE A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,2704
ポリマ－52,9471
非ポリマー3233
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.200, 96.600, 218.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 SIALIDASE A / NEURAMINIDASE A / NANA SIALIDASE


分子量: 52947.227 Da / 分子数: 2 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 321-791 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE (肺炎レンサ球菌)
株: R6 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P62576, exo-alpha-sialidase
#2: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1025 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 25% PEG4K, 0.1 M MES PH6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.934
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.49→20 Å / Num. obs: 159417 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 14.85 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 16

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (PHENIX.REFINE) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 1.49→40.23 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.87 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.225 8003 5 %
Rwork0.2 --
obs0.201 159301 97.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.55 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.8128 Å2-0 Å2-0 Å2
2---1.0171 Å20 Å2
3----1.7957 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.49→40.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7429 0 45 1025 8499
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d07630
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2210302
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.272825
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.111083
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr01343
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.492-1.5090.28452590.26244587X-RAY DIFFRACTION90
1.509-1.52670.2622490.24755003X-RAY DIFFRACTION97
1.5267-1.54530.26092520.24715002X-RAY DIFFRACTION99
1.5453-1.56490.26052510.24225004X-RAY DIFFRACTION98
1.5649-1.58550.26522620.2435060X-RAY DIFFRACTION98
1.5855-1.60720.27662600.23055038X-RAY DIFFRACTION99
1.6072-1.63020.25512810.22255067X-RAY DIFFRACTION98
1.6302-1.65450.29532640.224977X-RAY DIFFRACTION99
1.6545-1.68040.22842630.20715112X-RAY DIFFRACTION99
1.6804-1.70790.24962810.21055016X-RAY DIFFRACTION99
1.7079-1.73740.26592760.2145120X-RAY DIFFRACTION99
1.7374-1.7690.26492720.2165078X-RAY DIFFRACTION100
1.769-1.8030.24752560.20225143X-RAY DIFFRACTION100
1.803-1.83980.23432740.20655064X-RAY DIFFRACTION100
1.8398-1.87980.24892440.20075195X-RAY DIFFRACTION100
1.8798-1.92350.21342810.1925074X-RAY DIFFRACTION100
1.9235-1.97160.22322560.19745160X-RAY DIFFRACTION99
1.9716-2.02490.24392700.1995073X-RAY DIFFRACTION99
2.0249-2.08450.2292620.1915086X-RAY DIFFRACTION99
2.0845-2.15180.20952990.19355112X-RAY DIFFRACTION99
2.1518-2.22870.2152730.19155035X-RAY DIFFRACTION99
2.2287-2.31790.21442770.19765055X-RAY DIFFRACTION98
2.3179-2.42340.24092760.19865059X-RAY DIFFRACTION98
2.4234-2.55110.20552700.19665093X-RAY DIFFRACTION98
2.5511-2.71090.22532560.20155060X-RAY DIFFRACTION98
2.7109-2.92020.23552940.19715067X-RAY DIFFRACTION97
2.9202-3.2140.21262790.18785019X-RAY DIFFRACTION96
3.214-3.67880.1952700.17355049X-RAY DIFFRACTION96
3.6788-4.63380.17782610.16024991X-RAY DIFFRACTION94
4.6338-40.24110.18152350.18014899X-RAY DIFFRACTION88

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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