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- PDB-2w1z: ROP2 from Toxoplasma gondii: A virulence factor with a protein- k... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2w1z
タイトルROP2 from Toxoplasma gondii: A virulence factor with a protein- kinase fold and no enzymatic activity.
要素ROP2
キーワードTRANSFERASE / INACTIVITY / PROTEIN-KINASE / MEMBRANE-ATTACHMENT
機能・相同性
機能・相同性情報


protein kinase activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Rhoptry protein, Rop2-like / Protein kinase-like domain, Apicomplexa / Kinase-like / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily ...Rhoptry protein, Rop2-like / Protein kinase-like domain, Apicomplexa / Kinase-like / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種TOXOPLASMA GONDII (トキソプラズマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Labesse, G. / Gelin, M. / Bessin, Y. / Lebrun, M. / Arold, S.T. / Dubremetz, J.-F.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2009
タイトル: Rop2 from Toxoplasma Gondii: A Virulence Factor with a Protein-Kinase Fold and No Enzymatic Activity.
著者: Labesse, G. / Gelin, M. / Bessin, Y. / Lebrun, M. / Papoin, J. / Cerdan, R. / Arold, S.T. / Dubremetz, J.-F.
履歴
登録2008年10月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22011年9月21日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA", "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA", "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 7-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 8-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ROP2
B: ROP2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,6206
ポリマ－85,2352
非ポリマー3844
水9,440524
1
A: ROP2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,7142
ポリマ－42,6181
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: ROP2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,9064
ポリマ－42,6181
非ポリマー2883
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)187.609, 51.348, 125.582
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 128.65, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1116A194 - 364
2116B194 - 364

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要素

#1: タンパク質 ROP2


分子量: 42617.648 Da / 分子数: 2 / 断片: PROTEIN-KINASE DOMAIN, RESIDUES 195-561 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) TOXOPLASMA GONDII (トキソプラズマ)
株: RH / 解説: STRAIN RH / プラスミド: PQE31 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: Q27007, 転移酵素; リンを含む基を移すもの
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 524 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.4 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.6
詳細: 320 MM AMMONIUM CITRATE, PH 5.6, 2% MPD, 15% W/V POLYETHYLENE GLYCOL 2000 MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.976255
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976255 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→73.32 Å / Num. obs: 66543 / % possible obs: 82.7 % / Observed criterion σ(I): 1.1 / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 1.97→2.08 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 65.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.4.0062精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHELXCD位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.97→73.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 9.577 / SU ML: 0.127 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.205 / ESU R Free: 0.181 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. DISORDERED REGIONS WERE NOT MODELED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2405 2766 5.1 %RANDOM
Rwork0.19339 ---
obs0.19577 51992 82.29 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.154 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.94 Å20 Å2-1.85 Å2
2--0.73 Å20 Å2
3----0.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.97→73.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5809 0 20 524 6353
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0226042
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0080.024237
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.291.9658198
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.9853.00110217
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5445707
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.38522.389314
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.645151055
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.2641576
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1590.2897
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0216621
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021309
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1880.21257
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2010.24403
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1680.22814
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0910.23040
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1410.2374
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0930.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2460.2103
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1820.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.491.53561
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.86125786
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.14332481
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.7444.52412
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 2412 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Aloose positional0.615
2Bloose positional0.615
1Aloose thermal1.4310
2Bloose thermal1.4310
LS精密化 シェル解像度: 1.97→2.021 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.34 150
Rwork0.319 2806
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5736-0.53370.05243.3944-1.37762.5354-0.08580.35930.0534-0.14980.16410.10190.0356-0.3586-0.07830.03240.00610.063-0.00820.0047-0.2398-16.97440.48432.877
21.9282-0.2386-0.63911.27740.36421.54840.043-0.0727-0.0647-0.0553-0.0111-0.041-0.0414-0.0696-0.03190.0937-0.01540.1336-0.1910.0093-0.1753-3.18730.2253.722
32.01140.810.20943.28490.37091.46150.0737-0.42120.09730.1884-0.1136-0.1637-0.06610.16190.0399-0.0073-0.05030.0896-0.0370.0138-0.2537-20.76713.21313.102
41.42650.393-0.66621.321-0.37851.36820.05810.0381-0.0229-0.0038-0.01890.0336-0.03580.048-0.03920.08520.01210.1341-0.18790.0108-0.1738-36.4492.742-6.036
50.20070.07680.16810.20170.15190.1854-0.0025-0.01230.0064-0.0174-0.0164-0.0019-0.0203-0.02070.01890.2533-0.01890.1742-0.01330.0218-0.0139-20.33217.16821.617
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A223 - 360
2X-RAY DIFFRACTION2A196 - 220
3X-RAY DIFFRACTION2A361 - 556
4X-RAY DIFFRACTION3B223 - 360
5X-RAY DIFFRACTION4B196 - 220
6X-RAY DIFFRACTION4B361 - 557
7X-RAY DIFFRACTION5A - B2001 - 2296

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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